PDB-5hac: Crystal structure of Proliferating Cell Nuclear Antigen from Leis...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hac

タイトル

Crystal structure of Proliferating Cell Nuclear Antigen from Leishmania donovani at 2.95 A resolution

要素

Proliferating cell nuclear antigen

キーワード

DNA BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

PCNA complex / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / regulation of DNA replication / translesion synthesis / mismatch repair / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Singh, P.K. / Yadav, S.P. / Sharma, P. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Proliferating Cell Nuclear Antigen from Leishmania donovani at 2.95 A resolution
著者: Singh, P.K. / Yadav, S.P. / Sharma, P. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2015年12月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hac.cif.gz	309.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hac.ent.gz	251.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hac.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/5hac ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/5hac	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cfkS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5b7o-d 6j0j-d 5h0t-d 6k2m-d 5cfk-d 1v9d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (7) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Proliferating cell nuclear antigen

B: Proliferating cell nuclear antigen

C: Proliferating cell nuclear antigen

D: Proliferating cell nuclear antigen

E: Proliferating cell nuclear antigen

F: Proliferating cell nuclear antigen

198 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.992, 150.185, 170.079
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	VAL	VAL	A	A	-6 - 288	2 - 296
2	1	LEU	LEU	VAL	VAL	B	B	-6 - 288	2 - 296
1	2	LEU	LEU	ASP	ASP	A	A	-6 - 289	2 - 297
2	2	LEU	LEU	ASP	ASP	C	C	-6 - 289	2 - 297
1	3	LEU	LEU	VAL	VAL	A	A	-6 - 288	2 - 296
2	3	LEU	LEU	VAL	VAL	D	D	-6 - 288	2 - 296
1	4	VAL	VAL	VAL	VAL	A	A	-5 - 288	3 - 296
2	4	VAL	VAL	VAL	VAL	E	E	-5 - 288	3 - 296
1	5	LEU	LEU	VAL	VAL	A	A	-6 - 288	2 - 296
2	5	LEU	LEU	VAL	VAL	F	F	-6 - 288	2 - 296
1	6	LEU	LEU	VAL	VAL	B	B	-6 - 288	2 - 296
2	6	LEU	LEU	VAL	VAL	C	C	-6 - 288	2 - 296
1	7	GLY	GLY	ASP	ASP	B	B	-7 - 289	1 - 297
2	7	GLY	GLY	ASP	ASP	D	D	-7 - 289	1 - 297
1	8	VAL	VAL	VAL	VAL	B	B	-5 - 288	3 - 296
2	8	VAL	VAL	VAL	VAL	E	E	-5 - 288	3 - 296
1	9	GLY	GLY	ASP	ASP	B	B	-7 - 289	1 - 297
2	9	GLY	GLY	ASP	ASP	F	F	-7 - 289	1 - 297
1	10	LEU	LEU	VAL	VAL	C	C	-6 - 288	2 - 296
2	10	LEU	LEU	VAL	VAL	D	D	-6 - 288	2 - 296
1	11	VAL	VAL	VAL	VAL	C	C	-5 - 288	3 - 296
2	11	VAL	VAL	VAL	VAL	E	E	-5 - 288	3 - 296
1	12	LEU	LEU	VAL	VAL	C	C	-6 - 288	2 - 296
2	12	LEU	LEU	VAL	VAL	F	F	-6 - 288	2 - 296
1	13	VAL	VAL	VAL	VAL	D	D	-5 - 288	3 - 296
2	13	VAL	VAL	VAL	VAL	E	E	-5 - 288	3 - 296
1	14	GLY	GLY	ASP	ASP	D	D	-7 - 289	1 - 297
2	14	GLY	GLY	ASP	ASP	F	F	-7 - 289	1 - 297
1	15	VAL	VAL	VAL	VAL	E	E	-5 - 288	3 - 296
2	15	VAL	VAL	VAL	VAL	F	F	-5 - 288	3 - 296

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Proliferating cell nuclear antigen 分子量: 32991.281 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア) 遺伝子: PCNA / プラスミド: PET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a / 参照: UniProt: B5TV91
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.7 % / 解説: RECTANGULAR
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, SODIUM MALONATE / PH範囲: 4.5- 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月5日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 64552 / % possible obs: 76.3 % / 冗長度: 5.5 % / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 2.95→2.96 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 86.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CFK

5cfk

解像度: 2.95→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 17.767 / SU ML: 0.287 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.562 / ESU R Free: 0.313 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23234	966	1.5 %	RANDOM
R_work	0.20457	-	-	-
obs	0.20501	63541	88.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 106.249 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.75 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.99 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12052	0	0	24	12076

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	12238
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.01	0.02	11740
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.291	1.973	16516
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.944	3	27056
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.516	5	1550
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.595	24.607	534
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.855	15	2200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.519	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.117	0.2	1906
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	13790
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	2666
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	9.662	10.279	6236
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	9.662	10.278	6235
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	14.459	15.397	7774
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	14.459	15.398	7775
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	11.203	11.056	6002
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	11.201	11.055	6000
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	16.985	16.234	8742
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	20.972	78.999	12943
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	20.973	78.992	12942
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	28714	0.12
1	2	B	28714	0.12
2	1	A	29012	0.12
2	2	C	29012	0.12
3	1	A	28756	0.12
3	2	D	28756	0.12
4	1	A	28814	0.12
4	2	E	28814	0.12
5	1	A	28508	0.13
5	2	F	28508	0.13
6	1	B	29326	0.1
6	2	C	29326	0.1
7	1	B	28900	0.11
7	2	D	28900	0.11
8	1	B	28724	0.12
8	2	E	28724	0.12
9	1	B	29210	0.12
9	2	F	29210	0.12
10	1	C	28840	0.11
10	2	D	28840	0.11
11	1	C	28912	0.11
11	2	E	28912	0.11
12	1	C	29118	0.12
12	2	F	29118	0.12
13	1	D	29394	0.11
13	2	E	29394	0.11
14	1	D	28584	0.12
14	2	F	28584	0.12
15	1	E	28516	0.12
15	2	F	28516	0.12

LS精密化シェル

解像度: 2.948→3.025 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.428	65	-
R_work	0.378	4333	-
obs	-	-	82.64 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)