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- PDB-3goz: Crystal structure of the leucine-rich repeat-containing protein L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3goz
タイトルCrystal structure of the leucine-rich repeat-containing protein LegL7 from Legionella pneumophila. Northeast Structural Genomics Consortium target LgR148
要素Leucine-rich repeat-containing protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Leucine-rich repeat-containing protein / legL7 / NESG / LgR148 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta / Leucine-rich repeat-containing protein
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.099 Å
データ登録者Vorobiev, S.M. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Belote, R.L. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. ...Vorobiev, S.M. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Belote, R.L. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the leucine-rich repeat-containing protein LegL7 from Legionella pneumophila. Northeast Structural Genomics Consortium target LgR148.
著者: Vorobiev, S.M. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Belote, R.L. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2009年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine-rich repeat-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5261
ポリマ－39,5261
非ポリマー00
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.196, 67.196, 155.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細Monomer according to gel filtration

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要素

#1: タンパク質 Leucine-rich repeat-containing protein


分子量: 39525.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / DSM 7513 / 遺伝子: leg7, legL7, lpg2400 / プラスミド: pET21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q5ZSW6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 18% PEG 3350, 4% Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.099→50 Å / Num. all: 91532 / Num. obs: 91532 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 27.69
反射 シェル解像度: 2.099→2.18 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / Num. unique all: 9155 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SHELXDE位相決定
RESOLVEモデル構築
PHENIX精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.099→33.598 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: The Friedel pairs were used in phasing
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 2343 5.13 %
Rwork0.2055 --
obs0.2084 45714 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.934 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.3641 Å2-0 Å2-0 Å2
2--6.3641 Å2-0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.099→33.598 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2401 0 0 136 2537
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg0.93
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.712
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.099-2.14170.32551230.26912594100
2.1417-2.18820.30671660.26012499100
2.1882-2.23910.30581510.26522588100
2.2391-2.29510.42231280.3204248699
2.2951-2.35720.31941380.2362558100
2.3572-2.42650.2511440.20892565100
2.4265-2.50480.30851490.20572542100
2.5048-2.59430.24551270.20922607100
2.5943-2.69810.32721030.20862586100
2.6981-2.82090.27971200.21162602100
2.8209-2.96950.26861620.21842477100
2.9695-3.15540.2831400.21732570100
3.1554-3.39880.31761440.21212547100
3.3988-3.74050.26251310.18732600100
3.7405-4.28080.19851470.16882514100
4.2808-5.38970.22451420.17442565100
5.3897-33.60230.21831280.1975247196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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