PDB-5hi8: Structure of T-type Phycobiliprotein Lyase CpeT from Prochlorococ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hi8

タイトル

Structure of T-type Phycobiliprotein Lyase CpeT from Prochlorococcus phage P-HM1

要素

Antenna protein

キーワード

LYASE / beta barrel

機能・相同性

Chromophore lyase CpcT/CpeT / Chromophore lyase CpcT/CpeT superfamily / CpeT/CpcT family (DUF1001) / protein-phycocyanobilin linkage / lyase activity / ACETATE ION / Antenna protein

機能・相同性情報

生物種

Prochlorococcus phage P-HM1 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Gasper, R. / Schwach, J. / Frankenberg-Dinkel, N. / Hofmann, E.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Distinct Features of Cyanophage-encoded T-type Phycobiliprotein Lyase Phi CpeT: THE ROLE OF AUXILIARY METABOLIC GENES.
著者: Gasper, R. / Schwach, J. / Hartmann, J. / Holtkamp, A. / Wiethaus, J. / Riedel, N. / Hofmann, E. / Frankenberg-Dinkel, N.

履歴

登録	2016年1月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月22日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hi8.cif.gz	178.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hi8.ent.gz	145.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hi8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/5hi8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/5hi8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4o4oS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4tyj-d 5t3q-d 5ejl-d 1r1n-6 4rwj-2 1o7t-6 5t8q-2 3aje-d 7b40-d 1gsh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Antenna protein

B: Antenna protein

ヘテロ分子

32.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.290, 61.680, 93.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.770, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and (resseq -1:134 ) and (not element H)
2	1	chain B and (resseq -1:134 ) and (not element H)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth seq-ID: _ / Label seq-ID: 2

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A and (resseq -1:134 ) and (not element H)	A	A
2	chain B and (resseq -1:134 ) and (not element H)	B	B

#1: タンパク質	Antenna protein / CpeT 分子量: 16289.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Prochlorococcus phage P-HM1 (ファージ) 遺伝子: cpeT, PHM1_028 / プラスミド: pASK-IBA45plus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E3SMK9
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.64 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 0.1 M Glycine, 0.05 M MgAcetate, 32 % PEG 400, pH 9.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1.00005 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月15日

放射

モノクロメーター: double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.00005 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 60405 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.53 % / B_iso Wilson estimate: 35.27 Å² / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 7.37

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.85		0.954	1.18	1	95.7
1.85-1.9		0.721	1.6	1	96.7
1.9-1.95		0.498	2.22	1	96.7
1.95-2.01		0.382	2.93	1	97
2.01-2.08		0.295	3.52	1	97.9
2.08-2.15		0.248	4.19	1	97.9
2.15-2.23		0.193	5.19	1	97.6
2.23-2.32		0.176	6.04	1	98.3
2.32-2.43		0.149	6.79	1	98.3
2.43-2.55		0.126	7.66	1	98.3
2.55-2.68		0.11	9.4	1	98.6
2.68-2.85		0.097	11.02	1	98.3
2.85-3.04		0.083	12.31	1	98.9
3.04-3.29		0.075	13.26	1	99.1
3.29-3.6		0.072	15.13	1	99
3.6-4.02		0.07	15.94	1	98.7
4.02-4.65		0.067	16.15	1	99.3
4.65-5.69		0.069	16.54	1	99.3
5.69-8.05		0.071	16.26	1	99.5
	8.05	0.071	16.58	1	99.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.81 Å	43.95 Å
Translation	5.81 Å	43.95 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1-9-1692	精密化
XSCALE	November 3, 2014	データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4O4O

4o4o

解像度: 1.8→43.918 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 29.7

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2283	3027	5.02 %	Random selection
R_work	0.2071	-	-	-
obs	0.2082	60319	97.87 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 164.9 Å² / B_iso mean: 59.5374 Å² / B_iso min: 31.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→43.918 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2306	0	9	77	2392
B_iso mean	-	-	55.63	47.82	-
残基数	-	-	-	-	272

