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万見
- PDB-5hi0: The Substrate Binding Mode and Chemical Basis of a Reaction Speci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hi0
タイトルThe Substrate Binding Mode and Chemical Basis of a Reaction Specificity Switch in Oxalate Decarboxylase
要素Oxalate decarboxylase OxdC
キーワードLYASE / oxireductase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxalate decarboxylase / oxalate decarboxylase activity / oxalate metabolic process / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bicupin, oxalate decarboxylase/oxidase / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / OXALATE ION / Oxalate decarboxylase OxdC
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.602 Å
データ登録者Zhu, W. / Easthon, L.M. / Reinhardt, L.A. / Tu, C. / Cohen, S.E. / Silverman, D.N. / Allen, K.N. / Richards, N.G.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK061666 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Substrate Binding Mode and Molecular Basis of a Specificity Switch in Oxalate Decarboxylase.
著者: Zhu, W. / Easthon, L.M. / Reinhardt, L.A. / Tu, C. / Cohen, S.E. / Silverman, D.N. / Allen, K.N. / Richards, N.G.
履歴
登録2016年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02019年11月20日Group: Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_target_identifier
改定 2.12019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxalate decarboxylase OxdC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5505
ポリマ－44,3211
非ポリマー2294
水1,874104
1
A: Oxalate decarboxylase OxdC
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)267,29730
ポリマ－265,9246
非ポリマー1,37324
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area46610 Å2
ΔGint-393 kcal/mol
Surface area69770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.619, 154.619, 121.954
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Oxalate decarboxylase OxdC


分子量: 44320.656 Da / 分子数: 1 / 変異: E162 deletion / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: oxdC, yvrK, BSU33240 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O34714, oxalate decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.86 %
結晶化温度: 290.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 100 mM Ches, pH 9.5, 10% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→24.78 Å / Num. obs: 17137 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 9.8 % / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル最高解像度: 2.6 Å / 冗長度: 8.2 % / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.8.4_1496位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1uw8

1uw8


解像度: 2.602→24.778 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2236 1712 10 %
Rwork0.1754 --
obs0.1803 17122 98.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.602→24.778 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2991 0 9 104 3104
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083079
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1054183
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0711126
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044443
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005551
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6025-2.67890.33141290.25481161X-RAY DIFFRACTION90
2.6789-2.76530.3221400.24671255X-RAY DIFFRACTION99
2.7653-2.8640.26781420.21461293X-RAY DIFFRACTION100
2.864-2.97850.28751440.22031286X-RAY DIFFRACTION100
2.9785-3.11380.28091430.17941289X-RAY DIFFRACTION100
3.1138-3.27760.23371430.17971291X-RAY DIFFRACTION100
3.2776-3.48250.24191410.17261271X-RAY DIFFRACTION100
3.4825-3.75050.22761440.16571297X-RAY DIFFRACTION100
3.7505-4.12640.17261440.15421293X-RAY DIFFRACTION100
4.1264-4.71990.19341450.13931304X-RAY DIFFRACTION100
4.7199-5.9330.19121460.16351311X-RAY DIFFRACTION100
5.933-100.19971510.17421359X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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