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- PDB-5hdq: MntC co-structure with mAB 305-78-7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hdq
タイトルMntC co-structure with mAB 305-78-7
要素
  • ABC transporter substrate-binding protein
  • Fab Heavy Chain
  • Fab Light Chain
キーワードTransport protein/Immune System / Transport protein / Monoclonal Antibody / Transport protein-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion transport / cell adhesion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Adhesin B / Adhesion lipoprotein / Periplasmic solute binding protein, ZnuA-like / Zinc-uptake complex component A periplasmic / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich ...Adhesin B / Adhesion lipoprotein / Periplasmic solute binding protein, ZnuA-like / Zinc-uptake complex component A periplasmic / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ABC transporter substrate-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Parris, K. / Mosyak, L.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2016
タイトル: High Resolution Mapping of Bactericidal Monoclonal Antibody Binding Epitopes on Staphylococcus aureus Antigen MntC.
著者: Gribenko, A.V. / Parris, K. / Mosyak, L. / Li, S. / Handke, L. / Hawkins, J.C. / Severina, E. / Matsuka, Y.V. / Anderson, A.S.
履歴
登録2016年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月12日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter substrate-binding protein
H: Fab Heavy Chain
L: Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3745
ポリマ－81,2263
非ポリマー1482
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area29400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.712, 41.733, 108.404
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.090, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 ABC transporter substrate-binding protein / Manganese ABC transporter substrate-binding protein / Mn2+/Zn2+ ABC transporter periplasmic protein


分子量: 33021.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: psaA
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: W8TNQ9

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Fab Heavy Chain


分子量: 23781.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 Fab Light Chain


分子量: 24422.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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非ポリマー , 3種, 199分子

#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein complex (10 mM HEPES pH 7.5 and 150 mM NaCl) was concentrated to 5.16 mg/mL and crystals grown by the hanging drop method using 1 M LiCl, 0.1 M MES, pH 6.0 and 20% PEG 6K as the precipitating reagents.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→36.6 Å / Num. obs: 43860 / % possible obs: 61.6 % / 冗長度: 1 % / Net I/σ(I): 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.9.7精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QGC

1qgc


解像度: 1.83→36.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9351 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9188 / SU R Cruickshank DPI: 0.227 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.224 / SU Rfree Blow DPI: 0.178 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.181 / 詳細: The data completeness is 91% 2.2A
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2364 2236 5.1 %RANDOM
Rwork0.2071 ---
obs0.2086 43860 61.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 122.2 Å2 / Biso mean: 43.86 Å2 / Biso min: 14.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.891 Å20 Å2-6.173 Å2
2--2.8902 Å20 Å2
3---1.0008 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.285 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.83→36.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5392 0 7 197 5596
Biso mean--48.24 38.02 -
残基数----704
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1831SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes126HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes795HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5525HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion747SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6183SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5525HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7511HARMONIC21.23
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.52
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.2
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.88 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2392 4 4.82 %
Rwork0.3956 79 -
all0.3896 83 -
obs--61.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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