PDB-5hfj: crystal structure of M1.HpyAVI-SAM complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hfj

タイトル

crystal structure of M1.HpyAVI-SAM complex

要素

Adenine specific DNA methyltransferase (DpnA)

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / M1.HpyAVI / SAM

機能・相同性

機能・相同性情報

N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methylation / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Ma, B. / Liu, W. / Zhang, H.

引用

ジャーナル: Oncotarget / 年: 2016
タイトル: Biochemical and structural characterization of a DNA N6-adenine methyltransferase from Helicobacter pylori
著者: Ma, B. / Ma, J. / Liu, D. / Guo, L. / Chen, H. / Ding, J. / Liu, W. / Zhang, H.

履歴

登録	2016年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月30日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hfj.cif.gz	668.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hfj.ent.gz	560.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hfj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5hfj_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hfj_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	5hfj_validation.xml.gz	62.9 KB	表示
CIF形式データ	5hfj_validation.cif.gz	79.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/5hfj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/5hfj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5hekSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dhe-d 2z0j-2 4huj-d 1qyi-d 1t6n-d 5ceb-1 3v39-d 3l01-1 2yzo-d 4rpi-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenine specific DNA methyltransferase (DpnA)

B: Adenine specific DNA methyltransferase (DpnA)

C: Adenine specific DNA methyltransferase (DpnA)

D: Adenine specific DNA methyltransferase (DpnA)

E: Adenine specific DNA methyltransferase (DpnA)

F: Adenine specific DNA methyltransferase (DpnA)

G: Adenine specific DNA methyltransferase (DpnA)

H: Adenine specific DNA methyltransferase (DpnA)

ヘテロ分子

220 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenine specific DNA methyltransferase (DpnA)

B: Adenine specific DNA methyltransferase (DpnA)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Adenine specific DNA methyltransferase (DpnA)

E: Adenine specific DNA methyltransferase (DpnA)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.1 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Adenine specific DNA methyltransferase (DpnA)

H: Adenine specific DNA methyltransferase (DpnA)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.1 kDa, 2 ポリマー
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4

F: Adenine specific DNA methyltransferase (DpnA)

G: Adenine specific DNA methyltransferase (DpnA)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.603, 135.603, 265.146
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Adenine specific DNA methyltransferase (DpnA) 分子量: 27140.543 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌) 株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: HP_0050 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O24891
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.86 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 14% PEG2000, 0.2 M lithium sulfate / PH範囲: 6.5

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97772 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97772 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→48.908 Å / Num. obs: 49903 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.6 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.106 / R_sym value: 0.106 / Net I/av σ(I): 14 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 3.1→3.1776 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.769 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		モデル構築
PHENIX	1.9_1692	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5HEK

5hek

解像度: 3.1→48.908 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2757	1996	4.01 %
R_work	0.2212	-	-
obs	0.2234	49833	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.908 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12978	0	216	0	13194

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	13540
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.651	18302
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.603	5130
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	1975
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2279

