PDB-5hii: Crystal structure of glycine sarcosine N-methyltransferase (GSMT)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hii

タイトル

Crystal structure of glycine sarcosine N-methyltransferase (GSMT) from Methanohalophilus portucalensis (apo form)

要素

Glycine sarcosine N-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferases (SAM or AdoMet-MTase) / class I / monomethylation of glycine and sarcosine / rate-limiting enzyme in betaine biosynthesis / betaine-mediated feedback inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

sarcosine metabolic process / glycine N-methyltransferase activity / S-adenosylhomocysteine metabolic process / S-adenosylmethionine metabolic process / S-adenosyl-L-methionine binding / regulation of gluconeogenesis / glycine binding / one-carbon metabolic process / methylation / protein homotetramerization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanohalophilus portucalensis FDF-1 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Lee, Y.R. / Lin, T.S. / Lai, S.J. / Liu, M.S. / Lai, M.C. / Chan, N.L.

資金援助

台湾, 3件

組織	認可番号	国
Ministry of Science and Technology	NSC101-2911-I-002-303, 103-2113-M-002-010-MY3, 104-2911-I-002-302	台湾
National Taiwan University	104R7614-3 and 104R7560-4	台湾
Ministry of Education, Taiwan ROC, under the ATU plan to NLC	National Chung Hsing University	台湾

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural Analysis of Glycine Sarcosine N-methyltransferase from Methanohalophilus portucalensis Reveals Mechanistic Insights into the Regulation of Methyltransferase Activity
著者: Lee, Y.R. / Lin, T.S. / Lai, S.J. / Liu, M.S. / Lai, M.C. / Chan, N.L.

履歴

登録	2016年1月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月18日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hii.cif.gz	118.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hii.ent.gz	90.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hii.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/5hii ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/5hii	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5gwxC 5h02C 5hijC 5hikC 5hilC 5himC 1xvaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hij-d 5h02-d 2x2g-2 4wxs-d 4xat-d 6ou1-1 7at2-2 5wrc-d 5hil-d 5xhw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycine sarcosine N-methyltransferase

ヘテロ分子

33.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.729, 120.450, 130.941
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-455- HOH
2	1	A-460- HOH
3	1	A-487- HOH
4	1	A-534- HOH

#1: タンパク質	Glycine sarcosine N-methyltransferase 分子量: 32800.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanohalophilus portucalensis FDF-1 (古細菌) 株: FDF-1 / 遺伝子: gsmt / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F6KV61, EC: 2.1.1.156
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.44 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Protein solution: GSMT (6.6 mg/ml) in 50 mM Tris-HCl pH 7.5, 200 mM NaCl, 1 mM EDTA and 1 mM 2-Mercaptoethanol. Crystallization reagent: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.2 M sodium chloride, 25% (w/v) PEG 3350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月23日
放射	モノクロメーター: Horizontally Focusing Single Crystal Monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 32198 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.4 % / R_sym value: 0.052 / Net I/σ(I): 27.6
反射シェル	解像度: 1.9→1.96 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		data processing
PHENIX		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XVA

1xva

解像度: 1.9→28.544 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1967	1614	5.01 %	Random
R_work	0.1706	-	-	-
obs	0.1719	32198	98.48 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.544 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1973	0	24	155	2152

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2037
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.938	2738
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.42	733
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	284
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	357

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9001-1.956	0.2833	127	0.2253	2300	X-RAY DIFFRACTION	91
1.956-2.0191	0.249	133	0.2041	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0191-2.0912	0.2459	130	0.1896	2550	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0912-2.1749	0.2084	147	0.1756	2539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1749-2.2739	0.1981	121	0.1682	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2739-2.3937	0.1958	143	0.1716	2532	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3937-2.5436	0.2041	128	0.1751	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5436-2.7398	0.2383	138	0.1839	2588	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7398-3.0153	0.2047	138	0.1836	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0153-3.451	0.1626	137	0.1665	2592	X-RAY DIFFRACTION	99
3.451-4.3454	0.1562	136	0.1496	2575	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3454-28.5474	0.2151	136	0.167	2616	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.0736	-3.2832	3.8368	2.7953	-0.4991	9.2906	-0.3201	0.5223	0.4638	-0.2143	0.3125	-0.6094	-0.3106	0.5789	0.0052	0.3001	-0.0283	0.0021	0.2312	-0.0788	0.2938	55.0805	42.6212	33.4467
2	6.6771	0.5365	-4.4788	2.6262	0.3998	3.8519	0.0736	0.4231	-0.3429	-0.3852	-0.0342	0.4532	0.1872	-1.3906	-0.0236	0.2736	0.0123	-0.0992	0.4516	0.0026	0.5106	34.002	46.0524	41.998
3	5.6158	0.2891	-2.2107	2.6708	-0.4455	5.2293	-0.0673	0.0101	0.0575	-0.0817	0.0342	0.1741	-0.2809	-0.1429	0.0226	0.2145	0.01	-0.0319	0.1368	-0.0269	0.1784	44.7733	52.7238	44.7772
4	6.1093	-3.717	4.4092	8.2823	-5.2118	7.706	-0.2479	-0.173	0.1757	0.4263	-0.0013	-0.13	-0.413	0.1732	0.2578	0.153	-0.0238	0.0283	0.1643	-0.0139	0.1207	51.4103	53.1972	47.9384
5	4.1678	-1.8956	0.6059	6.4461	1.5437	3.0511	-0.0973	0.0294	0.117	0.2002	0.1627	-0.2433	0.0001	0.2039	-0.089	0.1559	-0.0101	0.0083	0.2381	0.0152	0.1521	51.6066	43.6994	55.5596
6	3.3441	0.5318	0.6946	4.7739	2.0295	3.9175	0.0507	0.1063	-0.2959	0.2166	-0.2429	0.2711	0.4097	-0.3435	0.2739	0.1531	-0.03	0.0124	0.2554	0.022	0.1462	43.147	33.2666	49.7565
7	1.8672	-0.1126	0.6342	3.0606	-0.3969	4.3424	0.0302	0.1431	-0.1868	-0.1971	0.0726	0.2024	0.3286	-0.0049	-0.099	0.2236	-0.0125	0.0151	0.2808	-0.0516	0.2565	48.948	30.203	35.8126
8	7.6351	0.3613	3.5544	5.9964	4.0353	6.0038	-0.2599	-0.5089	-0.2685	0.6919	0.1326	0.3813	0.4565	-0.4564	0.1414	0.3331	-0.0009	0.0794	0.2679	0.0673	0.1727	42.7755	33.3839	59.1604
9	4.0787	1.8876	5.008	3.5927	4.1811	5.7694	0.1877	-0.2205	-0.3933	0.3595	-0.1295	0.079	0.5196	-0.635	-0.0189	0.2356	-0.0285	0.0366	0.2764	0.0068	0.2537	37.0402	32.8625	46.6834

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 37 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 38 through 57 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 58 through 103 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 104 through 117 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 118 through 155 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 156 through 182 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 183 through 222 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 223 through 243 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 244 through 263 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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