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- PDB-5hav: Sperm whale myoglobin mutant L29H F33Y F43H (F33Y CuBMb) with oxy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hav
タイトルSperm whale myoglobin mutant L29H F33Y F43H (F33Y CuBMb) with oxygen bound
要素Myoglobin
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Physeter catodon (マッコウクジラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.268 Å
データ登録者Petrik, I.D. / Lu, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM062211 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Spectroscopic and Crystallographic Evidence for the Role of a Water-Containing H-Bond Network in Oxidase Activity of an Engineered Myoglobin.
著者: Petrik, I.D. / Davydov, R. / Ross, M. / Zhao, X. / Hoffman, B. / Lu, Y.
履歴
登録2015年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月3日Group: Database references
改定 1.22016年2月17日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9153
ポリマ－17,2671
非ポリマー6482
水4,342241
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.632, 47.609, 76.534
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Myoglobin


分子量: 17266.914 Da / 分子数: 1 / 変異: L29H F33Y F43H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ)
遺伝子: MB / プラスミド: pT-7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Crystallization solution: 30% PEG 10000, 200 mM sodium acetate, 100 mM sodium MES ph 6.75 Protein solution: 1 mM protein, 20 mM Tris sulfate ph 8.0, Solutions mixed 1:1 at 200uL final volume ...詳細: Crystallization solution: 30% PEG 10000, 200 mM sodium acetate, 100 mM sodium MES ph 6.75 Protein solution: 1 mM protein, 20 mM Tris sulfate ph 8.0, Solutions mixed 1:1 at 200uL final volume and equilibrated by sitting drop vapor diffusion against 30 mL of crystallization solution in the dark
PH範囲: 6.7-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.268→50 Å / Num. obs: 39055 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 12.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.044 / Χ2: 1.388 / Net I/av σ(I): 43.591 / Net I/σ(I): 17.9 / Num. measured all: 171512
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.268-1.292.60.32918530.8560.2290.4041.02594.8
1.29-1.323.10.30618940.8930.1990.3681.10399
1.32-1.343.80.29519100.9120.1720.3441.151100
1.34-1.374.60.26519770.9470.1390.31.19100
1.37-1.44.60.23718900.9560.1240.2681.18299.9
1.4-1.434.60.20219300.9670.1060.2291.219100
1.43-1.474.60.16319370.9770.0850.1851.208100
1.47-1.514.60.12519260.9880.0650.1411.24399.9
1.51-1.554.70.10819410.990.0570.1231.234100
1.55-1.64.60.09219510.9920.0480.1041.234100
1.6-1.664.70.0819380.9940.0410.091.292100
1.66-1.724.70.06419650.9960.0330.0721.232100
1.72-1.84.70.05719370.9950.0290.0641.287100
1.8-1.94.70.04219520.9980.0220.0481.218100
1.9-2.024.60.03419550.9990.0170.0381.20199.9
2.02-2.174.60.03319700.9990.0170.0371.48199.9
2.17-2.394.60.03819850.9980.020.0432.183100
2.39-2.744.60.03619910.9980.0180.042.23899.8
2.74-3.454.40.02520290.9990.0130.0281.435100
3.45-504.20.03221240.9970.0170.0372.01799.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXphenix.refine: 1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4FWX

4fwx


解像度: 1.268→23.832 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.178 3471 4.76 %previous model flags + random
Rwork0.146 69479 --
obs0.1476 72950 98.35 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 45.8 Å2 / Biso mean: 18.2429 Å2 / Biso min: 9.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.268→23.832 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1219 0 45 243 1507
Biso mean--12.95 28 -
残基数----153
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0171368
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.0971856
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076194
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011228
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.641521
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.2681-1.28550.22881180.22182356247482
1.2855-1.30380.26561280.21482546267492
1.3038-1.32330.24591420.1992786292896
1.3233-1.3440.26411330.18932739287299
1.344-1.3660.21431470.17328803027100
1.366-1.38960.21081350.170127362871100
1.3896-1.41480.23531390.15728623001100
1.4148-1.4420.20921430.15328032946100
1.442-1.47150.17441390.135728492988100
1.4715-1.50350.18761340.12362761289599
1.5035-1.53840.17051440.128528633007100
1.5384-1.57690.16761400.120727702910100
1.5769-1.61950.18751410.123328372978100
1.6195-1.66720.15251490.12172829297899
1.6672-1.7210.17271470.129428192966100
1.721-1.78240.16471320.133627712903100
1.7824-1.85380.17261380.140728192957100
1.8538-1.93810.15491340.13412843297799
1.9381-2.04020.16751610.141327742935100
2.0402-2.1680.15511330.13672822295599
2.168-2.33530.19171310.14342817294899
2.3353-2.570.15971550.14952797295299
2.57-2.94130.1881220.15732808293099
2.9413-3.70350.15861340.14522794292899
3.7035-23.83580.18351520.14942798295099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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