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- PDB-5h5a: Mdm12 from K. lactis (1-239), Lys residues are uniformly dimethyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h5a
タイトルMdm12 from K. lactis (1-239), Lys residues are uniformly dimethyl modified
要素(Mitochondrial distribution and morphology protein 12) x 2
キーワードLIPID BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ERMES complex / protein insertion into mitochondrial outer membrane / : / phospholipid transport / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
MMM1 domain / Maintenance of mitochondrial morphology protein 1 / Mitochondrial distribution and morphology protein 12 / Synaptotagmin-like mitochondrial-lipid-binding domain / Synaptotagmin-like mitochondrial lipid-binding proteins (SMP) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6OU / : / Mitochondrial distribution and morphology protein 12
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Kawano, S. / Quinbara, S. / Endo, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
apan Society for the Promotion of Science25840020 日本
引用ジャーナル: J. