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万見
- PDB-5h9m: Crystal structure of siah2 SBD domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h9m
タイトルCrystal structure of siah2 SBD domain
要素E3 ubiquitin-protein ligase SIAH2
キーワードLIGASE / SBD / siah2 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Netrin-1 signaling / ubiquitin conjugating enzyme binding / small GTPase-mediated signal transduction / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of protein ubiquitination / canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of circadian rhythm ...: / Netrin-1 signaling / ubiquitin conjugating enzyme binding / small GTPase-mediated signal transduction / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of protein ubiquitination / canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of circadian rhythm / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / ubiquitin protein ligase activity / rhythmic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / amyloid fibril formation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / early endosome / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / Amyloid fiber formation / neuronal cell body / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase SINA-like, animal / Seven-in-absentia protein, TRAF-like domain / : / Sina, TRAF-like domain / Sina, zinc finger / E3 ubiquitin-protein ligase sina/sinah, RING finger / Zinc finger, SIAH-type / Zinc finger SIAH-type profile. / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A ...E3 ubiquitin-protein ligase SINA-like, animal / Seven-in-absentia protein, TRAF-like domain / : / Sina, TRAF-like domain / Sina, zinc finger / E3 ubiquitin-protein ligase sina/sinah, RING finger / Zinc finger, SIAH-type / Zinc finger SIAH-type profile. / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / TRAF-like / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase SIAH2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.761 Å
データ登録者Dong, A. / Zhang, Q. / Walker, J.R. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Tong, Y. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of siah2 SBD domain
著者: Zhang, Q. / Dong, A. / Walker, J.R. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Tong, Y. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2015年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase SIAH2
B: E3 ubiquitin-protein ligase SIAH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,60315
ポリマ－42,7592
非ポリマー84513
水5,513306
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area18450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.624, 68.753, 102.884
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase SIAH2 / Seven in absentia homolog 2 / hSiah2


分子量: 21379.400 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIAH2 / プラスミド: pET28-MKH8SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus-RIL
参照: UniProt: O43255, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

-
非ポリマー , 5種, 319分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% PEG8000, 0.2 M NaCl, 0.1 M Hepes pH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→50.01 Å / Num. obs: 38381 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.106 / Χ2: 1.143 / Net I/av σ(I): 25.746 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 352371
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.76-1.796.50.87918940.720.3630.9540.68599.9
1.79-1.827.80.75118780.8280.2790.8020.696100
1.82-1.868.50.61619080.8940.2170.6540.737100
1.86-1.99.50.51918810.9340.1710.5470.771100
1.9-1.949.50.45118650.9460.1490.4760.786100
1.94-1.989.50.36619130.9610.1210.3860.81100
1.98-2.039.50.30218810.9720.10.3180.855100
2.03-2.099.50.26118950.9780.0860.2750.878100
2.09-2.159.50.22619100.9840.0750.2380.902100
2.15-2.229.50.18618960.990.0610.1960.916100
2.22-2.39.50.16919060.9910.0560.1780.941100
2.3-2.399.50.14618900.9930.0480.1540.957100
2.39-2.59.60.13319290.9940.0440.140.976100
2.5-2.639.60.11219130.9950.0370.1181.021100
2.63-2.799.60.09119090.9960.030.0961.115100
2.79-3.019.60.07719390.9970.0260.0811.257100
3.01-3.319.60.0719430.9980.0230.0741.698100
3.31-3.799.40.06519570.9980.0220.0692.384100
3.79-4.789.20.05219700.9990.0180.0552.14100
4.78-508.80.04821040.9990.0170.0511.97499.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOLREP位相決定
ARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4C9Z

4c9z


解像度: 1.761→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 2.747 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22677 945 2.5 %RANDOM
Rwork0.17761 ---
obs0.17885 37374 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.803 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5 Å20 Å20 Å2
2--1.52 Å2-0 Å2
3----1.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.761→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2935 0 39 306 3280
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193220
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022943
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5061.9374394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9323.0036766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3185417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.34623.643140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.98715501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8691516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2479
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023754
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02778
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3812.0331617
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3792.0321616
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2243.0412051
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2243.0412052
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8452.2411603
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8442.2421604
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.9793.2732343
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.12117.2813697
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.0317.1263651
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.761→1.806 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 65 -
Rwork0.256 2633 -
obs--96.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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