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1-3.1776	0.322	138	0.2886	3374	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1776-3.2634	0.3537	144	0.2796	3400	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2634-3.3595	0.3341	141	0.2637	3405	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3595-3.4679	0.3122	145	0.2615	3427	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4679-3.5918	0.3045	144	0.2612	3417	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5918-3.7355	0.2839	141	0.2396	3399	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7355-3.9055	0.2965	145	0.24	3419	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9055-4.1113	0.2924	142	0.2271	3426	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1113-4.3687	0.2882	143	0.2004	3434	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3687-4.7058	0.2016	140	0.1771	3394	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7058-5.1789	0.2648	138	0.1888	3414	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1789-5.9271	0.2637	143	0.206	3451	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9271-7.4633	0.2602	149	0.2244	3415	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4633-48.9142	0.2532	143	0.2052	3462	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7762	-0.3148	1.5293	2.0446	0.7943	2.1225	0.0522	0.3714	0.2312	-0.6899	-0.3609	-1.2199	0.1335	0.6054	0.1162	0.7675	0.2087	0.2169	0.5237	0.1574	0.8152	-23.172	2.8963	-26.9158
2	3.0821	-1.2512	0.1603	2.0869	-1.1393	1.6573	-0.1225	0.143	0.1239	-0.1991	-0.197	0.0937	0.1424	0.2641	0.3761	0.6175	0.1592	0.0391	0.3762	0.0632	0.5007	-38.1471	7.984	-19.6938
3	5.0556	-1.4143	0.5909	1.7209	-0.5827	2.5407	0.2746	-0.0097	0.1322	0.3643	-0.0451	-0.0275	0.1593	0.1483	-0.1696	0.6901	0.152	0.0145	0.344	0.0472	0.6002	-27.6315	0.8692	-11.8736
4	4.4136	2.2828	-3.2153	3.5011	-0.4777	3.5314	0.2599	0.3755	0.5898	0.1083	-0.1365	0.5275	-0.3879	-0.2217	-0.4068	0.6714	0.297	-0.2008	0.6375	0.0257	0.7752	-64.0223	35.5304	-26.0673
5	3.7183	0.4033	1.3837	4.4005	-1.545	4.237	0.0537	0.0556	0.1572	-0.6196	0.1539	0.295	-0.4286	-0.1527	-0.1255	0.5419	0.1364	0.0686	0.442	0.0573	0.4443	-55.459	29.8284	-23.864
6	4.1527	-0.631	0.6865	3.239	-0.7902	1.303	-0.0777	0.297	0.2021	0.0279	0.0197	0.2023	-0.2722	-0.0059	0.1066	0.5804	0.1628	-0.0421	0.3903	0.0251	0.5064	-48.5682	27.1414	-23.1332
7	3.0296	-0.2525	0.5827	2.1777	-0.6299	2.7288	-0.0224	0.0802	-0.675	-0.1706	-0.0844	0.0294	0.2016	-0.2761	0.2019	0.5805	0.204	0.0055	0.4035	0.0016	0.6074	-49.776	12.7748	-15.1347
8	2.4629	0.4599	-0.2644	2.8786	-3.0997	7.9502	-0.3951	-0.2891	-1.3033	-0.1275	0.2186	0.309	0.6372	0.536	0.2424	0.8283	0.3342	0.1013	0.3426	0.2101	0.9701	-44.8188	33.4299	-7.5718
9	9.4309	-1.3372	-1.1445	0.6257	-1.0315	3.1436	-0.1594	-0.332	-1.4065	-0.3197	-0.2208	1.1415	0.1038	-0.283	0.1697	0.8421	0.2652	-0.0463	0.541	-0.0227	0.8918	-47.3936	19.4462	-1.1416
10	1.6581	-1.524	2.0946	3.2384	-3.5659	5.6281	-1.3172	-0.4479	-0.6721	1.3043	0.8584	1.0332	-0.9642	-1.0934	0.4687	0.7726	0.2218	0.0962	0.6604	0.0053	1.1844	-64.7838	14.4473	-14.3239
11	5.6932	0.7357	2.3004	7.1672	1.6999	3.3898	-0.331	-0.7022	0.6179	1.2746	0.3275	0.5443	-1.1085	-0.1544	-0.1303	1.0095	0.3069	0.1853	0.4697	0.0021	0.5775	-57.1649	28.643	-8.7017
12	3.8087	0.1926	-1.297	3.9161	-1.8145	5.457	0.097	0.0196	0.3622	0.377	0.3546	1.0072	0.3344	-0.2317	-0.542	0.8068	0.2842	0.0386	0.5406	0.0515	0.5536	-64.567	28.1841	-14.846
13	5.4208	1.4666	5.857	2.0107	-3.5122	8.705	-0.0248	-1.1457	-0.331	-1.4093	-0.6194	0.6525	0.9865	-2.0329	0.7938	0.4452	0.0832	-0.096	0.8163	-0.1923	1.0381	-73.3556	23.937	-19.085
14	5.1775	0.1876	-0.7549	2.8344	0.0403	4.0833	0.2968	-0.5032	-0.4398	0.8602	-0.1567	-0.7949	-0.0951	0.1073	-0.0947	0.8816	-0.3054	-0.1074	0.4967	0.0919	0.5385	-24.49	-1.0486	29.6809
