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- PDB-5h7f: Crystal Structure of Mn-derivative drCPDase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h7f
タイトルCrystal Structure of Mn-derivative drCPDase
要素RNA 2',3'-cyclic phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE / RNA repair / CPDase / 2 / 3 -cyclic phosphodiesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA 2',3'-cyclic 3'-phosphodiesterase / RNA 2',3'-cyclic 3'-phosphodiesterase activity / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase activity
類似検索 - 分子機能
Phosphoesterase, HXTX / LigT like Phosphoesterase / RNA 2',3'-cyclic phosphodiesterase / Cyclic Phosphodiesterase; Chain: A, / Cyclic phosphodiesterase / Cyclic phosphodiesterase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA 2',3'-cyclic phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.601 Å
データ登録者Han, W. / Hua, Y. / Zhao, Y.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Mn-derivative drCPDase
著者: Han, W. / Hua, Y. / Zhao, Y.
履歴
登録2016年11月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA 2',3'-cyclic phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8385
ポリマ－20,4531
非ポリマー3844
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area10080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.200, 91.200, 170.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-440-

HOH

21A-484-

HOH

31A-500-

HOH

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要素

#1: タンパク質 RNA 2',3'-cyclic phosphodiesterase / RNA 2' / 3'-CPDase


分子量: 20453.457 Da / 分子数: 1 / 断片: core domain, UNP residues 35-216 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
株: ATCC13939 / 遺伝子: DR_2339 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O32509, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: Citric Acid, Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 33310 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 13.52
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.6-1.641.0871.190.407191.6
1.64-1.690.8991.460.51193.1
1.69-1.740.7171.930.656192.9
1.74-1.790.4792.750.798193.8
1.79-1.850.3463.80.878193.9
1.85-1.910.26750.937192.6
1.91-1.990.1767.270.963192.5
1.99-2.070.1269.60.982193.6
2.07-2.160.09712.190.988192.9
2.16-2.260.07515.030.993193.1
2.26-2.390.06317.140.995195.3
2.39-2.530.05219.590.997195
2.53-2.710.04922.040.997193.8
2.71-2.920.03926.220.997193.1
2.92-3.20.03331.620.998192.6
3.2-3.580.02934.870.998191.1
3.58-4.130.02837.790.998189.3
4.13-5.060.02540.280.999186.4
5.06-7.160.02639.290.999185.3
7.160.02338.810.998161.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QAK

4qak


解像度: 1.601→28.93 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.55
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2109 1639 4.92 %
Rwork0.1851 --
obs0.1863 33297 92.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 92.98 Å2 / Biso mean: 35.5096 Å2 / Biso min: 15.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.601→28.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1402 0 20 109 1531
Biso mean--63.8 41.64 -
残基数----182
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131469
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.272012
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.093221
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008262
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.796873
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6014-1.64850.32781430.28542599274292
1.6485-1.70170.29381340.27792595272993
1.7017-1.76250.2531300.25672660279093
1.7625-1.83310.23931290.21352679280894
1.8331-1.91650.2581340.222591272593
1.9165-2.01750.23731510.20362638278993
2.0175-2.14390.20881380.17992652279093
2.1439-2.30930.21451500.17422642279294
2.3093-2.54160.18041260.17432748287495
2.5416-2.90910.2221420.18222681282394
2.9091-3.6640.1791400.16452660280092
3.664-28.93430.20521220.17632513263584
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.9972 Å / Origin y: -33.6438 Å / Origin z: 15.1035 Å
111213212223313233
T0.2143 Å20.0147 Å20.0015 Å2-0.1436 Å20.0026 Å2--0.1424 Å2
L2.4959 °2-0.2277 °20.6357 °2-1.8475 °2-0.1616 °2--1.3462 °2
S0.0073 Å °0.2224 Å °0.1013 Å °-0.1723 Å °-0.0073 Å °0.0833 Å °-0.0995 Å °-0.0006 Å °0.0038 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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