PDB-5hgx: Crystal Structure of Transketolase mutant - H261F from Pichia Stipitis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hgx

タイトル

Crystal Structure of Transketolase mutant - H261F from Pichia Stipitis

要素

Transketolase

キーワード

TRANSFERASE / transketolase

機能・相同性

機能・相同性情報

transketolase / transketolase activity / pentose-phosphate shunt / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Scheffersomyces stipitis CBS 6054 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.09 Å

データ登録者

Li, T.L. / Hsu, L.J. / Hsu, N.S.

引用

ジャーナル: Protein Eng. Des. Sel. / 年: 2016
タイトル: Structural and biochemical interrogation on transketolase from Pichia stipitis for new functionality
著者: Hsu, L.J. / Hsu, N.S. / Wang, Y.L. / Wu, C.J. / Li, T.L.

履歴

登録	2016年1月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hgx.cif.gz	424.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hgx.ent.gz	350 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hgx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/5hgx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/5hgx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hjeC 5hyvC 5i4iC 5i51C 5i5eC 5i5gC 1gpuS 5hgf PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xsm-1 5xtv-1 5hje-1 5xuf-1 5xtl-1 5i51-1 5xsb-1 5xs6-1 5xt0-1 6tj9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (6) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transketolase

ヘテロ分子

75.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transketolase

ヘテロ分子

A: Transketolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
151 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.148, 184.556, 98.848
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-827- HOH
2	1	A-967- HOH
3	1	A-1274- HOH
4	1	A-1539- HOH
5	1	A-1585- HOH
6	1	A-1704- HOH
7	1	A-1718- HOH
8	1	A-1829- HOH
9	1	A-1830- HOH

#1: タンパク質	Transketolase / TK 分子量: 75063.484 Da / 分子数: 1 / 変異: H261F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Scheffersomyces stipitis CBS 6054 (菌類) 株: CBS 6054 / 遺伝子: TKT, TKT1, PICST_67105 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P34736, transketolase
#2: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1068 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG400, MES, NaCl / PH範囲: 6.3-6.6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.974 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.974 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.09→30 Å / Num. obs: 380091 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 9.95 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / Χ²: 1.163 / Net I/av σ(I): 18.948 / Net I/σ(I): 14.8 / Num. measured all: 1797707

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.09-1.13	3.5	0.513	37212	1.161	98.1
1.13-1.17	3.8	0.362	37896	1.231	99.8
1.17-1.23	4.2	0.287	37963	1.264	100
1.23-1.29	4.3	0.228	38049	1.264	100
1.29-1.37	4.4	0.187	38086	1.242	100
1.37-1.48	4.5	0.13	38098	1.21	100
1.48-1.63	4.7	0.102	38181	1.173	100
1.63-1.86	4.9	0.084	38222	1.145	99.9
1.86-2.35	5.5	0.055	38419	1.037	100
2.35-30	7.4	0.066	37965	1.063	97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2152: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1GPU

1gpu

解像度: 1.09→23.871 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 9.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1217	19112	5.03 %
R_work	0.1058	-	-
obs	0.1066	380041	99.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.09→23.871 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5137	0	44	1068	6249

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5444
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.172	7417
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.069	1975
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	822
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	968

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.0878-1.1002	0.2373	552	0.2234	10782	X-RAY DIFFRACTION	90
1.1002-1.1131	0.2194	604	0.1994	11876	X-RAY DIFFRACTION	98
1.1131-1.1267	0.181	666	0.1761	11843	X-RAY DIFFRACTION	99
1.1267-1.1409	0.1724	672	0.1599	11935	X-RAY DIFFRACTION	99
1.1409-1.156	0.1751	651	0.1474	12088	X-RAY DIFFRACTION	100
1.156-1.1718	0.1545	610	0.1387	12016	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1718-1.1885	0.1473	666	0.1314	12042	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1885-1.2063	0.1475	653	0.1303	12032	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2063-1.2251	0.1347	648	0.1195	12091	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2251-1.2452	0.1313	661	0.1116	12028	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2452-1.2667	0.1224	643	0.1068	12087	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2667-1.2897	0.1207	629	0.1023	12056	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2897-1.3145	0.1204	643	0.1003	12106	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3145-1.3413	0.1139	602	0.0994	12070	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3413-1.3705	0.1176	609	0.0972	12122	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3705-1.4024	0.1108	654	0.0918	12106	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4024-1.4374	0.1058	618	0.0897	12065	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4374-1.4763	0.103	588	0.0851	12185	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4763-1.5197	0.0996	614	0.083	12140	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5197-1.5688	0.1025	614	0.0815	12141	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5688-1.6248	0.1002	675	0.0791	12074	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6248-1.6899	0.0954	670	0.0809	12088	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6899-1.7668	0.1076	678	0.0868	12089	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7668-1.8599	0.1044	677	0.0897	12115	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8599-1.9764	0.1011	645	0.0887	12187	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9764-2.1289	0.1034	622	0.0907	12179	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1289-2.3429	0.1128	648	0.0909	12222	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3429-2.6816	0.1077	638	0.097	12265	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6816-3.377	0.1257	657	0.1151	12266	X-RAY DIFFRACTION	100
3.377-23.8766	0.1506	605	0.1333	11633	X-RAY DIFFRACTION	92

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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