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- PDB-5hgo: Hexameric HIV-1 CA R18G mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hgo
タイトルHexameric HIV-1 CA R18G mutant
要素Capsid protein P24
キーワードVIRAL PROTEIN / Capsid
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / ISG15 antiviral mechanism / host multivesicular body / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding ...viral budding via host ESCRT complex / ISG15 antiviral mechanism / host multivesicular body / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) ...Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Jacques, D.A. / James, L.C.
資金援助 英国, オーストラリア, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)UK; U105181010 英国
European Research Council281627 -IAI 英国
National Health and Medical Research CouncilGNT1036521 オーストラリア
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: HIV-1 uses dynamic capsid pores to import nucleotides and fuel encapsidated DNA synthesis.
著者: Jacques, D.A. / McEwan, W.A. / Hilditch, L. / Price, A.J. / Towers, G.J. / James, L.C.
履歴
登録2016年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月24日Group: Database references
改定 1.22016年8月31日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.52024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein P24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3611
ポリマ－25,3611
非ポリマー00
水1,892105
1
A: Capsid protein P24
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,1676
ポリマ－152,1676
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_435-y-1,x-y-2,z1
crystal symmetry operation3_645-x+y+1,-x-1,z1
crystal symmetry operation4_535-x,-y-2,z1
crystal symmetry operation5_655y+1,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_445x-y-1,x-1,z1
Buried area13280 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area58790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.810, 90.810, 56.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6

-
要素

#1: タンパク質 Capsid protein P24 / Pr55Gag


分子量: 25361.129 Da / 分子数: 1 / 変異: C14A, C45E, A184W, A185M, R18G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P12493
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.74 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG550MME (13-14%), KSCN (0.15M), TRIS (0.1M, pH 8.5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.878
11K, H, -L20.122
反射解像度: 2→46.09 Å / Num. obs: 18210 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rpim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 109659 / Scaling rejects: 160
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2-2.055.90.8311.9783813300.6640.374100
8.94-46.095.50.10212.711732120.9910.04596.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.21 Å39.32 Å
Translation5.21 Å39.32 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
Aimless0.5.12データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
REFMAC5.8.0124精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H4E

3h4e


解像度: 2→39.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / WRfactor Rfree: 0.2175 / WRfactor Rwork: 0.2046 / FOM work R set: 0.8615 / SU B: 4.572 / SU ML: 0.072 / SU R Cruickshank DPI: 0.0358 / SU Rfree: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2212 921 5.1 %RANDOM
Rwork0.2051 ---
obs0.206 17285 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.41 Å2 / Biso mean: 27.327 Å2 / Biso min: 13.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.07 Å20 Å20 Å2
2--6.07 Å20 Å2
3----12.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→39.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1573 0 0 105 1678
Biso mean---28.57 -
残基数----205
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0191644
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0461.9622240
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8763.0013638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9825212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.21524.70668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.27615282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.231510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2254
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211858
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02352
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3872.752833
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3882.749832
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2194.6151041
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 80 -
Rwork0.216 1246 -
all-1326 -
obs--99.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.36480.0575-0.07460.6326-0.3941.04060.01730.0416-0.0152-0.0679-0.03570.00310.04010.08820.01840.00880.0068-0.00210.014-0.00330.087569.4238-87.1167-12.2837
22.27810.79510.35742.2559-1.03651.95190.0455-0.0949-0.1310.0925-0.0366-0.12190.1489-0.0243-0.00890.0366-0.00120.00150.00740.00530.092558.7452-113.89611.0924
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 145
2X-RAY DIFFRACTION2A146 - 999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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