PDB-5hgq: Loa loa Lysyl-tRNA synthetase in complex with Cladosporin.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hgq

タイトル

Loa loa Lysyl-tRNA synthetase in complex with Cladosporin.

要素

Lysine--tRNA ligase

キーワード

LIGASE/LIGASE INHIBITOR / Cladosporin / Lysine-tRNA synthetase / Loa loa / helminth parasites / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Loa loa (ロア糸状虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.283 Å

データ登録者

Sharma, A. / Sharma, M. / Yogavel, M. / Sharma, A.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: PLoS Negl Trop Dis / 年: 2016
タイトル: Protein Translation Enzyme lysyl-tRNA Synthetase Presents a New Target for Drug Development against Causative Agents of Loiasis and Schistosomiasis
著者: Sharma, A. / Sharma, M. / Yogavel, M. / Sharma, A.

履歴

登録	2016年1月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月23日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hgq.cif.gz	725.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hgq.ent.gz	599.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hgq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/5hgq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/5hgq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bjuS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7ea9-1 6ka6-2 5zh4-d 3bju-3 3a74-1 6wbd-d 4pg3-2 1bbu-1 6aqh-6 6kct-2 5zh5-d 3e9h-1 4pg3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lysine--tRNA ligase

D: Lysine--tRNA ligase

B: Lysine--tRNA ligase

C: Lysine--tRNA ligase

ヘテロ分子

242 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysine--tRNA ligase

B: Lysine--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
121 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Lysine--tRNA ligase

C: Lysine--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
121 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.165, 147.355, 160.944
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lysine--tRNA ligase / Lysyl-tRNA synthetase 分子量: 60077.238 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 78-599 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Loa loa (ロア糸状虫) / 遺伝子: LOAG_03217 / プラスミド: pETM41 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: E1FQP0, lysine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-KRS / cladosporin / (3R)-3-[[(2R,6S)-6-methyloxan-2-yl]methyl]-6,8-bis(oxidanyl)-3,4-dihydroisochromen-1-one / クラドスポリン分子量: 292.327 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₀O₅
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, magnesium chloride, spermidine / PH範囲: 8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.28→50 Å / Num. obs: 40374 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.239 / Net I/σ(I): 4.44
反射シェル	解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.82 / % possible all: 91.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BJU

3bju

解像度: 3.283→43.754 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2923	1996	4.96 %	Random selection
R_work	0.2536	-	-	-
obs	0.2556	40253	90.84 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.283→43.754 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14500	0	130	7	14637

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	14991
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.909	20361
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.153	8864
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	2250
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2632

