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万見
- PDB-5hdw: ApaG Domain of FBxo3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hdw
タイトルApaG Domain of FBxo3
要素F-box only protein 3
キーワードPROTEIN BINDING / FBxo3 / F-box / ApaG / FBxl2
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-protein transferase activity / proteolysis / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
F-box only protein 3 / ApaG domain / ApaG domain / ApaG domain superfamily / ApaG domain / ApaG domain profile. / SMI1 / KNR4 family (SUKH-1) / Knr4/Smi1-like domain / SMI1 / KNR4 family / Knr4/Smi1-like domain superfamily ...F-box only protein 3 / ApaG domain / ApaG domain / ApaG domain superfamily / ApaG domain / ApaG domain profile. / SMI1 / KNR4 family (SUKH-1) / Knr4/Smi1-like domain / SMI1 / KNR4 family / Knr4/Smi1-like domain superfamily / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like domain superfamily / F-box-like / F-box domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
F-box only protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Krzysiak, T.C. / Chen, B.B. / Mallampalli, R.K. / Gronenborn, A.M.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL096376 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL097376 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL098174 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL081784 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)PO1HL114453 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL116472 米国
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure and interaction studies of the human FBxo3 ApaG domain.
著者: Krzysiak, T.C. / Chen, B.B. / Lear, T. / Mallampalli, R.K. / Gronenborn, A.M.
履歴
登録2016年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月22日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F-box only protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2411
ポリマ－15,2411
非ポリマー00
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.477, 96.813, 40.517
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 F-box only protein 3


分子量: 15241.226 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 278-407 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBXO3, FBX3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UK99
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100mM Tris-HCl pH 8.5 20% w/v PEG 8000 200mM MgCl2 * 6H2O

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→37.38 Å / Num. obs: 8588 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.41 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル最高解像度: 2 Å / 冗長度: 5.57 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XVS

1xvs


解像度: 2→37.38 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2381 857 10.01 %
Rwork0.1996 --
obs0.2036 8559 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→37.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1053 0 0 39 1092
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131087
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3291479
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.661386
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086159
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006188
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.12530.30471380.25411244X-RAY DIFFRACTION99
2.1253-2.28940.30351400.25371254X-RAY DIFFRACTION99
2.2894-2.51970.35381400.24911263X-RAY DIFFRACTION100
2.5197-2.88420.28061410.23631270X-RAY DIFFRACTION99
2.8842-3.63330.24841450.20151298X-RAY DIFFRACTION100
3.6333-37.38230.18251530.16471373X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.6488-3.658-4.66669.83663.29634.1033-0.4944-0.3849-0.57350.57470.1822-0.68920.39880.40050.34670.28420.0235-0.02930.41380.07050.50171.658510.5649-11.1248
28.38014.7009-3.81125.7506-5.45015.3192-0.40950.8476-0.175-1.8046-0.2780.50041.0367-0.27270.91.11650.00460.38870.5421-0.12521.09567.82043.3131-34.4371
32.4225-2.53330.63818.322.22931.7729-0.166-0.4126-0.4243-0.35480.2896-1.0037-0.00760.65560.11060.2774-0.020.08420.3130.02770.61-0.46646.681-17.0679
45.4989-2.3544.12174.46990.17154.2004-0.8547-2.80620.45540.60311.00840.0477-0.3379-1.1561-0.38870.72720.09730.12660.87280.07230.3655-12.169512.61793.304
59.32626.6011-6.78076.5919-5.80637.1692-0.19590.754-0.3098-0.12740.14610.0011-0.1461-0.6049-0.17860.2177-0.0144-0.01590.3042-0.01150.2855-5.041117.9452-22.982
68.59760.91874.64481.61360.42143.3279-0.1094-0.3159-1.06620.82120.190.96410.6904-0.8333-0.24880.42760.04580.15290.26430.06630.4922-14.01448.1221-10.7359
73.59121.3498-3.13476.3351-1.27276.40960.11850.0834-0.1832-0.2513-0.176-0.1629-0.253-0.11810.04620.15510.0139-0.0370.26760.0520.3331-7.072814.1241-15.705
86.879-5.3742-5.27484.1094.09593.9874-0.8573-0.6361-0.42181.18120.2798-1.04370.37130.70660.52440.33520.0487-0.02990.2071-0.02130.3946-8.79719.9611-10.5993
93.4554-2.8836-3.37782.46673.00064.4515-0.3482-0.3813-1.1728-0.79480.1536-1.11350.93841.39990.23640.53420.1190.22610.46680.03950.748.781111.6374-21.2302
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -3 through 292 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 293 through 303 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 304 through 314 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 315 through 323 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 324 through 346 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 347 through 359 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 360 through 390 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 391 through 396 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 397 through 405 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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