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- PDB-5hha: Structure of PvdO from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hha
タイトルStructure of PvdO from Pseudomonas aeruginosa
要素PvdO
キーワードHYDROLASE / Chromophore maturation / periplasm
機能・相同性pyoverdine biosynthetic process / formylglycine-generating oxidase activity / : / Sulfatase-modifying factor enzyme / Sulfatase-modifying factor enzyme 1-like domain / Sulfatase-modifying factor enzyme superfamily / C-type lectin fold / metal ion binding / PvdO
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.24 Å
データ登録者Bai, G. / Yuan, Z. / Shang, G. / Xia, H. / Gu, L.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Chromophore maturation protein from Pseudomonas aeruginosa
著者: Yuan, Z. / Shang, G. / Bai, G. / Xia, H. / Gu, L.
履歴
登録2016年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Structure summary
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PvdO
B: PvdO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3304
ポリマ－63,2502
非ポリマー802
水16,808933
1
A: PvdO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6652
ポリマ－31,6251
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PvdO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6652
ポリマ－31,6251
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.978, 78.924, 58.205
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PvdO


分子量: 31624.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: pvdO, PA2395 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I185
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 933 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 0.1M Bis-tris pH5.5, 21% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.24→50 Å / Num. obs: 137842 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 38.75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6.4_486精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.24→37.129 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 15.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1652 1950 1.41 %
Rwork0.1505 --
obs0.1507 137842 95.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.65 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.537 Å2 / ksol: 0.418 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6173 Å2-0 Å20.3147 Å2
2---3.1646 Å20 Å2
3---3.7819 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.24→37.129 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4153 0 2 933 5088
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014402
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3265989
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0441651
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079577
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009818
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2401-1.27110.20391260.19918668X-RAY DIFFRACTION85
1.2711-1.30550.19841290.18279183X-RAY DIFFRACTION91
1.3055-1.34390.21981340.17829349X-RAY DIFFRACTION92
1.3439-1.38730.1741470.16719431X-RAY DIFFRACTION93
1.3873-1.43680.16911290.16459510X-RAY DIFFRACTION94
1.4368-1.49440.18041410.15829672X-RAY DIFFRACTION95
1.4944-1.56240.16121360.15429742X-RAY DIFFRACTION96
1.5624-1.64480.17151390.14629882X-RAY DIFFRACTION97
1.6448-1.74780.15881490.14229927X-RAY DIFFRACTION97
1.7478-1.88280.13231360.13710000X-RAY DIFFRACTION98
1.8828-2.07220.16931480.138210105X-RAY DIFFRACTION99
2.0722-2.3720.15721530.141410115X-RAY DIFFRACTION99
2.372-2.98830.15551370.147510187X-RAY DIFFRACTION99
2.9883-37.14530.16771460.152510121X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.2319 Å / Origin y: 10.45 Å / Origin z: -10.4581 Å
111213212223313233
T0.0353 Å20.0026 Å2-0.0136 Å2-0.0284 Å20.0006 Å2--0.0416 Å2
L0.3229 °20.0412 °2-0.1627 °2-0.2145 °20.0076 °2--0.3638 °2
S0.0023 Å °-0.0051 Å °-0.0164 Å °0.0205 Å °-0.0156 Å °-0.0524 Å °-0.0095 Å °0.0012 Å °-0.0441 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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