PDB-5hgl: Hexameric HIV-1 CA, open conformation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hgl

タイトル

Hexameric HIV-1 CA, open conformation

要素

Capsid protein P24

キーワード

VIRAL PROTEIN / Capsid

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding via host ESCRT complex / host multivesicular body / ISG15 antiviral mechanism / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Price, A.J. / Jacques, D.A. / James, L.C.

資金援助

英国,

オーストラリア, 3件

組織	認可番号	国
Medical Research Council (United Kingdom)	UK; U105181010	英国
European Research Council	281627 -IAI	英国
National Health and Medical Research Council	GNT1036521	オーストラリア

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: HIV-1 uses dynamic capsid pores to import nucleotides and fuel encapsidated DNA synthesis.
著者: Jacques, D.A. / McEwan, W.A. / Hilditch, L. / Price, A.J. / Towers, G.J. / James, L.C.

履歴

登録	2016年1月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月24日	Group: Database references
改定 1.2	2016年8月31日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2018年1月24日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.5	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hgl.cif.gz	492.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hgl.ent.gz	411.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hgl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hgl_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hgl_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	5hgl_validation.xml.gz	42.1 KB	表示
CIF形式データ	5hgl_validation.cif.gz	55.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/5hgl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/5hgl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hgkC 5hgmC 5hgnC 5hgoC 5hgpC 5jpaC 3h4eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3h4e-2 4qnb-1 5tsx-2 4u0e-1 4u0d-2 6r6q-1 3mge-1 5hgn-1 4u0f-1 4u0c-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (3) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Capsid protein P24

B: Capsid protein P24

C: Capsid protein P24

D: Capsid protein P24

E: Capsid protein P24

F: Capsid protein P24

ヘテロ分子

155 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.690, 159.270, 249.399
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 219 / Label seq-ID: 1 - 219

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Capsid protein P24 / Pr55Gag 分子量: 25461.271 Da / 分子数: 6 / 変異: C14A, C45E, A184W, A185M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P12493
#2: 化合物	ChemComp-1B0 / N-METHYL-NALPHA-[(2-METHYL-1H-INDOL-3-YL)ACETYL]-N-PHENYL-L-PHENYLALANINAMIDE 分子量: 425.522 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₇N₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.81 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG550MME (13-14%), KSCN (0.15M), TRIS (0.1M, pH 8.5)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年3月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.1→19.99 Å / Num. obs: 31869 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.8 % / CC_1/2: 0.986 / R_merge(I) obs: 0.094 / R_pim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 89050 / Scaling rejects: 163

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
3.1-3.27	2.4	0.552	1.9	10474	4366	0.651	0.411	92
9.8-19.99	2.9	0.069	13.9	2681	929	0.976	0.048	84.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	7.5 Å	19.99 Å
Translation	7.5 Å	19.99 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
Aimless	0.5.14	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
REFMAC	5.8.0135	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
iMOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3H4E

3h4e

解像度: 3.1→19.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.909 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / WR_factor R_free: 0.2889 / WR_factor R_work: 0.2554 / FOM work R set: 0.7553 / SU B: 63.976 / SU ML: 0.499 / SU R Cruickshank DPI: 0.454 / SU R_free: 0.5041 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.504 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2819	1552	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2501	-	-	-
obs	0.2517	30312	96.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 278.56 Å² / B_iso mean: 108.434 Å² / B_iso min: 36.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.54 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.64 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.1→19.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9316	0	193	0	9509
B_iso mean	-	-	83	-	-
残基数	-	-	-	-	1209

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	9784
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	9288
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.166	1.984	13325
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.024	3.001	21380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.228	5.008	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.265	25.176	398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.882	15	1629
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.298	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	1502
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	10951
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	2105
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.3	7.024	4840
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.299	7.024	4839
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.518	11.841	6026

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	23134	0.05
1	2	B	23134	0.05
2	1	A	23270	0.04
2	2	C	23270	0.04
3	1	A	23220	0.05
3	2	D	23220	0.05
4	1	A	23226	0.05
4	2	E	23226	0.05
5	1	A	23406	0.05
5	2	F	23406	0.05
6	1	B	23514	0.03
6	2	C	23514	0.03
7	1	B	23454	0.04
7	2	D	23454	0.04
8	1	B	23540	0.03
8	2	E	23540	0.03
9	1	B	23492	0.03
9	2	F	23492	0.03
10	1	C	23606	0.04
10	2	D	23606	0.04
11	1	C	23614	0.03
11	2	E	23614	0.03
12	1	C	23454	0.03
12	2	F	23454	0.03
13	1	D	23552	0.04
13	2	E	23552	0.04
14	1	D	23392	0.04
14	2	F	23392	0.04
15	1	E	23446	0.04
15	2	F	23446	0.04

LS精密化シェル

解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4	115	-
R_work	0.371	2044	-
all	-	2159	-
obs	-	-	89.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3369	-1.5612	1.6962	2.1344	-1.073	1.614	-0.3218	-0.0164	0.5801	-0.078	0.1283	-0.0878	-0.4891	0.1715	0.1934	0.3069	-0.039	-0.0312	0.258	0.0418	0.1643	-17.0178	17.2762	37.3818
2	2.9331	0.0372	1.9963	2.8177	-0.1825	1.9672	0.0068	0.4298	-0.3925	-0.7033	0.0639	-0.8088	-0.2819	0.54	-0.0707	0.3963	-0.0987	0.1823	0.4344	0.0208	0.4372	2.7528	0.6379	31.7042
3	2.2303	1.2754	0.5401	5.0518	-0.0334	1.1544	0.4529	0.5257	-1.1881	-1.0676	-0.0439	-0.3572	0.0687	0.7064	-0.4089	0.6245	0.1935	-0.1512	0.491	-0.2687	0.9322	-1.495	-23.6923	23.1082
4	2.5919	1.2632	-1.313	1.4974	-1.6639	4.7967	0.1297	0.4772	-0.9935	-0.6609	0.0436	0.3213	0.5494	0.1618	-0.1733	0.7483	0.2116	-0.5615	0.1556	-0.2896	1.3438	-25.9107	-32.0781	18.9793
5	3.5344	0.3786	-0.1041	1.6032	0.0283	1.6273	0.3312	0.1297	-0.5553	-0.6776	-0.1265	0.8993	-0.111	-0.3048	-0.2048	0.3853	0.0719	-0.5466	0.0918	0.0053	0.9369	-46.2704	-16.2562	25.6553
6	3.313	0.1987	1.6594	2.9262	0.7472	2.2755	-0.0503	-0.4568	-0.1602	-0.5083	0.1403	1.1515	-0.6757	-0.1965	-0.09	0.3521	-0.0165	-0.1284	0.1753	0.1581	0.6133	-41.9153	8.353	35.462

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 301
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 301
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 301
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 301
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 301
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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