15	2.1153	1.5434	1.4046	3.9735	-0.0996	2.6487	0.18	-0.1732	-0.1896	0.5669	-0.141	-0.2299	-0.1552	0.2014	-0.1109	0.6436	-0.2317	-0.0066	0.4083	0.009	0.5569	-38.9374	-7.7561	19.801
16	5.5095	0.736	-0.7036	1.4912	-0.5358	2.8842	0.3345	0.1541	-0.0823	0.2161	-0.089	-0.0769	0.1225	0.0681	-0.2256	0.7266	-0.118	-0.0068	0.3104	0.0026	0.4691	-26.962	1.1357	13.8843
17	4.2702	1.4764	-0.3802	1.3778	0.2	4.3135	0.4345	0.4888	-0.0001	-0.799	-0.1567	-0.3914	-0.2456	-0.0954	-0.3134	0.9318	0.2976	0.0273	0.5311	-0.1121	0.5737	-73.8984	-25.1587	-15.7047
18	2.179	-1.9939	-0.2085	7.3147	1.6083	1.8492	0.1827	0.0547	-0.0504	-0.492	0.0896	-0.1855	-0.1242	0.1975	-0.2052	0.7927	0.1738	-0.0108	0.4433	-0.022	0.5492	-86.3395	-10.9323	-11.8669
19	3.5205	1.8022	0.0569	4.3056	-0.5438	1.2057	-0.0274	-0.5925	-0.1061	0.856	0.2307	0.4085	-0.7019	-0.2106	-0.4381	0.9744	0.2271	0.1207	0.6407	-0.0677	0.9208	-88.6683	-16.348	2.4318
20	5.4337	0.2192	-0.7367	0.1201	1.0828	4.4238	0.4348	0.0323	-0.054	-0.4241	-0.3597	-0.4195	-0.4321	0.2544	0.0287	0.7374	0.1272	0.0831	0.3389	0.0567	0.5512	-71.7962	-19.2428	-4.5238
21	4.5901	-4.0895	2.706	4.5422	-3.2561	3.1343	0.4031	-0.6078	-0.5833	1.4254	-0.83	0.9769	0.0397	-0.0428	0.1956	1.0564	-0.3256	0.0188	0.7093	0.0009	0.557	-62.6295	-33.8513	28.707
22	3.0805	2.0286	-0.0429	4.7803	0.2351	2.0329	0.434	-0.4964	0.1294	0.7914	-0.4672	0.2508	-0.0737	-0.164	0.0199	0.7006	-0.1844	-0.0264	0.4239	0.0093	0.5942	-48.8134	-20.8727	21.0682
23	2.2658	-3.929	-5.1615	3.1889	2.7495	3.8656	0.4666	1.0055	0.0129	-0.0532	-0.5383	-0.2051	-0.3942	-0.8536	-0.3017	0.8881	-0.0604	-0.1952	0.7479	-0.1748	0.9237	-54.252	-14.4291	9.5696
24	6.8439	0.6795	1.3724	4.5752	-1.8866	3.544	0.5636	-0.3054	-0.0022	0.5564	-0.4706	0.7308	-0.3618	-0.3848	-0.2737	0.6712	-0.0746	0.0963	0.3001	-0.0298	0.5644	-63.2652	-25.331	16.4588
25	5.1088	-0.5488	2.2371	6.7923	2.2575	4.8578	-0.2474	0.0825	0.3244	0.1069	0.4452	1.9607	0.2408	-0.6082	-0.0768	0.7468	-0.225	-0.017	0.5086	0.0839	0.8892	-106.4262	5.8406	35.552
26	3.4456	1.9905	-0.3521	5.1138	1.5115	4.2381	-0.0016	0.0891	0.4712	-0.2616	0.1252	0.279	-0.2441	-0.282	-0.1246	0.501	-0.1002	-0.1346	0.3333	0.034	0.5575	-89.9511	12.926	27.3401
27	8.5143	0.8309	-4.1268	6.1542	2.4553	8.84	-0.478	-0.5459	-1.3949	0.3174	-0.2612	-0.3156	1.6438	0.336	0.7624	0.9282	-0.2693	-0.2717	0.5735	0.1184	0.9815	-86.6774	-4.3296	33.9674
28	4.8117	0.9607	-0.2294	5.2125	0.895	2.8254	0.1151	0.1161	0.2543	-0.5838	0.1465	0.0009	0.171	-0.2234	-0.2683	0.7041	-0.1872	-0.1474	0.4481	0.0358	0.5334	-99.3783	1.7881	21.3184
29	5.7368	-3.3091	-1.1786	6.4029	3.3303	3.5409	0.3373	0.4495	0.1347	0.6652	0.2572	-1.535	-0.4621	-0.0357	-0.2328	0.5261	-0.2519	-0.2404	0.6372	-0.1063	0.9384	-65.9946	38.3137	37.6742
30	3.3864	0.1287	-0.1436	1.0235	1.4962	3.4741	0.0024	-0.5234	-0.0634	0.3812	0.0849	-0.2545	0.2641	0.1827	0.0136	0.4633	-0.0459	-0.1099	0.4706	0.0339	0.5689	-74.8981	30.3649	37.2548
31	4.8751	2.3582	-0.7649	5.3737	0.1207	1.8602	0.1041	-0.124	0.266	0.7937	-0.0808	-0.3654	0.038	-0.1857	0.0627	0.5733	-0.0907	-0.1095	0.3725	0.0425	0.5909	-80.984	29.7043	32.9611
32	1.5882	1.2503	-1.0976	9.4425	0.7782	1.4136	-0.5086	0.0445	-0.5421	-0.1297	0.9017	-1.623	0.5801	0.3555	-0.2541	0.6658	-0.0539	-0.1722	0.6696	-0.2008	0.9695	-77.6537	14.147	26.219
33	2.1595	0.9957	-0.0756	4.4831	0.148	0.629	-0.4624	0.3792	-0.4787	-0.3805	0.6386	0.263	-0.1282	-0.0092	-0.0247	0.807	-0.2367	-0.1016	0.4767	-0.1129	0.6314	-80.6322	22.5736	23.1665
34	3.4602	-1.4968	0.5292	1.2897	0.5729	3.2978	0.0874	0.4086	-0.2801	-0.7005	0.0373	-1.1562	1.4509	0.1837	0.0338	0.9571	-0.1513	0.2239	0.6325	0.0441	1.2346	-69.8302	17.1537	20.8919
35	5.5901	2.0506	-0.1479	4.2101	2.591	1.9286	-0.1691	0.3536	-0.0486	-0.1943	0.497	-0.9325	-0.1884	0.5152	-0.3572	0.5399	-0.1748	-0.0104	0.446	-0.0455	0.7239	-66.5148	29.688	24.3363
