[日本語] English
万見
- PDB-5hge: Filamentous Assembly of Green Fluorescent Protein Supported by a ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hge
タイトルFilamentous Assembly of Green Fluorescent Protein Supported by a C-terminal fusion of 18-residues, viewed in space group P212121
要素Green fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / filament / 2 sub 1 screw symmetry
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.863 Å
Model detailsAn 18-residue C-terminal fusion forms an alpha helix which binds to surface of neighboring ...An 18-residue C-terminal fusion forms an alpha helix which binds to surface of neighboring protomer, supporting a filamentous assembly with 2 sub 1 screw symmetry
データ登録者Sawaya, M.R. / Heller, D.M. / McPartland, L. / Hochschild, A. / Eisenberg, D.S.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Green Fluorescent Protein Fusion that Self Assembles as Polar Filaments
著者: Sawaya, M.R. / Hochschild, A. / Heller, D.M. / McPartland, L. / Eisenberg, D.S.
履歴
登録2016年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software / Item: _software.classification
改定 1.22017年11月1日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_assembly / Item: _pdbx_struct_assembly.method_details
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0692
ポリマ－28,9511
非ポリマー1181
水2,954164
1
A: Green fluorescent protein
ヘテロ分子

A: Green fluorescent protein
ヘテロ分子

A: Green fluorescent protein
ヘテロ分子

A: Green fluorescent protein
ヘテロ分子

A: Green fluorescent protein
ヘテロ分子

A: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • The biological unit is a filament with 2 sub 1 screw symmetry. One filament is composed of chain A and the following symmetry operators 1/2+X,1/2-Y,-Z; -1+X,Y,Z; -1/2+X,1/2-Y,-Z; 1+X,Y,Z; 3/2+X,1/2-Y,-Z; 2+X,Y,Z; etc.
  • 174 kDa, 6 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,41312
ポリマ－173,7046
非ポリマー7096
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation4_555x+1/2,-y+1/2,-z1
crystal symmetry operation4_455x-1/2,-y+1/2,-z1
crystal symmetry operation4_655x+3/2,-y+1/2,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.160, 62.910, 69.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein


分子量: 28950.619 Da / 分子数: 1 / 変異: S65A, V68L and S72A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SER 65 WAS MUTATED TO ALA AND IS PART OF THE CHROMOPHORE PIA

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% MPD, 20% ethanol, 20 mM HEPES, pH 7.5, 10 mM NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.863→46.57 Å / Num. obs: 18522 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 19.68 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 69078 / Scaling rejects: 1
反射 シェル解像度: 1.863→1.869 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. measured all: 10135 / Num. unique all: 2710 / CC1/2: 0.836 / Rpim(I) all: 0.317 / Rejects: 0 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.17データスケーリング
BUSTER-TNT2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
autoPROC1.0.4データスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4PIQ

4piq


解像度: 1.863→46.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9296 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9059 / SU R Cruickshank DPI: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.156 / SU Rfree Blow DPI: 0.138 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.135
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2114 1835 9.92 %RANDOM
Rwork0.1689 ---
obs0.1731 18492 95.38 %-
原子変位パラメータBiso max: 161.68 Å2 / Biso mean: 24.94 Å2 / Biso min: 10.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.5598 Å20 Å20 Å2
2--2.1383 Å20 Å2
3----10.698 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.214 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.863→46.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1937 0 8 165 2110
Biso mean--46.65 30.6 -
残基数----243
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d708SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes56HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes282HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1990HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion251SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2336SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1990HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2685HARMONIC21.13
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.01
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.13
LS精密化 シェル解像度: 1.863→1.97 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2408 275 9.39 %
Rwork0.2056 2654 -
all0.2089 2929 -
obs--95.38 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.3643 Å / Origin y: 3.8929 Å / Origin z: -4.0727 Å
111213212223313233
T-0.0411 Å2-0.0008 Å2-0.0073 Å2--0.0142 Å2-0.0032 Å2---0.006 Å2
L0.6634 °20.1853 °2-0.1367 °2-0.48 °2-0.0778 °2--0.0686 °2
S0.0124 Å °0.0191 Å °0.0376 Å °-0.0308 Å °-0.0098 Å °-0.0074 Å °0.0127 Å °0.0246 Å °-0.0026 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る