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- PDB-5hgj: Structure of integrin alpha1beta1 and alpha2beta1 I-domains expla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hgj
タイトルStructure of integrin alpha1beta1 and alpha2beta1 I-domains explain differential calcium-mediated ligand recognition
要素Integrin alpha-1
キーワードCELL ADHESION / integrin / signaling / rossman / I-domain
機能・相同性
機能・相同性情報


integrin alpha1-beta1 complex / cellular extravasation / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / Other semaphorin interactions / CHL1 interactions / phosphatase activator activity / Laminin interactions / basal part of cell / Platelet Adhesion to exposed collagen / integrin complex ...integrin alpha1-beta1 complex / cellular extravasation / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / Other semaphorin interactions / CHL1 interactions / phosphatase activator activity / Laminin interactions / basal part of cell / Platelet Adhesion to exposed collagen / integrin complex / cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / neuron projection morphogenesis / Smooth Muscle Contraction / Integrin cell surface interactions / collagen binding / neutrophil chemotaxis / acrosomal vesicle / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / cell-cell adhesion / vasodilation / integrin binding / positive regulation of neuron apoptotic process / protein phosphatase binding / perikaryon / positive regulation of MAPK cascade / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / focal adhesion / cell surface / extracellular exosome / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 ...: / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / von Willebrand factor type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.399 Å
データ登録者Brown, K.L. / Banerjee, S. / Feigley, A. / Abe, H. / Blackwell, T. / Zent, R. / Pozzi, A. / Hudson, B.H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)T32 HL94296-06 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01 DK018381 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Salt-bridge modulates differential calcium-mediated ligand binding to integrin alpha 1- and alpha 2-I domains.
著者: Brown, K.L. / Banerjee, S. / Feigley, A. / Abe, H. / Blackwell, T.S. / Pozzi, A. / Hudson, B.G. / Zent, R.
履歴
登録2016年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-1
B: Integrin alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9216
ポリマ－43,7142
非ポリマー2084
水8,287460
1
A: Integrin alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0244
ポリマ－21,8571
非ポリマー1683
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Integrin alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8972
ポリマ－21,8571
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.369, 95.950, 53.078
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Integrin alpha-1 / CD49 antigen-like family member A / Laminin and collagen receptor / VLA-1


分子量: 21856.754 Da / 分子数: 2 / 断片: Extracellular VWFA domain residues 170-364 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56199
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 460 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.09 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 8000, Tris-HCl, Calcium Chloride, Sodium Chloride, Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→150 Å / Num. obs: 67058 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 14.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155)精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.399→47.975 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2051 3349 5 %
Rwork0.1776 --
obs0.1789 66995 93.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.399→47.975 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3047 0 9 460 3516
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063135
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0584241
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0411185
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.097497
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005548
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3994-1.41940.31351090.28532078X-RAY DIFFRACTION74
1.4194-1.44060.28911370.26232587X-RAY DIFFRACTION90
1.4406-1.46310.29961370.25042591X-RAY DIFFRACTION93
1.4631-1.48710.2741380.23512638X-RAY DIFFRACTION93
1.4871-1.51270.24661400.21192656X-RAY DIFFRACTION95
1.5127-1.54020.24791390.20382661X-RAY DIFFRACTION94
1.5402-1.56990.2331380.20092618X-RAY DIFFRACTION93
1.5699-1.60190.22041410.19042692X-RAY DIFFRACTION96
1.6019-1.63670.22251400.19382657X-RAY DIFFRACTION94
1.6367-1.67480.22821440.18742730X-RAY DIFFRACTION97
1.6748-1.71670.21651410.18942697X-RAY DIFFRACTION95
1.7167-1.76310.21551420.18292705X-RAY DIFFRACTION97
1.7631-1.8150.23061410.18292678X-RAY DIFFRACTION95
1.815-1.87360.20591370.17892612X-RAY DIFFRACTION92
1.8736-1.94060.19571430.17342702X-RAY DIFFRACTION97
1.9406-2.01830.18121430.17862730X-RAY DIFFRACTION96
2.0183-2.11010.21931440.17772719X-RAY DIFFRACTION96
2.1101-2.22140.20591410.17952682X-RAY DIFFRACTION96
2.2214-2.36050.2171410.17482681X-RAY DIFFRACTION95
2.3605-2.54280.21751430.18022711X-RAY DIFFRACTION96
2.5428-2.79860.21221440.17792740X-RAY DIFFRACTION97
2.7986-3.20350.19561430.17422703X-RAY DIFFRACTION96
3.2035-4.03580.16011420.15072687X-RAY DIFFRACTION94
4.0358-48.00320.18471410.15952691X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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