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- PDB-5h8z: Crystal structure of the C49A C353A mutant Fenna-Matthews-Olson P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h8z
タイトルCrystal structure of the C49A C353A mutant Fenna-Matthews-Olson Protein from Chlorobaculum Tepidum
要素Bacteriochlorophyll a protein
キーワードELECTRON TRANSPORT / FMO / antenna complex / photosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


bacteriochlorophyll binding / photosynthesis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacteriochlorophyll-a Protein / Bacteriochlorophyll A / Bacteriochlorophyll A protein / Bacteriochlorophyll A superfamily / Bacteriochlorophyll A protein / Clam / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / Bacteriochlorophyll a protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorobaculum tepidum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lu, X. / Cuneo, M.J. / Myles, D.A.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0001035 米国
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2016
タイトル: Perturbation of bacteriochlorophyll molecules in Fenna-Matthews-Olson protein complexes through mutagenesis of cysteine residues.
著者: Saer, R. / Orf, G.S. / Lu, X. / Zhang, H. / Cuneo, M.J. / Myles, D.A. / Blankenship, R.E.
履歴
登録2015年12月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月22日Group: Database references
改定 2.02018年11月21日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_src_gen / entity_src_nat
Item: _atom_site.occupancy / _entity.pdbx_mutation / _entity.src_method
改定 2.12022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.22024年1月10日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriochlorophyll a protein
C: Bacteriochlorophyll a protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,88018
ポリマ－80,2962
非ポリマー14,58416
水9,728540
1
A: Bacteriochlorophyll a protein
ヘテロ分子

A: Bacteriochlorophyll a protein
ヘテロ分子

A: Bacteriochlorophyll a protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,32027
ポリマ－120,4443
非ポリマー21,87624
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z+1/2,-x+1/2,-y1
crystal symmetry operation12_554-y+1/2,-z,x-1/21
Buried area45320 Å2
ΔGint-320 kcal/mol
Surface area40640 Å2
手法PISA
2
C: Bacteriochlorophyll a protein
ヘテロ分子

C: Bacteriochlorophyll a protein
ヘテロ分子

C: Bacteriochlorophyll a protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,32027
ポリマ－120,4443
非ポリマー21,87624
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area45220 Å2
ΔGint-317 kcal/mol
Surface area40370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.358, 168.358, 168.358
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-757-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Bacteriochlorophyll a protein / BChl a protein / Fenna-Matthews-Olson protein / FMO protein


分子量: 40148.105 Da / 分子数: 2 / 変異: C49A, 353A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlorobaculum tepidum (strain ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS) (バクテリア)
株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS / 遺伝子: fmoA, CT1499 / 発現宿主: Chlorobium tepidum (バクテリア) / 参照: UniProt: Q46393
#2: 化合物
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: C55H74MgN4O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 4000, 20% 2-proponal, sodium citrate, sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 75406 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 48.1 % / Biso Wilson estimate: 27.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 63.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.753 / Mean I/σ(I) obs: 6.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ENI

3eni


解像度: 1.8→19.841 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 18.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.189 1997 2.65 %RANDOM
Rwork0.1594 ---
obs0.1602 75382 99.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.841 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5490 0 1016 540 7046
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0156952
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5059732
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0442412
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081965
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081262
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8003-1.84530.22431400.17035159X-RAY DIFFRACTION100
1.8453-1.89520.23391400.16975138X-RAY DIFFRACTION100
1.8952-1.95090.1981410.17555175X-RAY DIFFRACTION100
1.9509-2.01380.19571400.17765146X-RAY DIFFRACTION100
2.0138-2.08570.20161420.1695192X-RAY DIFFRACTION100
2.0857-2.16910.23391410.17065197X-RAY DIFFRACTION100
2.1691-2.26770.22221420.16875189X-RAY DIFFRACTION100
2.2677-2.38710.19481410.16315185X-RAY DIFFRACTION100
2.3871-2.53640.19621430.17165242X-RAY DIFFRACTION100
2.5364-2.73170.20111420.17065221X-RAY DIFFRACTION100
2.7317-3.00580.1811440.16875269X-RAY DIFFRACTION100
3.0058-3.43880.19231440.16185300X-RAY DIFFRACTION100
3.4388-4.32510.15991450.13875359X-RAY DIFFRACTION100
4.3251-19.84240.17371520.14795613X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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