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- PDB-5h8s: Structure of the human GluA2 LBD in complex with GNE3419 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h8s
タイトルStructure of the human GluA2 LBD in complex with GNE3419
要素Glutamate receptor 2,Glutamate receptor 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / GluN1 / GluN2A / NMDA / receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of AMPA receptors / postsynaptic endocytic zone / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / AMPA glutamate receptor activity / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / ligand-gated monoatomic cation channel activity / AMPA glutamate receptor complex / Long-term potentiation / excitatory synapse / asymmetric synapse ...Activation of AMPA receptors / postsynaptic endocytic zone / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / AMPA glutamate receptor activity / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / ligand-gated monoatomic cation channel activity / AMPA glutamate receptor complex / Long-term potentiation / excitatory synapse / asymmetric synapse / glutamate-gated receptor activity / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / endocytic vesicle membrane / amyloid-beta binding / chemical synaptic transmission / postsynapse / dendritic spine / postsynaptic density / external side of plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region ...Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like II / Periplasmic binding protein-like I / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5YC / CACODYLATE ION / GLUTAMIC ACID / Glutamate receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.703 Å
データ登録者Wallweber, H.J.A. / Lupardus, P.J.
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2016
タイトル: Positive Allosteric Modulators of GluN2A-Containing NMDARs with Distinct Modes of Action and Impacts on Circuit Function.
著者: Hackos, D.H. / Lupardus, P.J. / Grand, T. / Chen, Y. / Wang, T.M. / Reynen, P. / Gustafson, A. / Wallweber, H.J. / Volgraf, M. / Sellers, B.D. / Schwarz, J.B. / Paoletti, P. / Sheng, M. / Zhou, Q. / Hanson, J.E.
履歴
登録2015年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor 2,Glutamate receptor 2
C: Glutamate receptor 2,Glutamate receptor 2
B: Glutamate receptor 2,Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,20415
ポリマ－87,6323
非ポリマー1,57212
水11,998666
1
A: Glutamate receptor 2,Glutamate receptor 2
B: Glutamate receptor 2,Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,41510
ポリマ－58,4212
非ポリマー9938
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area23340 Å2
手法PISA
2
C: Glutamate receptor 2,Glutamate receptor 2
ヘテロ分子

C: Glutamate receptor 2,Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,57810
ポリマ－58,4212
非ポリマー1,1578
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556x,-y,-z+11
Buried area2790 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area23840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.232, 114.461, 162.744
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ACB

#1: タンパク質 Glutamate receptor 2,Glutamate receptor 2 / GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / ...GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 2 / GluA2


分子量: 29210.662 Da / 分子数: 3
断片: UNP residues 413-527, GT linker, UNP residues 653-796
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRIA2, GLUR2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42262

-
非ポリマー , 5種, 678分子

#2: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#3: 化合物 ChemComp-5YC / 7-[[ethyl(phenyl)amino]methyl]-2-methyl-[1,3,4]thiadiazolo[3,2-a]pyrimidin-5-one


分子量: 300.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H16N4OS
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 666 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月5日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 96862 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.973 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1FTJ

1ftj


解像度: 1.703→46.812 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2056 4824 4.98 %
Rwork0.1742 --
obs0.1757 96862 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.703→46.812 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6084 0 83 666 6833
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076408
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0518635
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4932428
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043942
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051084
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7033-1.72260.32081560.27442835X-RAY DIFFRACTION94
1.7226-1.74290.24151530.25153080X-RAY DIFFRACTION100
1.7429-1.76420.26921660.23713036X-RAY DIFFRACTION100
1.7642-1.78650.26811550.22163026X-RAY DIFFRACTION100
1.7865-1.810.25391710.21983070X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.83480.2611580.2053011X-RAY DIFFRACTION100
1.8348-1.8610.23891370.20033079X-RAY DIFFRACTION100
1.861-1.88880.24211710.19943022X-RAY DIFFRACTION99
1.8888-1.91830.23061390.19772922X-RAY DIFFRACTION96
1.9183-1.94980.24581670.19083049X-RAY DIFFRACTION99
1.9498-1.98340.24771580.18433069X-RAY DIFFRACTION100
1.9834-2.01940.18941700.17913022X-RAY DIFFRACTION100
2.0194-2.05830.21721510.17713108X-RAY DIFFRACTION100
2.0583-2.10030.21521370.17943044X-RAY DIFFRACTION100
2.1003-2.1460.23661600.17373118X-RAY DIFFRACTION100
2.146-2.19590.20171730.17563000X-RAY DIFFRACTION100
2.1959-2.25080.19591540.16913133X-RAY DIFFRACTION100
2.2508-2.31160.19391560.17722916X-RAY DIFFRACTION97
2.3116-2.37970.21861620.17763093X-RAY DIFFRACTION99
2.3797-2.45650.21751690.17773071X-RAY DIFFRACTION100
2.4565-2.54430.20811740.17953071X-RAY DIFFRACTION100
2.5443-2.64610.21121900.17193069X-RAY DIFFRACTION100
2.6461-2.76650.20951590.17963099X-RAY DIFFRACTION100
2.7665-2.91240.22221650.18423097X-RAY DIFFRACTION100
2.9124-3.09480.22921540.17893078X-RAY DIFFRACTION99
3.0948-3.33370.19671720.17013088X-RAY DIFFRACTION100
3.3337-3.66910.17741620.16853144X-RAY DIFFRACTION100
3.6691-4.19970.19391640.14923138X-RAY DIFFRACTION100
4.1997-5.290.18071530.1433216X-RAY DIFFRACTION99
5.29-46.82960.17181680.17843334X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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