PDB-5h0t: Crystal structure of proliferating cell nuclear antigen from Leis...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5h0t

タイトル

Crystal structure of proliferating cell nuclear antigen from Leishmania donovani at 2.73 Angstrom resolution

要素

Proliferating cell nuclear antigen

キーワード

DNA BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

PCNA complex / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / regulation of DNA replication / translesion synthesis / mismatch repair / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.73 Å

データ登録者

Singh, P.K. / Yadav, S.P. / Sharma, P.S. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

引用

ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2017
タイトル: Structure and binding studies of proliferating cell nuclear antigen from Leishmania donovani.
著者: Yadav, S.P. / Singh, P.K. / Sharma, P. / Iqbal, N. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2016年10月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月25日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_prerelease_seq Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5h0t.cif.gz	302.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5h0t.ent.gz	244.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5h0t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/5h0t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/5h0t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5b7o PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5b7o-d 6j0j-d 5cfk-d 6k2m-d 5hac-d 5e0t-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (7) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Proliferating cell nuclear antigen

D: Proliferating cell nuclear antigen

E: Proliferating cell nuclear antigen

B: Proliferating cell nuclear antigen

C: Proliferating cell nuclear antigen

F: Proliferating cell nuclear antigen

ヘテロ分子

193 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.800, 149.574, 169.245
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 289 / Label seq-ID: 1 - 289

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Proliferating cell nuclear antigen 分子量: 32185.354 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア) 遺伝子: PCNA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5TV91
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.06 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 20% PEG 3350, sodium malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月28日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.73→112.08 Å / Num. obs: 89366 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 2.9 % / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 2.73→2.78 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / % possible all: 80

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5B7O

5b7o
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.73→112.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / SU B: 11.981 / SU ML: 0.214 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.286 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23915	927	1 %	RANDOM
R_work	0.19742	-	-	-
obs	0.19783	89366	99.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 92.614 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.91 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.89 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.73→112.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11514	0	14	250	11778

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	11694
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	11232
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.296	1.974	15772
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.214	3	25896
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.532	5	1476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.793	24.941	510
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.107	15	2118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.629	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.154	0.2	1830
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	13146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2526
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	9.314	8.772	5940
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	9.313	8.77	5939
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	12.951	13.162	7404
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	12.951	13.164	7405
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	11.118	9.766	5754
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	11.118	9.766	5754
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	15.803	14.256	8369
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	19.395		46737
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	19.395		46737
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	14808	0.1
1	2	D	14808	0.1
2	1	A	14798	0.1
2	2	E	14798	0.1
3	1	A	14800	0.1
3	2	B	14800	0.1
4	1	A	14566	0.11
4	2	C	14566	0.11
5	1	A	14556	0.12
5	2	F	14556	0.12
6	1	D	14788	0.1
6	2	E	14788	0.1
7	1	D	14864	0.1
7	2	B	14864	0.1
8	1	D	14630	0.12
8	2	C	14630	0.12
9	1	D	14580	0.12
9	2	F	14580	0.12
10	1	E	14582	0.12
10	2	B	14582	0.12
11	1	E	14680	0.12
11	2	C	14680	0.12
12	1	E	14648	0.12
12	2	F	14648	0.12
13	1	B	14716	0.11
13	2	C	14716	0.11
14	1	B	14590	0.12
14	2	F	14590	0.12
15	1	C	14726	0.12
15	2	F	14726	0.12

LS精密化シェル

解像度: 2.728→2.799 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.428	57	-
R_work	0.387	6004	-
obs	-	-	91.29 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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