ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.6.4_486精密化 | HKL-2000 | | データ削減 | HKL-2000 | | データスケーリング | PHENIX | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.24→37.129 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 15.97 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.1652 | 1950 | 1.41 % |
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Rwork | 0.1505 | - | - |
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obs | 0.1507 | 137842 | 95.03 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.65 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.537 Å2 / ksol: 0.418 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | | Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.6173 Å2 | -0 Å2 | 0.3147 Å2 |
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2- | - | -3.1646 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 3.7819 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.24→37.129 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 4153 | 0 | 2 | 933 | 5088 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.01 | 4402 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.326 | 5989 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d13.044 | 1651 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.079 | 577 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.009 | 818 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.2401-1.2711 | 0.2039 | 126 | 0.1991 | 8668 | X-RAY DIFFRACTION | 85 | 1.2711-1.3055 | 0.1984 | 129 | 0.1827 | 9183 | X-RAY DIFFRACTION | 91 | 1.3055-1.3439 | 0.2198 | 134 | 0.1782 | 9349 | X-RAY DIFFRACTION | 92 | 1.3439-1.3873 | 0.174 | 147 | 0.1671 | 9431 | X-RAY DIFFRACTION | 93 | 1.3873-1.4368 | 0.1691 | 129 | 0.1645 | 9510 | X-RAY DIFFRACTION | 94 | 1.4368-1.4944 | 0.1804 | 141 | 0.1582 | 9672 | X-RAY DIFFRACTION | 95 | 1.4944-1.5624 | 0.1612 | 136 | 0.1542 | 9742 | X-RAY DIFFRACTION | 96 | 1.5624-1.6448 | 0.1715 | 139 | 0.1462 | 9882 | X-RAY DIFFRACTION | 97 | 1.6448-1.7478 | 0.1588 | 149 | 0.1422 | 9927 | X-RAY DIFFRACTION | 97 | 1.7478-1.8828 | 0.1323 | 136 | 0.137 | 10000 | X-RAY DIFFRACTION | 98 | 1.8828-2.0722 | 0.1693 | 148 | 0.1382 | 10105 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 2.0722-2.372 | 0.1572 | 153 | 0.1414 | 10115 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 2.372-2.9883 | 0.1555 | 137 | 0.1475 | 10187 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 2.9883-37.1453 | 0.1677 | 146 | 0.1525 | 10121 | X-RAY DIFFRACTION | 97 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 18.2319 Å / Origin y: 10.45 Å / Origin z: -10.4581 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.0353 Å2 | 0.0026 Å2 | -0.0136 Å2 | - | 0.0284 Å2 | 0.0006 Å2 | - | - | 0.0416 Å2 |
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L | 0.3229 °2 | 0.0412 °2 | -0.1627 °2 | - | 0.2145 °2 | 0.0076 °2 | - | - | 0.3638 °2 |
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S | 0.0023 Å ° | -0.0051 Å ° | -0.0164 Å ° | 0.0205 Å ° | -0.0156 Å ° | -0.0524 Å ° | -0.0095 Å ° | 0.0012 Å ° | -0.0441 Å ° |
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |
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