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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5h72 | ||||||
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タイトル | Structure of the periplasmic domain of FliP | ||||||
![]() | Flagellar biosynthetic protein FliP | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Flagellar protein export | ||||||
機能・相同性 | ![]() bacterial-type flagellum organization / bacterial-type flagellum basal body / protein secretion / membrane => GO:0016020 / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fukumura, T. / Kawaguchi, T. / Saijo-Hamano, Y. / Namba, K. / Minamino, T. / Imada, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Assembly and stoichiometry of the core structure of the bacterial flagellar type III export gate complex 著者: Fukumura, T. / Makino, F. / Dietsche, T. / Kinoshita, M. / Kato, T. / Wagner, S. / Namba, K. / Imada, K. / Minamino, T. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of the periplasmic domain of FliP, an integral membrane component of the bacterial flagellar type III protein-export apparatus 著者: Fukumura, T. / Furukawa, Y. / Kawaguchi, T. / Saijo-Hamano, Y. / Namba, K. / Imada, K. / Minamino, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 100.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9433.692 Da / 分子数: 8 / 断片: periplasmic fragment, UNP residues 110-188 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: MSB8 / 遺伝子: fliP, TM_0698, Tmari_0698 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.7 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4 / 詳細: 0.1M phosphate-citrate pH 4.4, 36% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月2日 |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→43.6 Å / Num. obs: 30262 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.357 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→42.923 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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