PDB-5he8: Bacterial initiation protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5he8

タイトル

Bacterial initiation protein

要素

Helicase loader

キーワード

PROTEIN BINDING / Helicase loader

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA replication / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Hood, I.V. / Berger, J.M.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01-GM071747	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	T32 GM 007232	米国
Department of Energy (DOE, United States)	Department of Energy Office of Science Graduate Fellowship	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Bacterial initiation protein
著者: Hood, I.V. / Berger, J.M.

履歴

登録	2016年1月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5he8.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5he8.ent.gz	984.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5he8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5he8_validation.pdf.gz	544.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5he8_full_validation.pdf.gz	561.3 KB	表示
XML形式データ	5he8_validation.xml.gz	68.8 KB	表示
CIF形式データ	5he8_validation.cif.gz	90.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/5he8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/5he8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5he9
類似構造データ	3let-1 4qpl-1 5wbs-3 5wbs-1 3kp9-d 5dqw-d 2f1r-d 3kcq-2 2d22-1 4nv6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Helicase loader

B: Helicase loader

C: Helicase loader

D: Helicase loader

E: Helicase loader

F: Helicase loader

G: Helicase loader

H: Helicase loader

I: Helicase loader

J: Helicase loader

L: Helicase loader

K: Helicase loader

ヘテロ分子

239 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Helicase loader

F: Helicase loader

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.9 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Helicase loader

E: Helicase loader

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.7 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Helicase loader

H: Helicase loader

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.2 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Helicase loader

G: Helicase loader

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.8 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Helicase loader

K: Helicase loader

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.8 kDa, 2 ポリマー
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6

J: Helicase loader

L: Helicase loader

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	113.099, 126.261, 183.344
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Helicase loader / Primosomal protein DnaI 分子量: 19700.461 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: dnaI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8TSU2, UniProt: Q2FXP5*PLUS
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.85 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 25% glycerol, 0.1 M citric acid pH 4.0, 0.8 M ammonium sulfate, 50 mM HEPES-KOH pH 7.5, 10 mM MgCl2, 10% glycerol, 2 mM ADP-BeF3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.5 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→48.13 Å / Num. obs: 81324 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / Net I/σ(I): 3.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→47.241 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2697	3975	4.91 %	Random selection
R_work	0.2251	-	-	-
obs	0.2273	81007	99.62 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.241 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15757	0	140	207	16104

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	16195
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.509	21838
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.428	9662
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	2401
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2764

