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- PDB-5hdr: Crystal structure of a bacterial fucosidase with iminocyclitol (2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hdr
タイトルCrystal structure of a bacterial fucosidase with iminocyclitol (2S,3S,4R,5S)-3,4-dihydroxy-2-ethynyl-5-methylpyrrolidine
要素Alpha-L-fucosidase
キーワードHYDROLASE / enzyme inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process / lysosome
類似検索 - 分子機能
Alpha-L-fucosidase, metazoa-type / Alpha-L-fucosidase / Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel ...Alpha-L-fucosidase, metazoa-type / Alpha-L-fucosidase / Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H79 / IMIDAZOLE / Alpha-L-fucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wright, D.W. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a bacterial fucosidase with iminocyclitol (2S,3S,4R,5S)-3,4-dihydroxy-2-ethynyl-5-methylpyrrolidine
著者: Wright, D.W. / Davies, G.J.
履歴
登録2016年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Alpha-L-fucosidase
B: Alpha-L-fucosidase
C: Alpha-L-fucosidase
D: Alpha-L-fucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,36017
ポリマ－207,0064
非ポリマー2,35313
水8,017445
1
A: Alpha-L-fucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4125
ポリマ－51,7521
非ポリマー6604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alpha-L-fucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4125
ポリマ－51,7521
非ポリマー6604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Alpha-L-fucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3164
ポリマ－51,7521
非ポリマー5643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Alpha-L-fucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2203
ポリマ－51,7521
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.500, 188.760, 98.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRAA35 - 4792 - 446
21TYRTYRBB35 - 4792 - 446
12LYSLYSAA35 - 4732 - 440
22LYSLYSCC35 - 4732 - 440
13TYRTYRAA35 - 4792 - 446
23TYRTYRDD35 - 4792 - 446
14LYSLYSBB35 - 4732 - 440
24LYSLYSCC35 - 4732 - 440
15TYRTYRBB35 - 4792 - 446
25TYRTYRDD35 - 4792 - 446
16LYSLYSCC35 - 4732 - 440
26LYSLYSDD35 - 4732 - 440

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Alpha-L-fucosidase


分子量: 51751.586 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_2970 / プラスミド: YSBLIC3C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A3I4
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物
ChemComp-H79 / [(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl][(1,2,3,4,5-eta)-1-{3-[4-(3,4-dihydroxy-5-methylpyrrolidin-2-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]prop-1-en-1-yl}cyclopentadienyl]iron


分子量: 399.204 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H15FeN4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.23 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG3350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M imidazole
PH範囲: 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→67.95 Å / Num. obs: 90452 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 330229 / Scaling rejects: 39
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.3-2.343.71.0231.21673845270.5610.61699.7
12.6-67.953.60.04616.920885810.9870.02999.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2WVV

2wvv


解像度: 2.3→97.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 10.858 / SU ML: 0.234 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.351 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2435 4558 5.1 %RANDOM
Rwork0.2012 ---
obs0.2033 85655 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 218.18 Å2 / Biso mean: 52.52 Å2 / Biso min: 22.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.52 Å2-0 Å2-0.68 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3----4.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→97.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14144 0 153 445 14742
Biso mean--108.01 44.31 -
残基数----1761
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0214779
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.0213280
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4261.9520300
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.555330556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.52751759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.67624.026703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.653152314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.621572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.22082
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02116698
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.023562
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8825.1047042
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8825.1047041
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.727.6428790
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A51678
12B51678
21A51378
22C51378
31A51120
32D51120
41B52728
42C52728
51B52378
52D52378
61C52166
62D52166
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 359 -
Rwork0.328 6327 -
all-6686 -
obs--99.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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