PDB-5hh7: crystal structure of Arabidopsis ORC1b BAH-PHD cassette in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hh7

タイトル

crystal structure of Arabidopsis ORC1b BAH-PHD cassette in complex with unmodified H3 peptide

要素

Histone H3 1-15 peptide
Origin of replication complex subunit 1B複製起点

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) /

PHD finger /

BAH domain / multivalent readout

機能・相同性

機能・相同性情報

double fertilization forming a zygote and endosperm /

複製起点認識複合体 / chromocenter / double-stranded methylated DNA binding / nuclear origin of replication recognition complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling /

色素体 /

DNA replication origin binding / DNA replication initiation / structural constituent of chromatin ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.901 Å

データ登録者

Li, S. / Du, J.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for the Unique Multivalent Readout of Unmodified H3 Tail by Arabidopsis ORC1b BAH-PHD Cassette
著者: Li, S. / Yang, Z. / Du, X. / Liu, R. / Wilkinson, A.W. / Gozani, O. / Jacobsen, S.E. / Patel, D.J. / Du, J.

履歴

登録	2016年1月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月16日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hh7.cif.gz	106.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hh7.ent.gz	79.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hh7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/5hh7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/5hh7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1b8k-1 6fze-2 3agw-d 3zxo-2 2v6h-1 6rvc-2 4nni-1 6fzz-d 2vn5-2 1zp9-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (4) #7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Origin of replication complex subunit 1B

P: Histone H3 1-15 peptide

ヘテロ分子

29.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.408, 64.408, 79.633
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	Origin of replication complex subunit 1B / 複製起点 / AtORC1b / Origin recognition complex 1b protein / Protein UNFERTILIZED EMBRYO SAC 13 分子量: 27401.057 Da / 分子数: 1 / 断片: BAH-PHD cassette, UNP residues 118-349 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: ORC1B, UNE13, At4g12620, T1P17.210 / プラスミド: pGEX6p1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q9SU24
#2: タンパク質・ペプチド	Histone H3 1-15 peptide 分子量: 1565.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P59226*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.86 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2M Na-formate and 20% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 1.2827 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月4日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.2827 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 7.2 % / 数: 184019 / R_merge(I) obs: 0.092 / Χ²: 3.31 / D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 25599 / % possible obs: 99.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.09	50	1	0.071	8.067	6.6
3.25	4.09	1	0.075	6.04	6.7
2.84	3.25	1	0.089	4.802	7
2.58	2.84	1	0.107	3.426	7.3
2.39	2.58	1	0.127	2.81	7.4
2.25	2.39	1	0.157	2.328	7.4
2.14	2.25	1	0.196	2.029	7.4
2.05	2.14	1	0.251	1.684	7.4
1.97	2.05	1	0.345	1.437	7.4
1.9	1.97	1	0.491	1.298	7.4

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 25599 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Χ²: 3.306 / Net I/av σ(I): 46.324 / Net I/σ(I): 14 / Num. measured all: 184019

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.9-1.97	7.4	0.491	2524	1.298	99.6
1.97-2.05	7.4	0.345	2538	1.437	99.5
2.05-2.14	7.4	0.251	2551	1.684	99.8
2.14-2.25	7.4	0.196	2553	2.029	99.8
2.25-2.39	7.4	0.157	2543	2.328	99.8
2.39-2.58	7.4	0.127	2570	2.81	99.9
2.58-2.84	7.3	0.107	2557	3.426	100
2.84-3.25	7	0.089	2563	4.802	100
3.25-4.09	6.7	0.075	2581	6.04	100
4.09-50	6.6	0.071	2619	8.067	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.901→45.543 Å / FOM work R set: 0.8747 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.22 / 位相誤差: 20.1 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: ANOMALOUS DATA WAS USED FOR REFINEMENT. SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2047	2565	5.13 %
R_work	0.1943	47421	-
obs	0.1948	25576	99.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.682 Å² / k_sol: 0.345 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 106.39 Å² / B_iso mean: 40.82 Å² / B_iso min: 16.34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.9133 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.9133 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.8266 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.901→45.543 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1675	0	2	189	1866
B_iso mean	-	-	61.15	40.36	-
残基数	-	-	-	-	201

