PDB-5he9: Bacterial initiation protein in complex with Phage inhibitor protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5he9

タイトル

Bacterial initiation protein in complex with Phage inhibitor protein

要素

Helicase loader
Phage inhibitor protein

キーワード

PROTEIN BINDING / inhibitor protein complex

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA replication / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Hood, I.V. / Berger, J.M.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of inhibited replicative helicase loader from Staphylococcus aureus at 1.9 Angstrom resolution
著者: Hood, I.V. / Berger, J.M.

履歴

登録	2016年1月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5he9.cif.gz	145.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5he9.ent.gz	123.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5he9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5he9_validation.pdf.gz	786.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5he9_full_validation.pdf.gz	787.8 KB	表示
XML形式データ	5he9_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	5he9_validation.cif.gz	18.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/5he9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/5he9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5he8
類似構造データ	6uyb-2 3bba-2 1kgg-d 4o4f-d 4oqp-d 4i07-d 4iv0-1 5ocd-7 3v91-d 6m88-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (5) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Helicase loader

E: Phage inhibitor protein

ヘテロ分子

27 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.173, 73.173, 189.727
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AE

#1: タンパク質	Helicase loader / Primosomal protein DnaI 分子量: 19888.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: dnaI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8TSU2, UniProt: Q2FXP5*PLUS
#2: タンパク質	Phage inhibitor protein 分子量: 6605.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: OO23_07105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0J7LG86, UniProt: Q6R837*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 205分子

#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION 分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF₃
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.85 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 50 mM Tris-HCl 8.5, 20 mM MgCl2, 20% ethanol / PH範囲: 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→48.13 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / Net I/σ(I): 3.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→44.764 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.11 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2177	2274	5.09 %	Random selection
R_work	0.1823	-	-	-
obs	0.1841	44704	99.79 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.764 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1791	0	32	202	2025

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	1863
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.335	2515
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.485	700
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	278
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	318

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.9-1.9413		0.4414	176	0.3967	2516	97
1.9413-1.9865			146		2681	100
1.9865-2.0362		0.2598	148	0.252	2657	100
2.0362-2.0912		0.2631	115	0.233	2677	100
2.0912-2.1528			132		2692	100
2.1528-2.2222		0.264	152	0.206	2628	100
2.2222-2.3017		0.2805	139	0.2459	2656	100
2.3017-2.3938		0.2357	109	0.1906	2695	100
2.3938-2.5027		0.2086	149	0.1762	2629	100
2.5027-2.6347		0.1907	171	0.1817	2632	100
2.6347-2.7997		0.2152	138	0.1782	2677	100
2.7997-3.0159		0.2417	130	0.1758	2657	100
3.0159-3.3193		0.2367	158	0.1702	2655	100
3.3193-3.7993		0.1712	157	0.1594	2620	100
3.7993-4.7859		0.1712	125	0.134	2680	100
	4.7859	0.1966	129	0.1629	2678	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.399	-0.4934	0.5497	6.7001	-1.4729	2.5349	0.1634	-0.0062	-0.0777	0.1774	-0.1748	0.4956	0.0096	-0.2339	0.0076	0.2412	0.0106	-0.0159	0.3161	-0.0167	0.2956	-0.1374	18.5078	87.4012
2	1.8141	0.6367	0.3711	2.3631	-0.3183	1.5979	-0.0052	0.0392	-0.0716	-0.0664	-0.0115	0.2825	0.1601	-0.171	0.0125	0.2332	0.005	-0.0237	0.2111	-0.0198	0.2369	6.2579	16.8472	92.4984
3	3.4236	0.3403	1.3895	1.6965	0.5513	1.8912	0.0973	-0.334	-0.2893	0.2148	-0.1163	-0.2255	0.1638	-0.1071	-0.0167	0.246	0.0033	-0.027	0.1981	0.017	0.1718	18.5907	14.4457	101.3696
4	1.7054	-0.1102	0.9146	2.033	-0.4546	3.1077	0.2705	-0.0829	-0.1744	-0.2234	-0.1647	0.0769	0.4897	-0.0495	-0.0973	0.3346	0.0065	-0.008	0.2662	-0.0071	0.2558	20.0473	7.7838	101.2216
5	1.0439	0.1288	0.0193	1.9193	0.3344	0.9891	0.066	0.2048	-0.1386	-0.1439	-0.0456	-0.2043	0.2073	0.199	-0.0188	0.251	0.0479	0.0009	0.2184	-0.0031	0.198	22.7178	13.627	91.0109
6	1.9117	0.6549	-0.4599	2.0979	-0.3001	1.4017	-0.0215	0.3741	0.3357	-0.1939	0.0372	-0.5842	-0.3655	0.3117	0.029	0.2626	-0.0249	0.019	0.2724	0.0031	0.3025	26.1034	26.3484	86.4736
7	0.462	0.6647	0.3864	1.6628	0.0724	1.686	-0.1546	0.4513	0.0871	-0.0753	0.0096	-0.0917	-0.0244	0.0939	0.0334	0.2044	0.0097	-0.0185	0.1792	0.0025	0.1776	21.0855	20.0908	83.8806
8	3.3994	0.7835	0.0434	3.6248	-0.0938	2.6657	-0.0295	0.3863	0.3375	-0.3238	0.1164	0.3139	-0.3288	0.1585	0.0915	0.2185	-0.0445	-0.0233	0.2541	0.0313	0.2925	28.6566	39.0931	100.2548
9	3.1796	-0.9271	0.0988	4.4655	0.0351	2.7741	-0.0007	0.4898	0.2842	-0.5279	0.1284	0.1375	-0.2549	0.0136	0.0796	0.2664	-0.0446	-0.0546	0.2045	0.042	0.2845	21.0792	36.0504	94.8647
10	2.6528	0.3819	0.276	6.7065	-1.6759	3.302	-0.0199	-0.0623	0.596	-0.0305	0.1565	0.1954	-0.2075	-0.3662	0.0832	0.2509	-0.0103	0.0008	0.2166	-0.0335	0.3	16.4192	35.7694	104.1847
11	2.0439	0.8441	0.5695	2.3801	0.0499	1.4649	0.1513	-0.1371	-0.0296	0.2932	-0.0459	0.0178	0.0981	-0.2409	0.0366	0.2727	-0.0162	-0.0174	0.2006	-0.0107	0.1745	14.5901	16.2273	105.4705

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 134 through 153 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 154 through 185 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 186 through 203 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 204 through 226 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 227 through 260 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 261 through 276 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 277 through 300 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'E' and (resid -3 through 11 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'E' and (resid 12 through 28 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resid 29 through 43 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'E' and (resid 44 through 52 )

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