36	5.0064	1.6472	-1.4831	9.9722	-1.6468	6.2162	-0.3254	-1.4575	-0.0429	-0.0387	-0.647	-0.7854	-0.1828	1.4179	0.904	0.4555	-0.1713	-0.1864	0.9653	-0.0678	1.3809	-55.9386	25.6301	34.1382
37	3.5491	-1.1254	-0.715	3.1378	0.1019	2.9181	0.2224	0.5228	-0.4489	-0.8343	-0.2085	0.5435	-0.1609	-0.5082	0.0319	0.8629	0.2699	-0.1486	0.5348	-0.1117	0.6323	-104.5103	4.1434	-19.441
38	5.6374	-5.203	-5.63	7.1586	8.8471	2.0602	-0.0246	-0.2827	-0.9197	0.3017	-1.3791	1.4185	-0.6557	-1.1532	1.319	0.9785	0.3359	0.0459	0.9016	0.1937	1.1372	-98.8943	-14.5311	3.2292
39	3.7126	-0.3374	-0.2529	2.9963	-0.7683	1.7158	0.1598	-0.1676	0.0398	-0.3409	-0.1125	-0.1768	0.0497	0.0995	-0.1229	0.7938	0.2074	-0.0429	0.4547	-0.1244	0.4869	-97.5181	7.6246	-6.0407
40	3.8578	-1.2142	-0.6419	0.4232	0.5107	1.3432	0.2474	0.188	-0.7652	0.1943	-0.1163	0.421	0.0999	-0.2933	-0.046	0.694	0.158	-0.0948	0.4688	0.0313	0.6099	-113.8437	9.0854	-9.2906

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 63 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 64 through 144 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 145 through 231 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 18 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 19 through 63 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 64 through 97 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 98 through 134 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 135 through 144 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 145 through 154 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 155 through 173 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 174 through 193 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 194 through 218 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 219 through 229 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 1 through 82 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 83 through 144 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 145 through 231 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 1 through 60 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 61 through 134 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 135 through 173 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 174 through 231 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 1 through 18 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 19 through 144 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 145 through 173 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 174 through 230 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 1 through 72 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 73 through 134 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 135 through 144 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 145 through 231 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'G' and (resid 1 through 18 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'G' and (resid 19 through 63 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'G' and (resid 64 through 97 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 98 through 119 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 120 through 144 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 145 through 173 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 174 through 218 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 219 through 229 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'H' and (resid 1 through 110 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'H' and (resid 111 through 125 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'H' and (resid 126 through 184 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'H' and (resid 185 through 230 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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