PDB-5hdt: Human cohesin regulator Pds5B bound to a Wapl peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hdt

タイトル

Human cohesin regulator Pds5B bound to a Wapl peptide

要素

Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog B
Wings apart-like protein homolog

キーワード

CELL CYCLE / cohesin regulator / Pds5B / Wapl / IP6

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of chromatin binding / ATP-dependent protein-DNA unloader activity / negative regulation of sister chromatid cohesion / Cohesin Loading onto Chromatin / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / mitotic sister chromatid cohesion / negative regulation of DNA replication / mitotic sister chromatid segregation / chromosome, centromeric region / intercellular bridge ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.711 Å

データ登録者

Ouyang, Z. / Tomchick, D.R. / Yu, H.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the human cohesin regulator Pds5 in complex with Wapl motif
著者: Ouyang, Z. / Tomchick, D.R. / Yu, H.

履歴

登録	2016年1月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2020年10月14日	Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hdt.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hdt.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hdt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hdt_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hdt_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	5hdt_validation.xml.gz	66.8 KB	表示
CIF形式データ	5hdt_validation.cif.gz	90.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/5hdt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/5hdt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6hh9-d 23409 5u1t-d 1twi-d 6aja-d 7937 3loy-d 5ylu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#110 - 2009年2月
オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase)
類似性 (1)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#218 - 2018年2月
EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers)
類似性 (1)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog B

B: Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog B

E: Wings apart-like protein homolog

ヘテロ分子

263 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog B

E: Wings apart-like protein homolog

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
134 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
130 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.760, 162.368, 173.061
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog B / Androgen-induced proliferation inhibitor / Androgen-induced prostate proliferative shutoff- ...Androgen-induced proliferation inhibitor / Androgen-induced prostate proliferative shutoff-associated protein AS3 分子量: 129189.531 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-1120 / 変異: Y97H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDS5B, APRIN, AS3, KIAA0979 / プラスミド: pFastbacHT / Cell (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q9NTI5
#2: タンパク質・ペプチド	Wings apart-like protein homolog / Friend of EBNA2 protein / WAPL cohesin release factor 分子量: 3683.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z5K2
#3: 化合物	ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE 分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₈O₂₄P₆
Has protein modification	Y
配列の詳細	Y97H was not engineered on-purpose.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Sodium Citrate and 20% PEG3350 (vol/vol) without buffer or with buffer 0.1 M Bis-Tris propane pH6.5, pH 7.5 or pH 8.5 PH範囲: 6.5-8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月10日
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→40.6 Å / Num. obs: 92470 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 18.4
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.711→40.6 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2533	1991	2.45 %
R_work	0.2161	-	-
obs	0.217	81101	87.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.711→40.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17432	0	72	0	17504

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	17837
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.621	24108
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.982	6804
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	2779
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3029

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.711-2.7785	0.4327	61	0.3286	2181	X-RAY DIFFRACTION	34
2.7785-2.8536	0.3543	86	0.3208	3466	X-RAY DIFFRACTION	54
2.8536-2.9375	0.3086	105	0.2927	4283	X-RAY DIFFRACTION	67
2.9375-3.0323	0.3213	131	0.2768	4984	X-RAY DIFFRACTION	78
3.0323-3.1406	0.281	141	0.2758	5757	X-RAY DIFFRACTION	90
3.1406-3.2663	0.3401	160	0.2699	6349	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2663-3.4149	0.3019	158	0.2582	6407	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4149-3.5949	0.2658	171	0.2314	6425	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5949-3.8199	0.2245	162	0.2086	6448	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8199-4.1146	0.248	161	0.2003	6455	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1146-4.5282	0.2138	160	0.174	6484	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5282-5.1823	0.2174	160	0.17	6525	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1823-6.5248	0.236	168	0.2217	6558	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5248-40.5965	0.208	167	0.1757	6788	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.058	-0.0211	-0.0925	0.0323	0.0022	0.0843	-0.0502	0.0255	-0.125	-0.161	-0.0307	0.0233	-0.0354	0.1113	-0.1609	0.0929	-0.2216	0.162	0.0908	0.1446	-0.129	111.2023	115.1401	155.0036
2	0.0145	0.0006	-0.0028	0.0042	0.0044	0.0079	-0.0018	0.0169	0.0069	-0.0157	-0.0095	-0.0083	-0.0031	0.0044	-0.0209	0.0242	0.0195	0.0301	0.098	0.0486	0.0938	73.8061	94.907	195.2437
3	0.0025	-0.0018	0.0122	0.0048	0	0.0469	0.0544	-0.0356	-0.0069	0.0769	-0.0474	-0.076	0.0567	0.0002	0.0321	0.1219	-0.0617	0.0278	0.0622	0.1142	0.1833	91.2756	69.7733	218.2946
4	0.0199	0.0122	0.0127	0.0157	0.0078	0.0119	0.0072	-0.0729	0.0309	0.0268	-0.0644	0.014	-0.0375	-0.0397	-0.0083	0.1651	0.0155	-0.1046	0.1387	-0.041	0.2985	92.7068	101.2367	234.4729
5	0.0414	0.0073	-0.0025	0.0407	0.0185	0.0182	-0.0048	-0.0998	0.0589	0.0965	0.0247	-0.0148	0.0066	0.0785	0.0309	0.2435	-0.0925	-0.0993	0.3288	0.0177	-0.0349	116.5949	129.8651	227.2702
6	0.0198	0.004	-0.0091	0.0147	-0.0073	0.0154	0.036	-0.0273	0.017	0.0182	0.0117	0.0009	0.0056	-0.0273	0.0813	0.1312	-0.1273	-0.1411	0.114	0.0628	0.2187	92.1829	160.402	179.0008
7	0.0669	-0.0646	-0.039	0.0676	0.0373	0.0769	0.0529	0.0625	0.0414	-0.0384	-0.0652	0.0566	-0.0667	-0.0618	0.0057	0.0795	0.0429	-0.0727	0.0339	0.0252	0.4748	95.803	163.5957	141.7898
8	0.0005	0.0001	-0.0003	0.0012	0.0017	0.0028	0.0004	0.0009	0.0002	0.0002	-0.001	0.0001	-0.0001	0	0	0.7101	-0.0055	0.0112	0.7104	-0.01	0.713	130.5115	123.2882	129.8085

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 485 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 486 through 608 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 609 through 859 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 860 through 1116 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 20 through 363 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 364 through 608 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 609 through 1120 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'E' and (resid 7 through 11 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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