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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5hdt | ||||||
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タイトル | Human cohesin regulator Pds5B bound to a Wapl peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | CELL CYCLE / cohesin regulator / Pds5B / Wapl / IP6 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of cohesin loading / ATP-dependent protein-DNA unloader activity / negative regulation of sister chromatid cohesion / negative regulation of chromatin binding / Cohesin Loading onto Chromatin / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / mitotic sister chromatid cohesion / intercellular bridge / negative regulation of DNA replication / mitotic sister chromatid segregation ...regulation of cohesin loading / ATP-dependent protein-DNA unloader activity / negative regulation of sister chromatid cohesion / negative regulation of chromatin binding / Cohesin Loading onto Chromatin / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / mitotic sister chromatid cohesion / intercellular bridge / negative regulation of DNA replication / mitotic sister chromatid segregation / chromosome, centromeric region / protein localization to chromatin / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / mitotic spindle / Separation of Sister Chromatids / chromosome / regulation of cell population proliferation / cell population proliferation / cell division / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / chromatin / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.711 Å | ||||||
データ登録者 | Ouyang, Z. / Tomchick, D.R. / Yu, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of the human cohesin regulator Pds5 in complex with Wapl motif 著者: Ouyang, Z. / Tomchick, D.R. / Yu, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5hdt.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5hdt.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5hdt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5hdt_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5hdt_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5hdt_validation.xml.gz | 66.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5hdt_validation.cif.gz | 90.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/5hdt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/5hdt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 129189.531 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-1120 / 変異: Y97H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDS5B, APRIN, AS3, KIAA0979 / プラスミド: pFastbacHT / Cell (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q9NTI5 #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 3683.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z5K2 #3: 化合物 | 配列の詳細 | Y97H was not engineered on-purpose. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Sodium Citrate and 20% PEG3350 (vol/vol) without buffer or with buffer 0.1 M Bis-Tris propane pH6.5, pH 7.5 or pH 8.5 PH範囲: 6.5-8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月10日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→40.6 Å / Num. obs: 92470 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 18.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.711→40.6 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.6 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.711→40.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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