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- PDB-5hae: Crystal structure of LTBP1 LTC4 complex collected on an in-house ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hae
タイトルCrystal structure of LTBP1 LTC4 complex collected on an in-house source
要素Lipocalin AI-4
キーワードTRANSPORT PROTEIN / lipocalin / salivary / Rhodnius
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host defenses / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Triabin/Procalin / Triabin / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EAH / GLUTATHIONE / Lipocalin AI-4
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodnius prolixus (カメムシ)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.002 Å
データ登録者Andersen, J.F.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure and Ligand-Binding Mechanism of a Cysteinyl Leukotriene-Binding Protein from a Blood-Feeding Disease Vector.
著者: Jablonka, W. / Pham, V. / Nardone, G. / Gittis, A. / Silva-Cardoso, L. / Atella, G.C. / Ribeiro, J.M. / Andersen, J.F.
履歴
登録2015年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月27日Group: Database references
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.source / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipocalin AI-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5323
ポリマ－16,9051
非ポリマー6282
水3,027168
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area460 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area8140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.269, 58.388, 36.018
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.750, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Lipocalin AI-4


分子量: 16904.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q7YT09
#2: 化合物 ChemComp-EAH / (5S,7E,9E,11Z,14Z)-5-hydroxyicosa-7,9,11,14-tetraenoic acid


分子量: 320.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H32O3
#3: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Tris, pH 8, 30% PEG 6000 / PH範囲: 7-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 9042 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 16.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 2.666 / Net I/av σ(I): 37.619 / Net I/σ(I): 20.6 / Num. measured all: 35561
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.033.80.1364220.980.0770.1572.11493.8
2.03-2.073.80.1384440.9770.080.162.0692.9
2.07-2.114.10.1194510.9840.0650.1362.02495.1
2.11-2.1540.1184370.9820.0660.1362.24895.2
2.15-2.24.10.114330.9840.060.1262.12194.7
2.2-2.253.90.0974450.9870.0550.1122.28995.1
2.25-2.3140.0984480.9870.0550.1132.28195.5
2.31-2.373.80.0874460.990.050.12.24897.2
2.37-2.443.90.0934650.9870.0530.1072.46996.3
2.44-2.523.90.0884330.9910.0490.1022.42796.4
2.52-2.6140.0814600.9890.0460.0942.40997.3
2.61-2.713.90.0784470.9880.0450.0912.67195.7
2.71-2.8440.0724600.990.040.0822.84597.5
2.84-2.994.10.0664530.9940.0370.0763.02196.8
2.99-3.1740.0624410.9950.0340.0713.13496.7
3.17-3.4240.0584720.9930.0320.0663.29698.1
3.42-3.763.90.0534640.9950.030.0623.39698.1
3.76-4.313.90.0514700.9960.0290.0593.56798.5
4.31-5.433.90.0454660.9970.0250.0523.23998.3
5.43-503.90.0454850.9950.0260.0523.23998.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.002→34.986 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 21.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2024 479 5.31 %
Rwork0.1463 8547 -
obs0.1493 9026 96.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 79.63 Å2 / Biso mean: 20.6966 Å2 / Biso min: 7.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.002→34.986 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1179 0 43 168 1390
Biso mean--21.34 27.92 -
残基数----155
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061256
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1041689
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042183
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004220
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.538456
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0016-2.29120.23951540.14552775292994
2.2912-2.88640.22061610.16252839300097
2.8864-34.99140.17991640.13832933309798
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -6.1287 Å / Origin y: 5.8651 Å / Origin z: -9.9589 Å
111213212223313233
T0.0867 Å20.0019 Å2-0.005 Å2-0.0989 Å2-0.0125 Å2--0.0964 Å2
L1.3659 °2-0.104 °2-0.3517 °2-1.4074 °2-0.1903 °2--2.7765 °2
S-0.0579 Å °-0.0378 Å °0.0115 Å °0.0533 Å °0.0243 Å °-0.0358 Å °0.0622 Å °0.0006 Å °0.0265 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 156
2X-RAY DIFFRACTION1allB1
3X-RAY DIFFRACTION1allC1
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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