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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5h6s | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Hydrazidase S179A mutant complexed with a substrate | ||||||
要素 | Amidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / amidase | ||||||
機能・相同性 | Amidase / Amidase, conserved site / Amidases signature. / Amidase signature domain / Amidase signature (AS) superfamily / Amidase / amidase activity / 4-oxidanylbenzohydrazide / Amidase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Microbacterium sp. HM58-2 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Akiyama, T. / Ishii, M. / Takuwa, A. / Oinuma, K. / Sasaki, Y. / Takaya, N. / Yajima, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017 タイトル: Structural basis of the substrate recognition of hydrazidase isolated from Microbacterium sp. strain HM58-2, which catalyzes acylhydrazide compounds as its sole carbon source 著者: Akiyama, T. / Ishii, M. / Takuwa, A. / Oinuma, K.I. / Sasaki, Y. / Takaya, N. / Yajima, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5h6s.cif.gz | 357.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5h6s.ent.gz | 288.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5h6s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5h6s_validation.pdf.gz | 478.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5h6s_full_validation.pdf.gz | 484.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5h6s_validation.xml.gz | 66.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5h6s_validation.cif.gz | 96.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/5h6s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/5h6s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51565.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Microbacterium sp. HM58-2 (バクテリア) 株: HM58-2 / 遺伝子: MHM582_3487 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A170QJP8 #2: 化合物 | ChemComp-HDH / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.69 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M imidazole, 0.17 M LiSO4, 2M (NH4)2SO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 196526 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 29.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.82 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 96.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5H6T 解像度: 1.8→40.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.058 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.098 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.018 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.8→40.6 Å
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拘束条件 |
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