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万見
- PDB-5h70: Crystal structure of ADP bound dTMP kinase (st1543) from Sulfolob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h70
タイトルCrystal structure of ADP bound dTMP kinase (st1543) from Sulfolobus Tokodaii Strain7
要素Probable thymidylate kinase
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Rossmann Fold / Nucleotide bound
機能・相同性
機能・相同性情報


dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Thymidylate kinase / Thymidylate kinase-like domain / Thymidylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TRIETHYLENE GLYCOL / Probable thymidylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus tokodaii strain 7 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Biswas, A. / Jeyakanthan, J. / Sekar, K. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of ADP bound dTMP kinase (st1543) from Sulfolobus Tokodaii Strain7
著者: Biswas, A. / Jeyakanthan, J. / Sekar, K. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S.
履歴
登録2016年11月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2016年12月7日ID: 4RZU
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_prerelease_seq / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Probable thymidylate kinase
A: Probable thymidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4409
ポリマ－49,2632
非ポリマー1,1777
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area18220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.171, 63.799, 141.758
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Probable thymidylate kinase / dTMP kinase


分子量: 24631.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii strain 7 (古細菌)
株: 7 / 遺伝子: tmk, STK_15430 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q970Q8, dTMP kinase

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非ポリマー , 5種, 13分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50% PEG 200, 100mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, ADP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 18674 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 63.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 57.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.385 / Mean I/σ(I) obs: 8.05 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PLR

2plr


解像度: 2.4→46.456 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.36
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2999 937 5.18 %RANDOM
Rwork0.2328 ---
obs0.2361 18081 99.75 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.456 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3099 0 74 6 3179
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093268
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1914466
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8191911
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067510
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007559
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.52660.40811550.30932380X-RAY DIFFRACTION100
2.5266-2.68490.34731360.29892412X-RAY DIFFRACTION100
2.6849-2.89210.36481340.27822409X-RAY DIFFRACTION100
2.8921-3.18310.34061340.27672415X-RAY DIFFRACTION100
3.1831-3.64360.3471370.26142433X-RAY DIFFRACTION100
3.6436-4.58990.26641140.19692492X-RAY DIFFRACTION100
4.5899-46.46440.25211270.20812603X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.89760.4561-0.89152.94841.97293.0134-0.17220.05460.0731-0.0780.05780.3456-0.3821-0.05290.1060.55150.0589-0.03470.39240.01890.34913.35932.66872.3786
23.04170.9232-1.02682.73251.03032.433-0.36720.9963-0.7437-0.8660.813-1-0.17780.512-0.33170.5663-0.19560.18021.0277-0.47190.736833.1167-9.0315-24.999
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain B and resseq 3:209)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resseq 4:209)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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