PDB-5h7v: Structure of full-length extracellular domain of HAI-1 at pH 4.6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5h7v

タイトル

Structure of full-length extracellular domain of HAI-1 at pH 4.6

要素

Kunitz-type protease inhibitor 1

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR / HAI-1

機能・相同性

機能・相同性情報

epithelium development / Signaling by MST1 / positive regulation of glial cell differentiation / negative regulation of neural precursor cell proliferation / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / placenta blood vessel development / MET Receptor Activation / cellular response to BMP stimulus / epidermis development / extracellular matrix organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.82 Å

データ登録者

Liu, M. / Huang, M.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: The crystal structure of a multidomain protease inhibitor (HAI-1) reveals the mechanism of its auto-inhibition
著者: Liu, M. / Yuan, C. / Jensen, J.K. / Zhao, B. / Jiang, Y. / Jiang, L. / Huang, M.

履歴

登録	2016年11月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月19日	Group: Database references
改定 1.2	2017年5月31日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5h7v.cif.gz	150.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5h7v.ent.gz	118.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5h7v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5h7v_validation.pdf.gz	434.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5h7v_full_validation.pdf.gz	441.9 KB	表示
XML形式データ	5h7v_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	5h7v_validation.cif.gz	18.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/5h7v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/5h7v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2msxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6hfb-2 4mlb-2 5ftf-d 6vby-d 3t5a-d 6hph-d 4hvm-1 4py5-d 2cjh-d 5iil-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (7) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (7) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (7) #46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (7) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Kunitz-type protease inhibitor 1

47.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.620, 95.620, 124.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Kunitz-type protease inhibitor 1 / Hepatocyte growth factor activator inhibitor type 1 / HAI-1 分子量: 47295.848 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding region, UNP residues 36-441 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPINT1, HAI1, UNQ223/PRO256 / プラスミド: PMT/BIP 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 株 (発現宿主): S2 Cells / 参照: UniProt: O43278

#1: タンパク質

Kunitz-type protease inhibitor 1 / Hepatocyte growth factor activator inhibitor type 1 / HAI-1

分子量: 47295.848 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding region, UNP residues 36-441 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPINT1, HAI1, UNQ223/PRO256 / プラスミド: PMT/BIP
発現宿主:

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): S2 Cells / 参照: UniProt: O43278

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 1.6M ammonium sulfate, 20% (v/v) glycerol, 0.08M sodium acetate, pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9778 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.82→38.09 Å / Num. obs: 5987 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 25.2 % / Net I/σ(I): 17.47

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2MSX

2msx

解像度: 3.82→38.09 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 21.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3281	287	4.79 %
R_work	0.2527	-	-
obs	0.2563	5986	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 346.54 Å² / B_iso mean: 170.905 Å² / B_iso min: 69.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.82→38.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2489	0	0	0	2489
残基数	-	-	-	-	320

