PDB-5hc2: Structure of esterase Est22 mutant-S188A with p-nitrophenol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hc2

タイトル

Structure of esterase Est22 mutant-S188A with p-nitrophenol

要素

Lipolytic enzyme

キーワード

HYDROLASE / Esterase / Est22

機能・相同性

機能・相同性情報

lipase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素
類似検索 - 分子機能

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.986 Å

データ登録者

Li, J. / Huang, J.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural insights of a hormone sensitive lipase homologue Est22.
著者: Huang, J. / Huo, Y.Y. / Ji, R. / Kuang, S. / Ji, C. / Xu, X.W. / Li, J.

履歴

登録	2016年1月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hc2.cif.gz	291.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hc2.ent.gz	235.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hc2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hc2_validation.pdf.gz	490.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hc2_full_validation.pdf.gz	500.5 KB	表示
XML形式データ	5hc2_validation.xml.gz	58.2 KB	表示
CIF形式データ	5hc2_validation.cif.gz	85.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/5hc2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/5hc2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hc0C 5hc3C 5hc4C 5hc5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hc5-1 5hc5-2 5hc0-1 6sxy-d 6sxp-d 5hc4-1 5hc3-2 5gre-d 5hc4-2 2dor-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#116 - 2009年8月
硫酸転移酵素 (Sulfotransferases)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lipolytic enzyme

B: Lipolytic enzyme

C: Lipolytic enzyme

D: Lipolytic enzyme

ヘテロ分子

157 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lipolytic enzyme

B: Lipolytic enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Lipolytic enzyme

D: Lipolytic enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.646, 121.934, 150.267
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lipolytic enzyme 分子量: 39066.684 Da / 分子数: 4 / 変異: S188A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: H6BDX1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-NPO / P-NITROPHENOL 分子量: 139.109 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅NO₃
#3: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1020 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1M sodium citrate, 0.1M Imidazole, pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 103730 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / Net I/σ(I): 25.76

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.986→46.332 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1838	5141	4.96 %
R_work	0.1528	-	-
obs	0.1544	103555	99.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.986→46.332 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10255	0	65	1020	11340

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10756
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.812	14657
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.029	6463
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1589
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1981

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9858-2.0083	0.2366	168	0.1819	2865	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0083-2.032	0.2363	164	0.1848	3253	X-RAY DIFFRACTION	100
2.032-2.0567	0.2281	151	0.178	3276	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0567-2.0828	0.2305	177	0.1759	3248	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0828-2.1102	0.2203	182	0.1673	3264	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1102-2.1391	0.2037	167	0.1605	3258	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1391-2.1697	0.188	156	0.1541	3268	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1697-2.202	0.223	177	0.1611	3273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.202-2.2364	0.1996	160	0.1617	3245	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2364-2.2731	0.1986	176	0.1608	3263	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2731-2.3123	0.2044	156	0.1567	3302	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3123-2.3543	0.224	154	0.1549	3258	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3543-2.3996	0.1901	163	0.1601	3305	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3996-2.4486	0.1935	181	0.1567	3261	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4486-2.5018	0.2233	173	0.1674	3267	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5018-2.56	0.2023	165	0.165	3290	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.6241	0.2285	171	0.1655	3273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6241-2.695	0.207	180	0.1634	3256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.695-2.7743	0.2053	177	0.1664	3288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7743-2.8638	0.1997	180	0.1667	3274	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8638-2.9662	0.2052	191	0.166	3274	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9662-3.0849	0.1963	175	0.1601	3301	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0849-3.2253	0.211	158	0.1633	3330	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2253-3.3953	0.1937	178	0.1561	3304	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3953-3.6079	0.1789	160	0.1484	3309	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6079-3.8863	0.1613	185	0.1384	3352	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8863-4.2772	0.1491	177	0.1222	3326	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2772-4.8955	0.135	157	0.1243	3371	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8955-6.1656	0.1579	186	0.1481	3386	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1656-46.3447	0.1484	196	0.1523	3474	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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