PDB-5hev: Crystal Structure of the beryllofluoride-activated LiaR from Ente...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hev

タイトル

Crystal Structure of the beryllofluoride-activated LiaR from Enterococcus faecium

要素

Response regulator protein VraR

キーワード

TRANSCRIPTION / Enterococcus faecium / LiaR / response regulator

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecium SD3B-2 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.192 Å

データ登録者

Davlieva, M. / Shamoo, Y.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: An Adaptive Mutation in Enterococcus faecium LiaR Associated with Antimicrobial Peptide Resistance Mimics Phosphorylation and Stabilizes LiaR in an Activated State.
著者: Davlieva, M. / Tovar-Yanez, A. / DeBruler, K. / Leonard, P.G. / Zianni, M.R. / Arias, C.A. / Shamoo, Y.

履歴

登録	2016年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hev.cif.gz	173.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hev.ent.gz	138.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hev.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/5hev ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/5hev	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4if4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2xer-d 5e4v-1 2pf6-d 4gy7-d 6f7s-2 2b5e-d 1u28-d 4qqb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (6) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Response regulator protein VraR

F: Response regulator protein VraR

B: Response regulator protein VraR

C: Response regulator protein VraR

ヘテロ分子

95.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Response regulator protein VraR

F: Response regulator protein VraR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Response regulator protein VraR

C: Response regulator protein VraR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.032, 68.032, 276.949
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Response regulator protein VraR 分子量: 23684.312 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecium SD3B-2 (バクテリア) 遺伝子: D357_01142 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S4FAU8
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION 分子量: 66.007 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF₃

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.51 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.1 M magnesium formate dehydrate, 15 % w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.5 % / 数: 82921 / R_merge(I) obs: 0.115 / Χ²: 0.82 / D res high: 3.2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 23488 / % possible obs: 98.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
8.67	50	1	0.027	1.013	3.8
6.89	8.67	1	0.037	0.765	3.9
6.02	6.89	1	0.092	0.723	3.9
5.47	6.02	1	0.123	0.821	3.8
5.08	5.47	1	0.117	0.834	3.8
4.78	5.08	1	0.104	0.865	3.8
4.54	4.78	1	0.098	0.795	3.7
4.34	4.54	1	0.093	0.766	3.7
4.18	4.34	1	0.107	0.803	3.6
4.03	4.18	1	0.147	0.917	3.6
3.91	4.03	1	0.179	0.822	3.5
3.79	3.91	1	0.245	0.771	3.5
3.69	3.79	1	0.256	0.79	3.4
3.6	3.69	1	0.298	0.841	3.4
3.52	3.6	1	0.394	0.828	3.4
3.45	3.52	1	0.447	0.812	3.4
3.38	3.45	1	0.588	0.838	3.3
3.31	3.38	1	0.614	0.839	3.3
3.26	3.31	1	0.728	0.823	3.1
3.2	3.26	1	0.831	0.792	2.9

Reflection twin

Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.48

反射

解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 23488 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.115 / R_pim(I) all: 0.065 / R_rim(I) all: 0.128 / Χ²: 0.823 / Net I/av σ(I): 10.071 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 82921

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_rim(I) all
3.2-3.26	2.9	0.831	1189	0.549	0.558	0.792	97.9
3.26-3.31	3.1	0.728	1125	0.647	0.47	0.823	98.3	0.871
3.31-3.38	3.3	0.614	1216	0.65	0.383	0.839	98.6	0.727
3.38-3.45	3.3	0.588	1149	0.712	0.368	0.838	98.1	0.697
3.45-3.52	3.4	0.447	1159	0.851	0.274	0.812	98.5	0.527
3.52-3.6	3.4	0.394	1247	0.82	0.239	0.828	98.9	0.463
3.6-3.69	3.4	0.298	1110	0.874	0.18	0.841	98.5	0.35
3.69-3.79	3.4	0.256	1228	0.877	0.153	0.79	98.6	0.299
3.79-3.91	3.5	0.245	1129	0.838	0.143	0.771	98.2	0.285
3.91-4.03	3.5	0.179	1221	0.917	0.103	0.822	98.5	0.208
4.03-4.18	3.6	0.147	1136	0.944	0.083	0.917	98.4	0.169
4.18-4.34	3.6	0.107	1165	0.941	0.06	0.803	97.8	0.123
4.34-4.54	3.7	0.093	1218	0.961	0.051	0.766	98.2	0.107
4.54-4.78	3.7	0.098	1133	0.965	0.052	0.795	98.5	0.111
4.78-5.08	3.8	0.104	1170	0.926	0.055	0.865	98.8	0.119
5.08-5.47	3.8	0.117	1197	0.96	0.06	0.834	99	0.132
5.47-6.02	3.8	0.123	1188	0.958	0.063	0.821	99	0.139
6.02-6.89	3.9	0.092	1187	0.973	0.047	0.723	98.6	0.104
6.89-8.67	3.9	0.037	1171	0.994	0.019	0.765	98	0.042
8.67-50	3.8	0.027	1150	0.98	0.013	1.013	95.6	0.03

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2474: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IF4

4if4

解像度: 3.192→34.016 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.3 / 位相誤差: 29.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2704	1865	8.83 %
R_work	0.2186	-	-
obs	0.2233	21126	88.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.192→34.016 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6591	0	20	0	6611

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6679
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.569	8996
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.332	4170
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1068
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1145

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1919-3.2781	0.3933	91	0.313	857	X-RAY DIFFRACTION	50
3.2781-3.3745	0.3606	112	0.3029	1217	X-RAY DIFFRACTION	74
3.3745-3.4833	0.3508	126	0.2936	1341	X-RAY DIFFRACTION	82
3.4833-3.6077	0.3411	144	0.2613	1487	X-RAY DIFFRACTION	88
3.6077-3.752	0.3071	146	0.2485	1567	X-RAY DIFFRACTION	91
3.752-3.9225	0.322	152	0.2404	1508	X-RAY DIFFRACTION	93
3.9225-4.129	0.2913	156	0.2162	1583	X-RAY DIFFRACTION	95
4.129-4.3871	0.2335	159	0.1798	1605	X-RAY DIFFRACTION	96
4.3871-4.7251	0.2473	154	0.19	1614	X-RAY DIFFRACTION	96
4.7251-5.1991	0.2531	158	0.203	1644	X-RAY DIFFRACTION	98
5.1991-5.9479	0.3043	156	0.2356	1597	X-RAY DIFFRACTION	97
5.9479-7.4806	0.2493	163	0.2376	1638	X-RAY DIFFRACTION	97
7.4806-34.0179	0.1838	148	0.1607	1603	X-RAY DIFFRACTION	96

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