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- PDB-5h6b: Crystal structure of a thermostable lipase from Marine Streptomyces -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h6b
タイトルCrystal structure of a thermostable lipase from Marine Streptomyces
要素Putative secreted lipase
キーワードHYDROLASE / Lipase / Thermostability / Marine
機能・相同性Lipase EstA/Esterase EstB / Lipase (class 2) / lipase activity / lipid catabolic process / Alpha/Beta hydrolase fold / metal ion binding / ACETATE ION / IMIDAZOLE / Putative secreted lipase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. W007 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hou, S. / Zhao, Z. / Liu, J.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of a lipase from Streptomyces sp. strain W007 - implications for thermostability and regiospecificity
著者: Zhao, Z. / Hou, S. / Lan, D. / Wang, X. / Liu, J. / Khan, F.I. / Wang, Y.
履歴
登録2016年11月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative secreted lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5809
ポリマ－28,0621
非ポリマー5188
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1110 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area10290 Å2
2
A: Putative secreted lipase
ヘテロ分子

A: Putative secreted lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,15918
ポリマ－56,1242
非ポリマー1,03616
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_765-x+2,-y+1,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area18960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.730, 90.730, 70.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 Putative secreted lipase


分子量: 28061.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. W007 (バクテリア)
株: W007 / 遺伝子: SPW_1544 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: H0B8D4, triacylglycerol lipase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.86 % / Mosaicity: 0.49 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2M Zn(AC)2, 0.1M imidazole, pH 6.5, 10% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.2822 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2822 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→70.63 Å / Num. obs: 14806 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.718 / Num. measured obs: 15663 / Num. unique all: 1433 / CC1/2: 0.903 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ収集
Aimless0.5.15データスケーリング
PHASES位相決定
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→70.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 5.781 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.181
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2058 827 5.6 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.1796 13955 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 99.29 Å2 / Biso mean: 45.597 Å2 / Biso min: 29.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.11 Å2-0.56 Å2-0 Å2
2---1.11 Å20 Å2
3---3.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→70.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1903 0 22 45 1970
Biso mean--55.14 47.27 -
残基数----252
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0191972
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021865
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.361.9722695
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96834289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1055251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.13224.17779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.36515283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.106158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02444
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2014.4591009
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1964.4521006
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2586.6721257
LS精密化 シェル解像度: 2.301→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 54 -
Rwork0.264 1036 -
all-1090 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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