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.6317	0.6216	147	0.711	2593	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6317-2.665	0.6723	141	0.5907	2677	X-RAY DIFFRACTION	99
2.665-2.7001	0.5602	119	0.5241	2753	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7001-2.7371	0.4899	135	0.4191	2706	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7371-2.7762	0.3576	145	0.3682	2700	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7762-2.8176	0.36	124	0.3386	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8176-2.8616	0.3726	140	0.32	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8616-2.9085	0.3697	149	0.3172	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9085-2.9587	0.3866	128	0.2968	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9587-3.0125	0.3164	133	0.2847	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0125-3.0704	0.3267	150	0.2833	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0704-3.1331	0.3384	144	0.289	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1331-3.2012	0.3405	146	0.2753	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2012-3.2756	0.3037	145	0.2484	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2756-3.3575	0.3039	156	0.2392	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3575-3.4483	0.3149	161	0.2331	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4483-3.5497	0.2774	133	0.2178	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5497-3.6642	0.2395	165	0.2004	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6642-3.7951	0.2283	143	0.1976	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7951-3.947	0.2526	150	0.1959	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
3.947-4.1266	0.2239	134	0.1897	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1266-4.344	0.1965	153	0.1665	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
4.344-4.6159	0.2213	132	0.1607	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6159-4.972	0.2183	154	0.1743	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
4.972-5.4716	0.225	127	0.1886	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4716-6.2619	0.2544	143	0.2253	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2619-7.8833	0.2455	128	0.2193	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
7.8833-47.2489	0.2319	150	0.1959	2961	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.9465	6.6873	-1.6093	7.4409	1.098	10.0025	0.0823	-0.089	0.2409	-0.8703	0.5574	-0.1326	-2.3801	0.4119	-0.5678	0.8364	0.0645	0.2235	0.4904	-0.1086	0.7447	9.6242	151.3231	56.5602
2	3.8087	0.5826	-0.2456	0.8865	-1.1938	2.7507	-0.0027	-0.0875	-0.0789	-0.1306	-0.0277	-0.1634	-0.2236	0.0735	-0.0364	0.5639	0.0429	0.136	0.4965	-0.0641	0.5309	11.163	143.1683	53.524
3	6.2714	-3.3281	-6.1702	7.7116	3.1854	7.3286	0.0134	0.229	-0.4887	-0.8169	-0.3511	0.1584	0.0574	-0.7814	0.1905	0.871	-0.1539	0.0999	0.738	-0.0201	0.6013	10.1713	133.9691	40.9858
4	3.837	5.7605	2.9782	9.4313	2.8466	9.7971	0.2213	0.4207	-0.5741	-0.2549	0.345	-0.4984	0.4882	0.0931	-0.4543	0.9421	-0.0489	0.1595	0.7645	-0.0279	0.8271	12.685	134.6744	29.6925
5	3.0927	0.4205	-1.2718	1.8768	0.1577	4.228	-0.0747	0.3266	-0.1365	-0.3901	-0.0104	-0.3248	0.2779	-0.2168	0.0457	0.657	-0.1076	0.2226	0.5624	-0.0385	0.6443	20.5227	139.0501	42.1932
6	5.5504	-0.8876	-2.7858	2.2728	2.7437	8.1496	-0.0929	-0.331	-0.0623	-0.5166	0.3424	-0.2559	-0.04	1.5146	-0.1421	0.5812	-0.0713	0.2491	0.6273	-0.0855	0.8388	27.7372	139.6582	45.0023
7	4.4325	-0.6798	-0.3235	9.8845	-0.8753	2.0411	0.2762	0.2273	-0.7829	-0.5457	0.2151	1.0388	0.6057	-0.4358	-0.5181	0.7778	0.1228	-0.309	0.5244	-0.0024	0.8607	10.5913	101.431	39.3255
8	9.2717	1.0195	-0.3114	2.7701	0.1536	4.4097	-0.1824	0.4087	-0.4456	-0.5524	0.2636	0.1738	0.8234	0.2082	-0.2449	0.6175	0.0104	-0.1518	0.4526	-0.0089	0.6442	11.3282	108.3694	43.1179
9	4.7604	1.5507	1.36	8.6977	1.6946	6.5643	0.4545	-0.8975	0.6176	-0.1651	-0.1407	0.5792	0.3268	-0.693	-0.262	0.3879	0.0485	-0.0254	0.6199	0.1689	0.6787	9.2122	117.0321	54.4627
10	2.4444	-0.4714	-0.8412	4.0621	-0.4479	4.1234	0.1202	-0.7925	0.1045	0.3887	0.1608	-0.0866	-0.3753	-0.0841	-0.3283	0.6789	0.0878	-0.1049	0.723	0.037	0.6577	13.767	116.5899	60.6847
11	5.8354	-1.7545	3.3161	1.4083	-0.0517	8.5775	-0.1202	-0.4039	-0.0821	0.0946	0.0219	-0.2288	-0.0244	0.0493	0.1255	0.3979	-0.0271	-0.0663	0.4281	0.0701	0.5186	21.8601	111.6809	55.6634
12	4.1549	-1.6153	1.7489	7.5962	1.9046	6.2976	-0.581	0.1838	1.522	-0.4919	0.8885	-0.5164	-1.7155	0.3514	-0.1819	0.8605	-0.2	-0.2561	0.8957	0.0185	1.1578	33.2631	122.0793	60.2878
13	6.894	0.5971	3.4234	2.5952	1.549	2.5071	0.2785	-0.0381	-0.6898	0.1181	-0.1176	-0.3179	0.0359	1.0615	-0.1469	0.531	-0.0186	-0.0957	0.5307	0.0159	0.6148	25.4529	109.138	49.0342
14	6.2429	-4.4124	2.4289	4.0139	-3.8292	7.0048	0.4905	-0.1177	0.5101	-0.4718	-0.4725	-1.4257	-0.0577	0.041	0.0514	0.5487	0.0351	0.1204	0.5338	-0.054	0.5531	-21.0943	111.1686	31.5271
15	3.7854	-0.0232	1.2727	4.0495	0.4226	5.9003	0.2494	0.0343	-0.0843	-0.396	-0.2413	-0.1722	0.0426	-0.1444	-0.0653	0.4538	-0.0512	0.0185	0.3836	0.0212	0.4121	-25.8911	110.1078	38.8972
16	6.193	-4.3339	-2.8592	9.6519	5.3823	9.9033	-0.5914	-0.1645	-0.4582	0.9298	0.4302	0.3548	1.8962	0.0004	-0.1324	0.7036	-0.0351	-0.0864	0.5742	0.0344	0.6036	-28.5299	100.4925	42.735
17	5.2127	-5.1865	-0.0385	5.4488	-0.8463	8.5329	-0.2646	-0.6254	-0.7763	-0.0863	0.1483	0.7524	0.4687	-1.2586	0.0753	0.5549	-0.1358	-0.0512	0.6038	0.0089	0.7533	-28.6931	100.7962	60.6096
18	2.2071	-0.6425	1.3578	2.5326	0.0145	4.9929	-0.0812	0.0777	0.1054	-0.0556	0.1039	-0.0344	0.0418	-0.0115	-0.0728	0.4169	-0.0591	-0.0073	0.4234	-0.0034	0.4226	-20.8005	113.176	54.5385
19	2.7546	0.218	4.7293	5.7735	-1.9706	8.8809	-0.307	0.5389	1.69	-0.7993	0.6232	0.2063	-1.9283	0.2312	-0.6364	0.807	-0.1086	0.1688	0.9587	0.0296	0.8188	-28.1636	125.989	28.993
20	5.9318	4.8203	1.0816	9.1737	-2.5869	8.1152	-0.0708	0.1386	-0.4587	1.1986	0.9769	-0.9345	0.1298	0.2419	-0.9039	0.5972	0.0031	-0.025	0.7646	-0.1805	0.6331	-22.9989	141.6836	64.5169
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精密化 TLSグループ

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13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 279 through 301 )
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34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 137 through 184 )
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37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid 234 through 301 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'H' and (resid 137 through 152 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'H' and (resid 153 through 183 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'H' and (resid 184 through 200 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid 201 through 217 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resid 218 through 259 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 260 through 301 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'I' and (resid 138 through 152 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'I' and (resid 153 through 188 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'I' and (resid 189 through 217 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'I' and (resid 218 through 278 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'I' and (resid 279 through 302 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'J' and (resid 138 through 152 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'J' and (resid 153 through 200 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'J' and (resid 201 through 300 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'L' and (resid 139 through 169 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'L' and (resid 170 through 218 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'L' and (resid 219 through 301 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'K' and (resid 137 through 209 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'K' and (resid 210 through 300 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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