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- PDB-5h5p: Crystal structure of Myelin-gene Regulatory Factor DNA binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h5p
タイトルCrystal structure of Myelin-gene Regulatory Factor DNA binding domain
要素Myelin regulatory factor
キーワードTRANSCRIPTION / Ig fold transcription factor / ER membrane protein / trimeric transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


central nervous system myelin maintenance / central nervous system myelination / positive regulation of myelination / oligodendrocyte development / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / oligodendrocyte differentiation / protein autoprocessing / response to immobilization stress / response to cocaine ...central nervous system myelin maintenance / central nervous system myelination / positive regulation of myelination / oligodendrocyte development / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / oligodendrocyte differentiation / protein autoprocessing / response to immobilization stress / response to cocaine / peptidase activity / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / endoplasmic reticulum membrane / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myelin gene regulatory factor C-terminal domain 2 / Myelin gene regulatory factor, ICA domain / Myelin regulatory factor ICA domain / Myelin gene regulatory factor C-terminal domain 2 / : / NDT80 DNA-binding domain / NDT80 DNA-binding domain superfamily / NDT80 / PhoG like DNA-binding family / NDT80 DNA-binding domain profile. / Intramolecular chaperone auto-processing domain ...Myelin gene regulatory factor C-terminal domain 2 / Myelin gene regulatory factor, ICA domain / Myelin regulatory factor ICA domain / Myelin gene regulatory factor C-terminal domain 2 / : / NDT80 DNA-binding domain / NDT80 DNA-binding domain superfamily / NDT80 / PhoG like DNA-binding family / NDT80 DNA-binding domain profile. / Intramolecular chaperone auto-processing domain / Chaperone of endosialidase / Intramolecular chaperone auto-processing (ICA) domain profile. / p53-like transcription factor, DNA-binding
類似検索 - ドメイン・相同性
Myelin regulatory factor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.461 Å
データ登録者Shi, N. / Zhen, X. / Li, B.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31570763 中国
Chinese Academy of Sciences100 Talents Program 中国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the DNA-binding domain of Myelin-gene Regulatory Factor.
著者: Zhen, X. / Li, B. / Hu, F. / Yan, S. / Meloni, G. / Li, H. / Shi, N.
履歴
登録2016年11月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myelin regulatory factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4961
ポリマ－21,4961
非ポリマー00
水37821
1
A: Myelin regulatory factor

A: Myelin regulatory factor

A: Myelin regulatory factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4883
ポリマ－64,4883
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.970, 103.970, 46.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質 Myelin regulatory factor / Myelin gene regulatory factor


分子量: 21495.941 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 351-532 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Myrf, Gm1804, Gm98, Mrf / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3UR85
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.89 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris, Magnesium acetate, PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.366→44.95 Å / Num. obs: 24100 / % possible obs: 99.77 % / 冗長度: 8.8 % / Net I/σ(I): 8.52

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.461→34.032 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2239 2038 9.97 %
Rwork0.1747 --
obs0.1796 20442 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.461→34.032 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1489 0 0 21 1510
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011536
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2092083
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.895587
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048226
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005272
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4606-2.51790.46181230.39091160X-RAY DIFFRACTION95
2.5179-2.58080.3621320.25891253X-RAY DIFFRACTION100
2.5808-2.65060.27831300.22121232X-RAY DIFFRACTION100
2.6506-2.72850.32081320.23561239X-RAY DIFFRACTION100
2.7285-2.81660.27981350.21881245X-RAY DIFFRACTION100
2.8166-2.91720.28261360.23021216X-RAY DIFFRACTION100
2.9172-3.03390.25111380.20651210X-RAY DIFFRACTION100
3.0339-3.17190.271470.19691259X-RAY DIFFRACTION100
3.1719-3.3390.25891360.1831225X-RAY DIFFRACTION100
3.339-3.5480.22651480.16751211X-RAY DIFFRACTION100
3.548-3.82160.22791280.1621238X-RAY DIFFRACTION100
3.8216-4.20550.19131380.14491231X-RAY DIFFRACTION100
4.2055-4.81260.18911320.12951229X-RAY DIFFRACTION100
4.8126-6.05780.1531430.15011225X-RAY DIFFRACTION100
6.0578-34.03540.2071400.17111231X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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