PDB-5h5v: Crystal structure of the flagellar cap protein FliD D1-D2-D3 doma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5h5v

タイトル

Crystal structure of the flagellar cap protein FliD D1-D2-D3 domains from Escherichia coli

要素

Flagellar hook-associated protein 2

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Bacterial flagellar cap protein

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial-type flagellum filament cap / bacterial-type flagellum hook / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cell adhesion / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Song, W.S. / Cho, S.Y. / Hong, H.J. / Yoon, S.I.

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Self-Oligomerizing Structure of the Flagellar Cap Protein FliD and Its Implication in Filament Assembly.
著者: Song, W.S. / Cho, S.Y. / Hong, H.J. / Park, S.C. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2016年11月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月5日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5h5v.ent.gz	608 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5h5v_validation.pdf.gz	474.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5h5v_full_validation.pdf.gz	493.5 KB	表示
XML形式データ	5h5v_validation.xml.gz	63.7 KB	表示
CIF形式データ	5h5v_validation.cif.gz	88.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/5h5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/5h5v	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Flagellar hook-associated protein 2

B: Flagellar hook-associated protein 2

C: Flagellar hook-associated protein 2

D: Flagellar hook-associated protein 2

E: Flagellar hook-associated protein 2

F: Flagellar hook-associated protein 2

235 kDa, 6 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.062, 181.582, 110.456
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.23, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	104 - 223
2	1	1	1	B	104 - 223
3	1	1	1	C	104 - 223
4	1	1	1	D	104 - 223
5	1	1	1	E	104 - 223
6	1	1	1	F	104 - 223
1	1	2	1	A	72 - 103
2	1	2	1	B	72 - 103
3	1	2	1	C	72 - 103
4	1	2	1	D	72 - 103
5	1	2	1	E	72 - 103
6	1	2	1	F	72 - 103
1	2	2	1	A	224 - 267
2	2	2	1	B	224 - 267
3	2	2	1	C	224 - 267
4	2	2	1	D	224 - 267
5	2	2	1	E	224 - 267
6	2	2	1	F	224 - 267
1	1	3	1	A	46 - 71
2	1	3	1	B	46 - 71
3	1	3	1	C	46 - 71
4	1	3	1	D	46 - 71
5	1	3	1	E	46 - 71
6	1	3	1	F	46 - 71
1	1	4	1	A	268 - 416
2	1	4	1	B	268 - 416
3	1	4	1	C	268 - 416
4	1	4	1	D	268 - 416
5	1	4	1	E	268 - 416
6	1	4	1	F	268 - 416

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	Flagellar hook-associated protein 2 / HAP2 / Flagellar cap protein 分子量: 39145.250 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP RESIDUES 43-416 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fliD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A094VPA5, UniProt: P24216*PLUS

#1: タンパク質

Flagellar hook-associated protein 2 / HAP2 / Flagellar cap protein

分子量: 39145.250 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP RESIDUES 43-416 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fliD / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A094VPA5, UniProt: P24216*PLUS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.17 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0-7.4, 14-18% PEG 6000 / PH範囲: 7.0-7.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1.00005 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00005 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→30 Å / Num. obs: 61902 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 23.8
反射シェル	解像度: 3→3.05 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.91 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.626 / ESU R Free: 0.385 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25781	3105	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22768	-	-	-
obs	0.22923	58224	99.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-10.82 Å²	0 Å²	-0.32 Å²
2-	-	6.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13919	0	0	0	13919