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2398
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.088	3255
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	308
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	419
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.713	842

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1153	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.015
1	2	B	1153	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.015

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.8643	0.3784	295	0.3744	5671	5966	96
1.8643-1.9389	0.344	298	0.3238	5608	5906	96
1.9389-2.0272	0.2881	300	0.2619	5676	5976	97
2.0272-2.1341	0.2983	301	0.2542	5707	6008	98
2.1341-2.2678	0.2677	301	0.2273	5751	6052	98
2.2678-2.4429	0.2539	304	0.2315	5761	6065	98
2.4429-2.6887	0.2997	304	0.2295	5714	6018	98
2.6887-3.0776	0.2555	306	0.2337	5771	6077	99
3.0776-3.8771	0.238	310	0.1941	5829	6139	99
3.8771-43.9311	0.1602	308	0.1664	5804	6112	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1534	-1.3175	0.5149	4.1674	0.4648	1.6807	0.7058	-1.1455	1.1358	1.0953	-0.1725	-1.0307	-0.9364	1.2396	-0.4716	0.5224	-0.1563	-0.0265	0.7638	-0.1514	0.4247	65.2928	23.8618	30.1048
2	6.923	1.1116	-2.2561	3.0697	0.0176	2.702	0.0253	0.3882	0.0985	0.1409	0.1497	-0.2101	0.1542	0.6172	-0.4458	0.4493	0.0207	0.0252	0.4945	0.0205	0.3942	68.9559	19.2891	9.3458
3	9.1993	-3.1612	-4.5732	7.8533	2.8942	7.2983	0.307	0.3436	0.3698	-0.3967	-0.1398	-0.2461	-0.4065	0.0922	-0.0989	0.3608	-0.028	0.0061	0.4028	0.0152	0.3732	62.0896	19.2447	11.7073
4	8.318	-1.6195	-5.5027	3.7467	2.2705	4.0437	0.2046	0.8584	0.077	0.0519	-0.2987	0.018	-0.1917	-1.1748	0.1155	0.3709	0.0123	0.0106	0.4087	-0.0154	0.3618	55.3379	20.8036	13.3425
5	8.6424	-0.6544	3.6407	5.9336	-2.9185	2.8669	0.013	-0.789	0.3025	0.7857	-0.3284	-0.1451	0.8323	0.4881	0.2693	0.6016	0	0.0327	0.6816	-0.0778	0.3358	57.678	17.6077	33.4858
6	4.3325	2.097	5.8469	3.5168	3.278	8.1816	0.0697	-1.3448	-0.359	0.1296	0.1428	-0.1551	-0.2749	-0.1898	-0.1824	0.363	-0.0118	0.0141	0.6237	0.0192	0.3314	54.4292	13.5503	27.7935
7	2.2153	-1.1406	2.2288	8.8657	-0.8483	3.485	-0.3272	0.2022	-0.1211	0.4456	-0.154	-1.2912	-0.0458	1.2295	0.485	0.4174	-0.0521	-0.0934	0.7297	0.1048	0.5085	68.1054	14.1408	29.7439
8	9.4058	6.7037	0.3003	8.3551	3.7757	7.8283	0.3012	0.5323	-1.0911	0.0683	-0.0527	0.5138	0.1026	-0.0845	-0.1164	0.429	0.0625	-0.0379	0.4896	0.1082	0.6069	56.3616	6.5004	23.8408
9	8.7558	5.7815	1.3361	9.6097	3.4311	9.7375	-0.3534	1.2546	-0.5424	0.4762	0.7917	0.0732	0.343	-0.3035	-0.2213	0.5169	0.0474	0.0276	0.589	-0.0237	0.342	58.0972	5.9803	18.9601
10	9.8616	5.6129	5.6672	3.4998	4.2162	8.0273	-0.1734	-0.1514	-0.6096	-0.3597	0.2149	-1.0214	0.3037	0.75	0.0947	0.4428	-0.0216	0.0256	0.535	-0.1046	0.5021	68.0906	14.9777	19.3416
11	2.9026	2.8376	-4.1785	4.9767	-4.7797	6.2267	-0.5876	2.2725	-0.207	-1.2018	0.8941	0.9803	2.0516	-1.24	-0.2659	0.9032	-0.2602	-0.0401	1.0014	-0.0838	0.7886	59.6321	1.8769	12.6477
12	2.4172	1.7295	1.5476	4.2081	5.7022	8.0747	-0.2408	0.061	0.7206	-0.7399	0.7225	-0.181	-0.6438	1.1443	-0.5059	0.4037	-0.0799	0.1004	0.5754	-0.0054	0.4485	68.9651	20.2353	13.7902
