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万見
- PDB-5hgk: HIV-1 CA N-terminal domain, open conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hgk
タイトルHIV-1 CA N-terminal domain, open conformation
要素Capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Capsid
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / viral process / host multivesicular body / viral capsid / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity ...viral budding via host ESCRT complex / viral process / host multivesicular body / viral capsid / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain ...Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag protein / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.763 Å
データ登録者Jacques, D.A. / Price, A.J. / James, L.C.
資金援助 英国, オーストラリア, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)UK; U10518101 英国
European Research Council281627 -IAI 英国
National Health and Medical Research CouncilGNT1036521 オーストラリア
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: HIV-1 uses dynamic capsid pores to import nucleotides and fuel encapsidated DNA synthesis.
著者: Jacques, D.A. / McEwan, W.A. / Hilditch, L. / Price, A.J. / Towers, G.J. / James, L.C.
履歴
登録2016年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月24日Group: Database references
改定 1.22016年8月31日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.52024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
B: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4453
ポリマ－32,4092
非ポリマー351
水6,089338
1
A: Capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2051
ポリマ－16,2051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2402
ポリマ－16,2051
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.720, 23.850, 129.549
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.310, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 146 / Label seq-ID: 1 - 146

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Capsid protein


分子量: 16204.573 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain, UNP residues 133-278 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: D2ECE2, UniProt: A9PKC6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.62 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: PEG3350 (20%), Ammonium chloride (0.2M, pH 6.3)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年9月17日
放射モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.763→128.765 Å / Num. all: 25066 / Num. obs: 25066 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 4.6 % / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.074 / Rsym value: 0.065 / Net I/av σ(I): 6.509 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 115457
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.763-1.864.60.2273.21450631880.1150.227580.6
1.86-1.974.70.1534.71501831980.0770.153786.3
1.97-2.14.60.116.21432831110.0560.119.789.9
2.1-2.274.40.08971327129860.0450.08912.191.1
2.27-2.494.40.0827.31252528710.0430.08213.695.3
2.49-2.784.50.0748.11206426730.0390.07416.197.7
2.78-3.214.80.0610.41147623930.0310.0619.298.7
3.21-3.944.90.0589.91009620750.0290.05821.999.1
3.94-5.574.90.05111.4793116250.0260.05122.499.5
5.57-39.8684.50.0517.742429460.0270.05118.999.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.76 Å39.87 Å
Translation1.76 Å39.87 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
REFMAC5.8.0131精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H4E

3h4e


解像度: 1.763→128.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / WRfactor Rfree: 0.2463 / WRfactor Rwork: 0.2074 / FOM work R set: 0.8555 / SU B: 2.7 / SU ML: 0.088 / SU R Cruickshank DPI: 0.155 / SU Rfree: 0.1368 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2241 1229 4.9 %RANDOM
Rwork0.1899 ---
obs0.1916 23827 92.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 90.96 Å2 / Biso mean: 28.533 Å2 / Biso min: 13.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å2-0 Å21 Å2
2---0.79 Å20 Å2
3---0.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.763→128.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2233 0 1 338 2572
Biso mean--24.73 38.52 -
残基数----292
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0192346
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.022225
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2221.9433210
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.12235126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1345303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.39125.25897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.56415379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.351510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2361
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212696
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02510
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5243.4141200
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5063.4111199
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4545.7381507
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 15594 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.763→1.808 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 64 -
Rwork0.233 1522 -
all-1586 -
obs--80.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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