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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5h9v | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Regnase PIN domain, form I | ||||||
![]() | Ribonuclease ZC3H12A | ||||||
![]() | HYDROLASE / RNase | ||||||
機能・相同性 | ![]() immune response-activating signaling pathway / positive regulation of miRNA catabolic process / positive regulation of protein deubiquitination / cellular response to ionomycin / miRNA catabolic process / RNA exonuclease activity / positive regulation of mRNA catabolic process / rough endoplasmic reticulum membrane / negative regulation by host of viral genome replication / cellular response to sodium arsenite ...immune response-activating signaling pathway / positive regulation of miRNA catabolic process / positive regulation of protein deubiquitination / cellular response to ionomycin / miRNA catabolic process / RNA exonuclease activity / positive regulation of mRNA catabolic process / rough endoplasmic reticulum membrane / negative regulation by host of viral genome replication / cellular response to sodium arsenite / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / negative regulation of muscle cell apoptotic process / nuclease activity / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / positive regulation of lipid storage / negative regulation of cardiac muscle contraction / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / cellular response to chemokine / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / miRNA binding / negative regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of p38MAPK cascade / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein deubiquitination / positive regulation of execution phase of apoptosis / mRNA catabolic process / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of fat cell differentiation / cellular response to interleukin-1 / cellular response to glucose starvation / positive regulation of autophagy / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / rough endoplasmic reticulum / positive regulation of defense response to virus by host / RNA endonuclease activity / positive regulation of endothelial cell migration / negative regulation of protein phosphorylation / mRNA 3'-UTR binding / P-body / cellular response to virus / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / positive regulation of protein import into nucleus / RNA stem-loop binding / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / ribosome binding / protein complex oligomerization / cellular response to tumor necrosis factor / nervous system development / T cell receptor signaling pathway / cellular response to oxidative stress / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / cell differentiation / cytoskeleton / inflammatory response / negative regulation of gene expression / mRNA binding / apoptotic process / DNA damage response / chromatin binding / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yokogawa, M. / Tsushima, T. / Adachi, W. / Noda, N.N. / Inagaki, F. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the regulation of enzymatic activity of Regnase-1 by domain-domain interactions 著者: Yokogawa, M. / Tsushima, T. / Noda, N.N. / Kumeta, H. / Enokizono, Y. / Yamashita, K. / Standley, D.M. / Takeuchi, O. / Akira, S. / Inagaki, F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 280.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 238.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 460 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 470.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24717.869 Da / 分子数: 4 / 断片: PIN domain, UNP residues 134-339 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5D1E7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #2: 化合物 | ChemComp-NA / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.03 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 1 M (NH4)2HPO4, 200 mM NaCl, 100 mM sodium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月8日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.75→47.49 Å / Num. obs: 33467 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 7.9 % / Net I/σ(I): 22.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 92.716 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.75→47.49 Å
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拘束条件 |
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