13	4.4136	-1.2116	-0.334	4.5243	0.1271	6.389	0.4606	-1.0613	-0.9724	1.1539	0.0872	0.8056	1.0443	-1.4621	-0.4947	0.5283	-0.1659	0.0302	0.7864	0.1608	0.4476	29.6748	8.5365	30.1087
14	7.8504	0.0436	3.3006	3.751	-1.223	7.9475	0.2063	0.1521	-0.2756	-0.2354	0.0127	0.3514	0.2567	-0.4977	-0.1577	0.3673	-0.0113	-0.0053	0.3786	-0.02	0.3522	29.7354	13.1332	10.6333
15	8.4882	-1.0181	5.4739	3.5149	-1.9223	4.0063	0.1809	0.8594	-0.0793	0.0312	-0.2129	0.0063	0.247	1.1618	-0.0293	0.3649	0.0156	-0.0001	0.384	0.017	0.3523	39.6129	11.5948	13.3364
16	3.3301	0.5147	-1.62	4.8003	-0.4992	6.0114	-0.0119	-0.7362	-0.0517	0.5184	0.1598	0.0474	-0.0998	-0.3917	-0.0483	0.4153	-0.0128	-0.0231	0.605	0.0351	0.3167	38.8593	16.7467	30.741
17	2.1688	-1.4644	-1.9378	8.0404	0.5747	2.0577	-0.3915	0.1298	0.0523	0.5706	-0.1024	1.2126	0.0879	-0.9601	0.5812	0.4366	-0.0563	0.1274	0.7579	-0.1065	0.5142	26.8645	18.2563	29.747
18	8.9241	7.6045	-0.8528	9.3788	-3.2227	9.4757	-0.248	0.638	0.8264	-0.1386	0.376	-0.1711	-0.3124	0.1702	-0.0653	0.4417	0.0627	0.0119	0.4967	-0.0189	0.5002	37.7737	26.1449	21.5181
19	5.2464	5.4174	-5.1121	5.708	-5.1328	5.087	-0.2174	0.1381	0.6177	-0.6889	0.364	1.1286	-0.0367	-0.77	-0.0295	0.4414	-0.0356	-0.013	0.5955	0.1139	0.5088	26.8666	17.4235	19.3475
20	4.6598	5.207	2.3632	5.9227	2.6175	2.4849	-1.0429	1.1567	-0.288	-1.807	0.5962	-1.2131	-1.3975	1.7917	0.6027	0.7915	-0.2794	0.0238	1.1023	0.0979	0.837	35.3203	30.5213	12.6424
21	8.5297	1.9672	-1.7235	3.2375	-5.3338	9.2647	-0.1232	-0.0237	-0.5501	-0.9009	0.4343	0.4128	0.6039	-1.0075	-0.2633	0.3704	-0.0778	-0.0982	0.5846	0.0164	0.3817	25.9912	12.163	13.7974

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 9 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 10 through 22 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 23 through 37 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 38 through 57 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 58 through 67 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 68 through 77 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 78 through 87 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 88 through 97 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 98 through 107 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 108 through 117 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 118 through 127 )	A
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 128 through 134 )	A
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid -1 through 9 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 10 through 37 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 38 through 57 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 58 through 77 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 78 through 87 )	B
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 88 through 107 )	B
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 108 through 117 )	B
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 118 through 127 )	B
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 128 through 134 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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