PDB-5hdl: Crystal structure of shaft pilin spaA from Lactobacillus rhamnosu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hdl

タイトル

Crystal structure of shaft pilin spaA from Lactobacillus rhamnosus GG - E269A mutant

要素

Cell surface protein SpaA

キーワード

CELL ADHESION / Pilin / spaA / probiotic / isopeptide / SpaCBA pili / adhesin

機能・相同性

機能・相同性情報

Gram-positive pilin subunit D1, N-terminal / Gram-positive pilin subunit D1, N-terminal domain / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Lactobacillus rhamnosus GG (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.39 Å

データ登録者

Chaurasia, P. / Pratap, S. / von Ossowski, I. / Palva, A. / Krishnan, V.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: New insights about pilus formation in gut-adapted Lactobacillus rhamnosus GG from the crystal structure of the SpaA backbone-pilin subunit
著者: Chaurasia, P. / Pratap, S. / von Ossowski, I. / Palva, A. / Krishnan, V.

履歴

登録	2016年1月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hdl.cif.gz	315.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hdl.ent.gz	258.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hdl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hdl_validation.pdf.gz	443.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hdl_full_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示
XML形式データ	5hdl_validation.xml.gz	28 KB	表示
CIF形式データ	5hdl_validation.cif.gz	39.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/5hdl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/5hdl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5f44SC 5faaC 5fgrC 5fgsC 5fieC 5hbbC 5htsC 5j4mC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hbb-1 5hbb-2 5hts-2 5j4m-1 5hts-4 5f44-3 5j4m-2 1921 5f44-2 4x1j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cell surface protein SpaA

B: Cell surface protein SpaA

C: Cell surface protein SpaA

92 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cell surface protein SpaA

登録者が定義した集合体
30.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cell surface protein SpaA

登録者が定義した集合体
30.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Cell surface protein SpaA

登録者が定義した集合体
30.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	228.632, 63.033, 104.904
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.34, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 38 - 302 / Label seq-ID: 11 - 275

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	B	B
2	3	C	C

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Cell surface protein SpaA 分子量: 30665.463 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 35-302 / 変異: E269A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus rhamnosus GG (バクテリア) 株: GG / 遺伝子: LRHM_0426 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/pLysS / 参照: UniProt: C7T9P4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.93 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M tri-Potassium citrate, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月23日
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.39→80.79 Å / Num. obs: 59176 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 2.39→2.67 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.605 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5F44

5f44

解像度: 2.39→80.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 18.427 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23691	2982	5 %	RANDOM
R_work	0.21912	-	-	-
obs	0.22002	56110	99.14 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.394 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.52 Å²	0 Å²	-0.9 Å²
2-	-	1.95 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.39→80.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6036	0	0	171	6207

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.02	6171
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	5601
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.185	1.937	8394
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.922	3	12933
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.237	5	792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.638	25.556	270
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.24	15	945
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.418	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	951
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7134
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1383
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.556	2.504	3177
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.556	2.504	3176
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.549	3.752	3966
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.549	3.752	3967
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.81	2.675	2994
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.809	2.675	2995
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.883	3.929	4429
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.358	20.455	6729
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.343	20.349	6706
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	14159	0.09
1	2	B	14159	0.09
2	1	A	14106	0.08
2	2	C	14106	0.08
3	1	B	14273	0.08
3	2	C	14273	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.387→2.449 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.388	238	-
R_work	0.381	4069	-
obs	-	-	98.63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2258	-0.1354	1.2712	0.8839	-0.3488	2.9334	-0.088	-0.0376	-0.2237	-0.0187	0.0503	-0.0771	-0.136	-0.0033	0.0376	0.216	-0.0211	-0.0601	0.8225	0.0113	0.0415	22.629	-39.075	-51.234
2	2.4544	0.9315	2.1891	1.1597	1.6494	5.4584	-0.1282	-0.0176	0.2071	-0.1217	-0.054	0.1262	-0.7688	-0.6106	0.1822	0.4417	0.0658	-0.102	0.6358	0.0071	0.0535	39.118	-22.478	-19.615
3	2.2056	-1.5793	0.9331	2.9241	-1.5833	5.0384	-0.0632	-0.0332	0.173	0.2662	0.0869	-0.0148	-0.4227	0.001	-0.0238	0.2664	-0.0326	-0.0555	0.5705	0.0175	0.0411	59.151	-47.22	-15.763
4	1.5883	-0.1268	1.8701	1.6449	-1.3388	9.1572	0.1666	0.2647	-0.1602	-0.2089	-0.062	-0.0302	0.4166	0.6163	-0.1046	0.2239	0.0312	-0.0562	0.5669	0.0065	0.0306	53.665	-44.941	-54.818
5	3.3779	1.0791	1.8226	1.9375	-0.3565	5.9306	0.1338	0.0356	-0.3641	-0.0612	0.13	-0.1393	0.3141	-0.2218	-0.2637	0.3165	0.0038	-0.1182	0.6698	0.0546	0.0821	28.993	-40.207	13.317
6	1.9986	0.3255	2.055	0.7546	0.5514	4.8587	0.0973	-0.0165	-0.0802	0.1979	-0.1018	0.0401	0.0928	-0.2524	0.0045	0.2429	-0.0165	-0.0685	0.93	0.0363	0.0431	4.669	-42.857	-17.651

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	38 - 176
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	177 - 302
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	38 - 176
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	177 - 302
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	38 - 176
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	177 - 302

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