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2828-3.3649	0.3652	121	0.3381	2330	X-RAY DIFFRACTION	79
3.3649-3.4558	0.3616	144	0.3154	2776	X-RAY DIFFRACTION	93
3.4558-3.5575	0.3358	143	0.2998	2735	X-RAY DIFFRACTION	93
3.5575-3.6723	0.2933	143	0.2863	2748	X-RAY DIFFRACTION	92
3.6723-3.8034	0.3297	144	0.2679	2761	X-RAY DIFFRACTION	93
3.8034-3.9556	0.2956	144	0.2726	2761	X-RAY DIFFRACTION	93
3.9556-4.1355	0.311	144	0.2582	2756	X-RAY DIFFRACTION	92
4.1355-4.3534	0.3062	144	0.228	2771	X-RAY DIFFRACTION	93
4.3534-4.6258	0.2846	145	0.2197	2771	X-RAY DIFFRACTION	92
4.6258-4.9825	0.2341	145	0.2113	2775	X-RAY DIFFRACTION	92
4.9825-5.4831	0.2655	145	0.233	2771	X-RAY DIFFRACTION	92
5.4831-6.2745	0.2997	145	0.2521	2769	X-RAY DIFFRACTION	91
6.2745-7.8977	0.2908	143	0.2591	2769	X-RAY DIFFRACTION	90
7.8977-43.7581	0.243	146	0.2307	2764	X-RAY DIFFRACTION	86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7301	0.2179	0.144	0.9516	-0.3064	1.1442	-0.0059	0.1832	0.0148	-0.0233	0.0845	-0.146	0.1329	0.1533	-0.0217	0.3174	0.0326	-0.0196	0.339	-0.0183	0.2368	31.518	-22.8013	-57.015
2	0.4044	-0.3765	-0.4771	0.3432	0.8046	1.1502	0.0094	0.0465	-0.1048	0.0009	0.0442	0.0044	0.0866	-0.0681	0.0017	0.3447	-0.0677	-0.0096	0.3857	0.0623	0.3974	5.001	-20.2161	-17.0509
3	0.6178	-0.2834	0.0163	0.8839	-0.1333	1.1296	0.0382	-0.0227	-0.1048	0.112	-0.0002	0.0108	0.1804	-0.1548	0.0259	0.3216	-0.0486	0.0505	0.4269	-0.0303	0.3871	-31.2788	-24.3719	-27.4941
4	0.9015	-0.3548	-0.3141	0.1745	0.0977	0.4181	0.1348	-0.0366	-0.5223	0.0417	-0.1016	0.2527	-0.1202	0.1259	-0.0069	0.3668	-0.0504	-0.0343	0.3436	-0.0453	0.2861	-19.9721	-22.4568	-41.6441
5	-0.0095	-0.0802	-0.066	1.1752	-0.5076	0.9328	-0.1425	0.0952	-0.2242	-0.1774	0.042	-0.2212	0.2338	0.1024	0.03	0.3231	-0.0013	0.0077	0.4559	0.0111	0.4489	-15.6211	-19.1548	-73.014
6	1.0583	-0.4459	-0.1097	1.0148	0.3645	0.4187	0.0785	-0.127	0.0682	0.0344	-0.0391	-0.3601	-0.0916	0.179	-0.0348	0.4384	-0.0253	0.0481	0.4355	-0.045	0.3034	4.3026	-12.1782	-58.994
7	0.5809	-0.1618	-0.3135	0.6037	0.7	0.6559	-0.1603	-0.1961	-0.0471	0.0082	0.1055	-0.0789	0.138	0.14	0.0034	0.309	0.0169	-0.037	0.374	-0.0512	0.3772	1.0341	-19.6685	-74.0036
8	0.5217	-0.3907	0.0961	0.2818	0.0003	0.301	0.0435	0.0025	-0.1583	0.0801	0.3044	0.1807	-0.092	-0.1174	-0.0202	0.4132	-0.0093	0.004	0.238	0.0217	0.3865	8.3708	4.564	4.4883
9	0.6763	-0.0538	-0.0223	1.0166	0.4125	0.6217	0.0624	0.0071	0.2839	0.1246	-0.0792	-0.226	-0.0754	-0.0566	-0.0163	0.2882	0.0363	-0.0125	0.4829	0.1065	0.3514	11.7074	10.1391	7.4313
10	0.2309	0.0994	-0.3842	0.5389	-0.4246	0.92	0.0036	-0.3156	0.091	0.1065	0.077	0.09	0.1702	0.2539	-0.0528	0.3698	-0.0182	-0.053	0.498	-0.043	0.3309	25.9714	-14.5618	-11.4984
11	0.2059	0.0692	0.2551	0.6868	0.3138	0.9424	-0.1298	-0.0847	0.1697	0.4554	0.0143	0.111	0.0597	0.1576	-0.0034	0.4455	0.0236	-0.0314	0.4966	-0.0591	0.3548	29.0088	-25.8156	-24.1085
12	0.5813	-0.3759	0.3121	0.3221	0.1404	0.6601	0.1422	-0.2091	0.1185	0.1742	-0.0889	-0.1623	-0.1042	0.1603	-0.034	0.3747	-0.0202	-0.0289	0.4922	0.0035	0.5654	49.8015	-17.3716	-21.9833
13	0.3347	0.122	0.4052	0.848	0.1671	0.7196	0.1283	0.0754	-0.2847	0.3104	-0.0213	-0.2144	0.2237	-0.3738	-0.0275	0.3009	0.0807	-0.0406	0.4454	0.002	0.5854	45.8893	-27.347	-26.8381
14	0.9011	-0.1924	-0.7238	0.6921	0.1998	0.56	0.3177	-0.4316	0.4858	0.2987	0.1452	-0.5628	0.2164	0.1552	0.0878	0.3851	0.0153	-0.0121	0.405	-0.0402	0.5085	33.1336	-20.7974	-20.9137
15	0.2814	0.4399	0.3533	0.8459	0.1217	1.2667	0.0581	0.0907	0.0519	-0.1498	0.0755	-0.1955	-0.1722	-0.1093	-0.008	0.3298	-0.0094	-0.0616	0.4274	-0.0359	0.3949	-10.4421	10.415	-90.0455
16	0.4676	0.381	-0.8825	0.5436	-0.3212	0.339	0.0004	0.235	0.0191	-0.0707	0.0255	0.1874	0.0094	-0.0688	0.0147	0.3236	0.0205	-0.067	0.4172	-0.0376	0.4041	-37.3306	-18.4671	-63.888
17	0.0834	-0.1344	-0.0528	0.2172	0.1168	0.082	0.2073	-0.0057	-0.1041	-0.0754	-0.0544	0.0793	0.0484	0.2616	0.1934	0.3541	0.1283	-0.1305	0.313	-0.1165	0.2973	0.1066	-21.4177	-42.0555

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 139 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 140 through 505 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 6 through 122 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 123 through 192 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 193 through 278 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 279 through 337 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 338 through 505 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 5 through 57 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 58 through 139 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 140 through 219 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 220 through 278 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 279 through 372 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 373 through 463 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 464 through 507 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 7 through 133 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 134 through 505 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain 'A' and resid 601) or (chain 'B' and resid 601) or (chain 'C' and resid 601) or (chain 'D' and resid 602)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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