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	14002
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	8101
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.358	1.942	19151
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	4.819	3	20236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.42	5	2008
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.515	27.285	453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.85	15	2060
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.875	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	2542
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	16184
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	2418
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.059	1.5	9965
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0	1.5	4163
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.194	2	15793
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.783	3	4037
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.306	4.5	3358
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1319	tight positional	0.04	0.05
1	1	B	1319	tight positional	0.04	0.05
1	1	C	1319	tight positional	0.04	0.05
1	1	D	1319	tight positional	0.05	0.05
1	1	E	1319	tight positional	0.04	0.05
1	1	F	1319	tight positional	0.08	0.05
2	2	A	801	tight positional	0.04	0.05
2	2	B	801	tight positional	0.04	0.05
2	2	C	801	tight positional	0.05	0.05
2	2	D	801	tight positional	0.04	0.05
2	2	E	801	tight positional	0.04	0.05
2	2	F	801	tight positional	0.04	0.05
3	3	A	153	tight positional	0.04	0.05
3	3	B	153	tight positional	0.03	0.05
3	3	C	153	tight positional	0.04	0.05
3	3	D	153	tight positional	0.03	0.05
3	3	E	153	tight positional	0.02	0.05
3	3	F	153	tight positional	0.03	0.05
4	4	A	572	tight positional	0.04	0.05
4	4	B	572	tight positional	0.03	0.05
4	4	C	572	tight positional	0.05	0.05
4	4	D	572	tight positional	0.05	0.05
4	4	E	572	tight positional	0.05	0.05
4	4	F	572	tight positional	0.03	0.05
1	1	A	1319	tight thermal	0.02	0.5
1	1	B	1319	tight thermal	0.02	0.5
1	1	C	1319	tight thermal	0.03	0.5
1	1	D	1319	tight thermal	0.03	0.5
1	1	E	1319	tight thermal	0.02	0.5
1	1	F	1319	tight thermal	0.04	0.5
2	2	A	801	tight thermal	0.02	0.5
2	2	B	801	tight thermal	0.01	0.5
2	2	C	801	tight thermal	0.02	0.5
2	2	D	801	tight thermal	0.02	0.5
2	2	E	801	tight thermal	0.02	0.5
2	2	F	801	tight thermal	0.01	0.5
3	3	A	153	tight thermal	0	0.5
3	3	B	153	tight thermal	0	0.5
3	3	C	153	tight thermal	0	0.5
3	3	D	153	tight thermal	0	0.5
3	3	E	153	tight thermal	0	0.5
3	3	F	153	tight thermal	0	0.5
4	4	A	572	tight thermal	0	0.5
4	4	B	572	tight thermal	0	0.5
4	4	C	572	tight thermal	0	0.5
4	4	D	572	tight thermal	0	0.5
4	4	E	572	tight thermal	0	0.5
4	4	F	572	tight thermal	0	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	212	-
R_work	0.338	4237	-
obs	-	-	99.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2852	-1.2937	0.4047	5.2314	1.3002	3.2166	0.3107	-0.3714	0.6796	-0.4449	0.2616	-0.6155	-0.3416	0.6011	-0.5723	1.058	-0.1425	0.1754	0.1661	-0.1845	0.2411	59.582	-87.958	-7.984
2	7.0296	1.5321	-0.8139	2.3234	-0.1449	3.5251	0.2028	-0.1507	0.5638	0.0934	-0.1984	-0.0703	-0.4647	-0.2421	-0.0043	1.0175	0.0874	0.0608	0.1803	-0.1019	0.1473	22.895	-91.176	3.299
3	2.4628	-1.2097	0.4262	6.9907	-0.8227	6.5004	0.0156	-0.0609	-0.6112	0.419	-0.1995	0.277	0.7051	-0.1476	0.1839	0.9597	-0.0391	0.1052	0.3697	-0.0189	0.1739	18.095	-119.695	23.292
4	11.8503	2.797	-0.8147	5.6064	0.3805	4.5076	0.3357	-0.7123	-0.5774	0.4999	-0.9254	-1.4795	0.0065	0.8136	0.5896	1.176	-0.1013	-0.0992	0.5565	0.3676	0.9573	58.26	-50.831	-6.572
5	6.9319	1.9387	-0.468	7.5875	-1.6047	5.5535	0.2822	-0.3408	0.2374	0.2965	-0.1324	-0.0187	-0.3263	0.4537	-0.1497	0.9799	0.0584	0.1069	0.2203	-0.1547	0.2371	22.498	-62.625	-3.916
6	2.3391	-1.4745	-0.5486	6.69	1.2801	4.4712	0.1225	0.3323	0.2012	-0.7305	-0.2131	-0.0388	0.0389	-0.2778	0.0906	0.9564	0.0416	0.0037	0.2134	-0.0698	0.0772	19.923	-94.423	-18.192
7	6.8098	0.6051	-0.0052	2.0288	-0.253	1.5506	0.0623	0.1478	-0.1602	0.1629	-0.0353	-0.3474	-0.1059	0.3109	-0.0269	0.9982	0.0174	0.0299	0.1859	0.1067	0.1752	55.401	-30.693	30.513
8	5.9903	0.7031	3.0368	2.1588	1.147	5.2444	0.0612	-0.0102	-0.5163	0.06	-0.1055	0.0462	0.2863	0.0622	0.0443	0.8858	-0.0083	0.1446	0.0134	0.0247	0.2726	20.293	-41.746	17.628
9	3.4739	-1.8024	-1.8414	6.4527	0.8542	6.0061	0.5729	0.5585	0.4255	-1.6129	-0.2508	-0.221	-0.7345	-0.0992	-0.322	1.3209	0.1104	0.2003	0.2806	-0.0464	0.2837	18.748	-45.731	-17.32
10	14.9155	3.4432	0.9572	2.57	0.6306	4.8937	0.9179	-2.1156	-1.2694	0.423	-0.4742	-1.0159	-0.2578	0.9041	-0.4436	1.4704	0.1362	-0.1067	1.1813	0.3354	1.095	52.845	-50.415	60.762
11	8.4165	-0.0561	0.357	2.8549	-0.0079	7.7242	-0.083	-0.2687	-0.466	0.0441	-0.1378	-0.411	1.0058	0.3195	0.2209	1.239	0.1607	0.164	0.0482	0.0861	0.221	17.957	-49.814	45.56
12	1.7042	0.5978	-0.9149	4.1534	-0.6828	3.4506	0.1482	-0.0082	0.3315	0.1366	-0.0794	0.2006	-0.4962	-0.1064	-0.0689	0.8309	0.0609	0.1021	0.0522	-0.0069	0.1747	15.452	-21.873	24.686
13	13.4792	-6.7612	1.1381	3.4796	-0.6471	0.2293	0.0496	0.0246	-3.8226	0.1172	-0.1276	1.4385	-0.0578	0.5662	0.0781	1.2926	0.0104	0.1415	3.3944	0.3234	4.5592	54.805	-89.824	57.221
14	9.8517	4.03	0.0252	12.6775	-0.0791	6.9187	-0.1141	1.2834	-0.8525	-0.9377	0.4523	-1.3379	0.1935	0.3902	-0.3382	1.2054	0.061	0.1448	0.4025	0.024	0.2824	18.322	-78.942	52.201
15	3.8906	0.942	0.2514	6.0814	1.3854	6.7897	0.0903	-1.261	0.2666	0.4392	-0.1859	0.1021	-0.1922	-0.2921	0.0957	1.001	0.0367	0.113	0.4736	-0.0179	0.1255	12.547	-47.409	66.328
16	14.4766	1.4671	-1.3314	2.4324	-1.2482	9.9869	0.3659	-0.2862	-0.1858	-0.1131	-0.2889	-1.0808	-0.1356	1.6326	-0.077	1.3728	-0.284	0.306	1.039	-0.0063	0.8856	57.696	-109.986	26.449
17	8.6581	-0.8022	-1.1871	5.4757	3.0802	5.4449	-0.141	0.6461	0.3553	-0.8578	-0.1049	-0.1194	-0.7818	0.4314	0.2459	1.2371	-0.0904	0.0922	0.5315	0.1638	0.0804	21.19	-99.908	31.5
18	1.297	1.013	0.1121	3.8997	0.2278	6.7094	0.054	0.2431	-0.0052	0.2376	0.0796	0.0657	-0.1402	0.0391	-0.1337	0.9181	0.0411	0.0347	0.1192	0.0549	0.1183	14.607	-95.586	65.725