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1724
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.858	2318
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	238
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	299
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.315	661

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9006-1.9372	0.3374	138	0.2755	2635	2773	99
1.9372-1.9767	0.2548	125	0.2412	2610	2735	99
1.9767-2.0197	0.2142	132	0.2212	2691	2823	99
2.0197-2.0667	0.232	140	0.2137	2567	2707	99
2.0667-2.1184	0.2798	170	0.2069	2645	2815	99
2.1184-2.1756	0.2351	166	0.1978	2587	2753	99
2.1756-2.2397	0.2383	104	0.2046	2665	2769	99
2.2397-2.3119	0.2704	132	0.1992	2693	2825	100
2.3119-2.3946	0.2021	153	0.1993	2617	2770	100
2.3946-2.4904	0.1899	159	0.1943	2663	2822	99
2.4904-2.6038	0.2106	177	0.2095	2597	2774	100
2.6038-2.741	0.2401	146	0.2132	2626	2772	100
2.741-2.9127	0.2027	150	0.2043	2643	2793	99
2.9127-3.1376	0.2028	158	0.1928	2590	2748	99
3.1376-3.4532	0.2445	127	0.1952	2677	2804	99
3.4532-3.9527	0.1772	145	0.181	2620	2765	99
3.9527-4.979	0.1356	137	0.1497	2645	2782	99
4.979-45.5564	0.2178	106	0.2099	2650	2756	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7406	1.1848	2.3452	1.6579	-0.4137	3.8411	-0.1233	0.129	0.4339	-0.1131	0.1358	-1.1052	0.254	0.7289	-0.0635	0.2092	0.0726	-0.0306	0.3267	-0.0888	0.5645	-7.3888	12.5419	11.1828
2	5.1175	-1.0706	-2.8982	1.7724	2.7008	6.3463	0.227	-0.9049	-0.6622	-0.0793	0.2826	0.4325	0.2222	0.1127	-0.4285	0.7893	-0.1086	0.0611	0.4547	0.0912	0.5963	-22.7592	4.2638	7.4197
3	2.5089	0.1387	0.7129	3.1229	3.2178	3.8645	0.1179	0.2758	-0.7184	-0.4242	-0.3955	0.507	0.6585	-0.0127	0.1974	1.0846	-0.1853	-0.1817	0.3876	0.0389	0.9184	-31.072	2.1507	-14.4878
4	2.436	-0.1767	0.0306	1.2887	-0.3031	1.9151	0.1261	0.4018	-0.4971	-0.7538	0.1317	0.3032	1.1733	-0.4665	-0.143	0.5429	-0.1172	-0.0987	0.2989	-0.0349	0.3432	-31.2219	12.3417	-11.9544
5	1.4236	-0.583	0.3814	1.9122	-0.2787	1.2438	-0.0265	-0.1978	0.0229	0.0395	0.1021	-0.2699	0.0517	0.0947	-0.0527	0.1705	-0.006	-0.0105	0.2313	-0.0201	0.2165	-20.6005	20.0277	8.2885
6	2.9178	-0.3614	0.7495	6.794	-0.5348	4.1036	0.1058	0.0694	0.0551	-0.2654	-0.1416	-0.415	0.9834	0.5606	-0.1641	0.4716	0.0498	0.0104	0.2315	-0.0362	0.2639	-20.3419	10.0808	-9.5437

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 128:150)	A	128 - 150
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 151:166)	A	151 - 166
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 167:176)	A	167 - 176
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 177:247)	A	177 - 247
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 248:344)	A	248 - 344
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'P' and (resseq 1:9)	P	1 - 9

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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