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- PDB-5haf: Structure of Salmonella enterica effector protein SseL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5haf
タイトルStructure of Salmonella enterica effector protein SseL
要素Deubiquitinase SseL
キーワードHYDROLASE / Enzyme / CE clan / Deubiquitinase
機能・相同性cysteine-type peptidase activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / proteolysis / extracellular region / : / Deubiquitinase SseL
機能・相同性情報
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Pruneda, J.N. / Komander, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)U105192732 英国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2016
タイトル: The Molecular Basis for Ubiquitin and Ubiquitin-like Specificities in Bacterial Effector Proteases.
著者: Pruneda, J.N. / Durkin, C.H. / Geurink, P.P. / Ovaa, H. / Santhanam, B. / Holden, D.W. / Komander, D.
履歴
登録2015年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月3日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deubiquitinase SseL
B: Deubiquitinase SseL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7585
ポリマ－75,6412
非ポリマー1173
水1,72996
1
A: Deubiquitinase SseL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8993
ポリマ－37,8211
非ポリマー782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Deubiquitinase SseL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8602
ポリマ－37,8211
非ポリマー391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.009, 113.009, 166.602
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Deubiquitinase SseL / Deubiquitinating enzyme / DUB / Deubiquitinating protease / Salmonella secreted effector L


分子量: 37820.520 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 24-340 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: sseL, STM2287 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8ZNG2, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris, 1.6 M Dipotassium phosphate (pH 8.7)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→84.39 Å / Num. obs: 33454 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.627 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→84.386 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2281 1693 5.07 %
Rwork0.1869 --
obs0.189 33405 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→84.386 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4868 0 3 96 4967
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034952
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6696728
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9491746
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045796
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002869
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7002-2.77970.33221210.28652638X-RAY DIFFRACTION100
2.7797-2.86940.32711490.27382626X-RAY DIFFRACTION100
2.8694-2.97190.29781540.25572646X-RAY DIFFRACTION100
2.9719-3.09090.30471260.24952617X-RAY DIFFRACTION99
3.0909-3.23160.36211440.22182600X-RAY DIFFRACTION98
3.2316-3.4020.22881320.19232641X-RAY DIFFRACTION100
3.402-3.61520.20941450.16662644X-RAY DIFFRACTION100
3.6152-3.89430.18461620.15142631X-RAY DIFFRACTION99
3.8943-4.28620.18171500.12652612X-RAY DIFFRACTION98
4.2862-4.90630.1691310.13142689X-RAY DIFFRACTION100
4.9063-6.18120.18991500.17992614X-RAY DIFFRACTION98
6.1812-84.42690.24211290.21592754X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1494-1.33220.13283.1292-0.51690.5098-0.0988-0.2014-0.13730.2320.0629-0.0701-0.00260.06210.01820.31640.0130.02680.34360.04020.216817.21354.8333109.2077
22.0043-1.4620.83431.8016-0.66011.2005-0.06-0.0870.05720.03560.0766-0.1616-0.0029-0.0469-0.02770.24410.0107-0.00290.2683-0.04480.196637.550448.8987.4461
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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