PDB-5h8c: Truncated XPD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5h8c

タイトル

Truncated XPD

要素

XPD/Rad3 related DNA helicase

キーワード

HYDROLASE / helicase

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA conformation change / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / DNA 5'-3' helicase / nucleobase-containing compound metabolic process / iron-sulfur cluster binding / isomerase activity / DNA helicase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / 5'-3' DNA helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Naismith, J.H. / Constantinescu, D.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Mechanism of DNA loading by the DNA repair helicase XPD.
著者: Constantinescu-Aruxandei, D. / Petrovic-Stojanovska, B. / Penedo, J.C. / White, M.F. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2015年12月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月2日	Group: Database references
改定 1.2	2016年4月20日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5h8c.cif.gz	157.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5h8c.ent.gz	123.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5h8c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5h8c_validation.pdf.gz	455.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5h8c_full_validation.pdf.gz	457.9 KB	表示
XML形式データ	5h8c_validation.xml.gz	13.2 KB	表示
CIF形式データ	5h8c_validation.cif.gz	17.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/5h8c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/5h8c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5h8wC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1jh6-d 3bcv-d 6zw9-d 5ham-1 1qb3-4 5ham-2 3goz-d 6ycb-d 2r65-2 4rjv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: XPD/Rad3 related DNA helicase

ヘテロ分子

64.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.800, 77.800, 99.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	XPD/Rad3 related DNA helicase / XPD helicase 分子量: 64086.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The protein degraded (domain clipped off) during crystallisation 由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性) 遺伝子: SacN8_00920 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M1J2P5, UniProt: Q4JC68*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.17 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4 / 詳細: PEG

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.988 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.988 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→29 Å / Num. obs: 23154 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 18.2
反射シェル	解像度: 2.29→2.35 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.29→29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 14.512 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23912	1186	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20326	-	-	-
obs	0.20511	21920	99.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.675 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.29→29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2750	0	8	7	2765

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	2821
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2805
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.676	2.022	3841
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.417	3.001	6485
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.853	5	333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.483	24.4	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.21	15	560
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.384	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	433
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3032
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	591
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.543	4.908	1338
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.542	4.907	1337
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.54	7.352	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.539	7.353	1670
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.983	5.176	1483
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.982	5.176	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.003	7.651	2111
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.881	37.568	2961
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.88	37.578	2962
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.292→2.351 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.383	89	-
R_work	0.303	1579	-
obs	-	-	99.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.4963	1.9322	-1.8206	3.5409	2.1893	10.8347	-0.0117	-0.9677	-1.0213	0.9804	-0.1985	0.5761	0.4637	-0.9062	0.2102	0.5349	0.0129	0.0443	0.1933	0.1316	0.4461	0.283	2.069	5.626
2	8.3687	-2.7924	-0.6546	3.5226	0.3905	2.0564	-0.0375	-0.9172	-0.585	0.6685	0.1496	0.3671	0.0039	0.0237	-0.1121	0.2602	-0.0535	0.0846	0.1169	0.0294	0.2498	-4.295	18.178	6.487
3	5.5865	-1.4317	-3.1565	3.6763	-0.5216	9.1408	0.1164	-0.255	0.4154	0.2337	-0.286	0.0206	-0.3284	0.6058	0.1696	0.2132	-0.1051	-0.0013	0.0906	0.027	0.3461	1.94	39.508	-4.407
4	4.1565	-0.5837	-0.5543	5.7367	-0.6404	2.8739	-0.1539	-0.3456	0.6969	0.475	0.1731	0.0137	-0.5674	0.023	-0.0193	0.2599	-0.0424	0.0379	0.071	-0.104	0.2328	-3.08	35.074	3.32
5	4.323	0.2465	0.1443	5.0058	-0.0969	6.6855	0.2363	0.2359	0.3413	-0.3689	-0.2328	-0.0414	-0.2937	0.1724	-0.0035	0.0848	0.0311	0.0284	0.0342	0.0001	0.1572	4.848	18.899	-7.018
6	2.9219	0.9225	-1.5498	5.5356	2.8092	8.6711	-0.1693	0.1572	-0.0376	-0.1559	0.0477	-0.3601	0.4976	1.1123	0.1216	0.3013	0.0851	-0.034	0.2855	0.1529	0.3234	10.773	35.172	-31.881
7	2.2318	0.0009	-1.4267	2.7281	0.3597	5.5967	-0.0381	-0.0731	0.069	-0.3102	-0.3089	-0.0421	0.3944	0.5756	0.347	0.3981	0.1152	-0.0326	0.1448	0.1466	0.3463	7.309	32.894	-23.43
8	5.0436	-1.4349	0.1835	3.6309	0.2943	4.5695	0.1925	0.1573	-0.4011	-0.1194	-0.2919	0.2457	0.5239	-0.2772	0.0994	0.1969	-0.0121	-0.0385	0.0389	-0.0369	0.2439	6.132	4.973	-7.238

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 35
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	36 - 82
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	83 - 116
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	117 - 153
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	154 - 193
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	194 - 256
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	257 - 303
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	304 - 346

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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