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	44 - 71
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	268 - 411
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	72 - 103
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	224 - 267
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	104 - 223
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	48 - 71
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	268 - 409
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	72 - 103
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	224 - 267
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	104 - 223
11	X-RAY DIFFRACTION	7	C	43 - 71
12	X-RAY DIFFRACTION	7	C	268 - 411
13	X-RAY DIFFRACTION	8	C	72 - 103
14	X-RAY DIFFRACTION	8	C	224 - 267
15	X-RAY DIFFRACTION	9	C	104 - 223
16	X-RAY DIFFRACTION	10	D	43 - 71
17	X-RAY DIFFRACTION	10	D	268 - 409
18	X-RAY DIFFRACTION	11	D	72 - 103
19	X-RAY DIFFRACTION	11	D	224 - 267
20	X-RAY DIFFRACTION	12	D	104 - 223
21	X-RAY DIFFRACTION	13	E	54 - 71
22	X-RAY DIFFRACTION	13	E	268 - 406
23	X-RAY DIFFRACTION	14	E	72 - 103
24	X-RAY DIFFRACTION	14	E	224 - 267
25	X-RAY DIFFRACTION	15	E	104 - 223
26	X-RAY DIFFRACTION	16	F	50 - 71
27	X-RAY DIFFRACTION	16	F	268 - 401
28	X-RAY DIFFRACTION	17	F	72 - 103
29	X-RAY DIFFRACTION	17	F	224 - 267
30	X-RAY DIFFRACTION	18	F	104 - 223

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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