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.6467	3.6498	6.8638	9.7358	3.4664	5.494	0.3151	0.3043	-1.9656	-1.2152	1.2271	-1.9637	-0.6798	-0.1026	0.6706	0.5127	0.2357	0.8816	2.3422	0.9138	1.5995	-42.5442	27.7576	-18.8125
2	4.9092	3.539	-1.9951	5.6038	-0.4431	1.0118	1.1799	-1.8146	0.1521	-1.0431	-1.5212	0.275	-0.1835	0.1047	0.1258	1.0666	0.0213	0.0914	1.4767	-0.0097	0.9997	-23.7775	34.7322	-10.4763
3	5.7998	-0.7716	5.128	4.7873	-3.228	6.6024	1.9526	2.0433	0.6655	0.1763	-0.2626	1.7462	-0.3154	-0.7049	-1.4795	1.2449	0.3344	0.195	1.6382	0.5702	1.729	-33.0695	35.572	-18.6638
4	4.8096	1.4862	-0.4721	4.0636	-0.6166	0.1094	0.0812	-0.6472	1.7168	0.8239	0.6401	-0.4553	-0.6206	0.4539	-0.1413	3.9001	0.7142	1.518	1.1086	-0.5206	2.8347	-38.5124	49.1447	-9.517
5	6.3235	4.6984	-0.5474	3.4734	-0.4067	7.0757	0.9996	-0.137	0.617	-0.375	-0.753	-0.8037	-0.6241	-1.2881	-0.6512	0.6606	0.0443	0.0605	1.0949	-0.0386	0.8544	-24.2647	31.9554	-12.2854
6	4.4781	0.6879	0.9682	2.2064	-2.2178	2.8991	-0.1016	-0.4224	0.6023	0.9788	0.5014	1.0629	-0.1298	-1.1088	-0.4019	1.0057	0.3885	0.0407	1.4741	0.0194	0.6893	-30.611	32.227	-7.6466
7	0.722	-1.6084	-2.504	5.5525	3.9075	1.9906	0.3116	-2.6231	-3.0321	0.6441	-1.043	-1.6927	4.1024	-0.2399	-0.1602	1.0995	0.2783	-0.2427	3.0052	1.2336	1.696	-25.7339	21.1483	0.8285
8	1.9835	-4.2155	-6.7396	3.7526	1.2661	5.1568	0.4135	2.7104	-1.2967	-1.1791	-1.0765	2.352	0.109	-1.5183	0.4916	1.2815	-0.3173	-0.4335	1.563	0.4683	1.611	-7.6502	12.494	-17.0102
9	8.1145	-3.5276	6.9421	3.1449	0.4629	2.0036	-0.9887	-0.0691	-1.4776	-1.9246	1.7523	0.2313	3.6051	0.2915	-0.3634	1.0138	-0.8179	0.1619	2.2628	0.4338	1.266	-8.3102	5.8228	-6.0382
10	3.2164	-2.9334	1.1497	4.5081	1.4231	3.9457	1.0917	-1.0724	1.522	0.186	-2.4623	0.3508	2.9347	-0.9169	0.5144	1.6714	-0.0321	-0.2621	1.4585	0.3694	2.5087	-10.3402	0.2194	-16.0588
11	7.3391	-5.2368	-0.3149	4.6654	0.4511	2.7282	-0.3696	-0.3268	-1.0188	0.6509	-0.0673	4.4614	1.4302	-1.1827	0.0902	1.8131	-0.1313	0.3358	1.3367	0.0974	2.0408	-7.0116	5.2415	-15.3677
12	3.1925	1.6762	-1.1894	3.5173	-4.6624	6.6217	0.1408	-0.6179	1.0387	-0.1405	0.9951	-1.1835	2.4022	-1.627	1.332	2.7701	-1.4689	1.2002	3.6233	-2.2656	3.4238	-16.3972	5.7425	-3.3017
13	0.696	-2.2327	-1.258	7.2207	4.0552	2.2787	2.0669	-1.4823	1.8799	-1.3417	1.3606	-0.3102	-0.0299	-1.1371	-1.7137	1.1804	-0.1475	-0.039	2.4153	-0.2734	0.5751	-12.8762	13.3616	-20.6109
14	9.287	-0.777	-7.2848	3.2339	-1.7567	7.4725	-4.1935	3.5741	-1.2982	-1.7636	2.5198	-0.4638	-1.7343	-0.1555	0.406	1.5527	-0.5605	-0.2928	1.505	-0.3597	1.2231	-7.0603	24.2458	-27.9241
15	3.6021	5.5273	4.6597	8.9268	6.0027	9.0127	-0.3915	1.5083	-0.4168	0.1221	2.6134	0.8938	-0.3623	1.2253	2.8218	1.2894	-0.2789	-0.7398	1.59	0.8586	1.9775	-11.6718	41.4578	-22.9676
16	4.611	1.1546	3.464	5.1467	0.3213	9.185	0.3434	0.564	0.1886	-1.6733	1.0189	2.1404	1.0921	0.8143	-1.4148	1.0276	-0.1379	-0.2246	1.2151	0.1122	1.2856	-3.6378	27.9318	-19.696
17	4.5774	-3.6009	2.1127	2.0207	5.2894	6.2237	-2.6985	-0.2379	-0.48	2.161	-1.1836	1.747	0.5127	0.3753	2.7792	2.8432	0.8431	-0.011	1.3988	0.102	1.3454	-13.9919	28.9203	-32.2175
18	5.4342	0.7462	4.9919	3.014	1.3063	4.7047	0.1886	-2.7347	-1.371	0.6136	-1.1581	-0.8703	0.0574	2.5485	-1.7562	0.2472	-0.1534	1.0722	1.3242	0.5431	2.3315	-20.964	44.0607	-24.6133
19	1.4929	-0.8469	-0.8258	0.8911	-1.6303	9.3941	1.0051	-1.2685	-0.3421	-0.1196	-0.4855	-1.036	-1.0653	1.8673	-0.5069	1.1231	-0.1084	-0.1425	1.4751	-0.288	1.3665	-18.2705	37.6637	-0.329
20	3.0532	-5.0486	1.6955	8.3397	-1.97	8.0113	-0.2951	-1.1929	1.5034	0.7089	1.4228	-1.7905	-0.2458	-1.5696	-1.0322	1.3139	-0.3185	-0.2072	2.882	-0.3928	1.7438	-11.4277	27.2723	8.676

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 45:53)	A	45 - 53
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 54:77)	A	54 - 77
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 78:104)	A	78 - 104
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 105:110)	A	105 - 110
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 111:132)	A	111 - 132
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 133:147)	A	133 - 147
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 148:154)	A	148 - 154
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 166:179)	A	166 - 179
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 180:191)	A	180 - 191
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 192:203)	A	192 - 203
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 204:220)	A	204 - 220
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 221:233)	A	221 - 233
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 234:244)	A	234 - 244
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 245:254)	A	245 - 254
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 255:260)	A	255 - 260
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 261:303)	A	261 - 303
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 304:358)	A	304 - 358
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 359:365)	A	359 - 365
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 366:380)	A	366 - 380
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 381:425)	A	381 - 425

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)