PDB-5heg: Pentameric ligand-gated ion channel GLIC mutant P246G

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5heg

タイトル

Pentameric ligand-gated ion channel GLIC mutant P246G

要素

Proton-gated ion channel

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Pentameric ligand-gated ion channels / Membrane protein / Ligand-gated ion channel

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel activity / potassium channel activity / transmembrane transporter complex / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Gloeobacter violaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.214 Å

データ登録者

Bertozzi, C. / Hilf, R.J.C. / Dtuzler, R.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2016
タイトル: Signal Transduction at the Domain Interface of Prokaryotic Pentameric Ligand-Gated Ion Channels.
著者: Bertozzi, C. / Zimmermann, I. / Engeler, S. / Hilf, R.J. / Dutzler, R.

履歴

登録	2016年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月16日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5heg.cif.gz	626.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5heg.ent.gz	529.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5heg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/5heg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/5heg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hehC 5hejC 5heoC 5heuC 5hewC 3ehzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5heh-d 5v6o-d 4zzb-d 2xq4-d 3ehz-d 3eam-d 4ilb-d 2xq7-d 2xq5-d 4ire-d 2xq9-d 3p50-d 6hyw-d 6emx-d 2xq3-d 4npp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (7) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Proton-gated ion channel

B: Proton-gated ion channel

C: Proton-gated ion channel

D: Proton-gated ion channel

E: Proton-gated ion channel

181 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	180.380, 134.210, 160.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.97, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC 分子量: 36180.609 Da / 分子数: 5 / 変異: P246G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (バクテリア) 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.63 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: Ammonium sulfate, PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 60901 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.956 / Mean I/σ(I) obs: 9.3 / % possible all: 82.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EHZ

3ehz

解像度: 3.214→29.924 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2578	2790	4.6 %
R_work	0.2471	-	-
obs	0.2476	60706	99.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.214→29.924 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12590	0	0	0	12590

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	12925
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.777	17650
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.05	7630
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	2055
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2210

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2144-3.2698			0.3761	2896	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2698-3.3292			0.3536	3007	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3292-3.3931	0.3379	184	0.3518	2855	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3931-3.4623	0.378	187	0.3435	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4623-3.5375	0.3569	155	0.3118	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5375-3.6196	0.3688	99	0.2945	2954	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6196-3.71	0.3378	119	0.2841	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-3.8101	0.2776	187	0.2773	2850	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8101-3.922	0.3043	187	0.2737	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
3.922-4.0483	0.2702	187	0.2579	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0483-4.1926	0.2428	140	0.2536	2922	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1926-4.36	0.2804	46	0.2247	2978	X-RAY DIFFRACTION	100
4.36-4.5577	0.2551	187	0.2106	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5577-4.7971	0.2104	185	0.1829	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7971-5.0963	0.2298	187	0.1955	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0963-5.4876	0.2663	184	0.2293	2852	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4876-6.0357	0.2464	53	0.2483	3023	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0357-6.8997	0.2677	134	0.2505	2921	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8997-8.6579	0.2819	187	0.2209	2909	X-RAY DIFFRACTION	100
8.6579-29.925	0.1792	182	0.224	2910	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.04	-0.3549	-0.6937	1.5876	-0.0009	0.6195	0.0177	-0.2036	-0.0211	0.7159	0.0549	-0.1052	-0.1421	0.0932	0	0.992	-0.0966	0.033	0.7708	0.0723	0.6702	15.3132	-5.7355	77.9331
2	0.954	-0.4266	-0.5347	0.4989	-0.0744	0.4282	0.3922	-0.1535	-0.1131	-0.0763	-0.2278	0.2183	0.4475	-0.2091	0	0.5637	-0.0952	0.091	0.7294	-0.0218	0.6371	-0.4895	-7.6222	30.6304
3	1.53	0.0942	-1.0943	2.3327	0.1582	0.9693	-0.1292	-0.3782	-0.0598	0.4003	0.0191	-0.1447	-0.4754	0.1513	-0	0.7436	0.0393	-0.0702	0.6731	-0.0525	0.6134	20.7958	21.2596	75.225
4	0.4711	0.1257	-0.2731	0.7787	0.2456	0.2419	-0.1475	-0.2382	0.2917	-0.1953	0.101	0.0891	0.2797	-0.385	-0	0.5231	0.0336	0.0231	0.6727	-0.0341	0.6418	-1.4306	13.9791	31.1069
5	1.4852	-0.7275	-0.1468	0.6085	0.1258	0.6572	-0.1825	-0.1238	0.1738	0.2338	0.2384	-0.2404	-0.1576	0.133	0	0.8007	-0.0171	-0.0933	0.7114	-0.0321	0.7698	45.0903	24.6865	62.6211
6	0.9493	0.6066	-0.542	0.5516	-0.2557	0.3299	-0.3759	0.215	0.2632	-0.0494	-0.1216	0.0215	-0.7545	0.0058	-0.0047	0.5997	-0.0196	0.0294	0.6015	0.0142	0.6913	16.564	21.5788	21.8423
7	0.9718	-0.2911	-0.1555	1.1006	-0.6618	0.9236	0.1765	-0.013	-0.0541	-0.0986	-0.127	-0.0968	0.1638	0.118	0	0.5527	-0.0046	0.0037	0.6465	0.0143	0.7351	55.014	-0.7815	57.9836
8	0.5134	-0.0872	-0.2343	0.6226	-0.2866	0.2591	-0.1529	0.0206	0.0519	-0.2035	-0.0573	0.0239	-0.1194	0.2324	-0	0.5467	0.0378	0.048	0.7053	0.0358	0.6096	28.6992	4.6992	15.8424
9	1.4882	-0.1935	-0.2011	1.3528	0.041	0.6633	0.135	-0.2262	-0.0922	0.2834	0.0335	-0.1638	0.314	-0.1161	-0	0.8409	-0.0616	-0.0978	0.5397	0.0536	0.6802	36.8816	-19.2823	67.1399
10	0.13	0.1296	-0.1143	0.6676	-0.5591	0.2778	0.0796	0.1996	-0.0999	-0.069	0.053	0.0745	0.2207	-0.0217	0	0.6064	0.0321	0.0397	0.5616	-0.01	0.6015	18.1112	-13.3295	21.2551

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 204 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 205 through 320 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 11 through 204 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 205 through 320 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 11 through 204 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 205 through 320 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 11 through 204 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 205 through 320 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'E' and (resid 11 through 204 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resid 205 through 320 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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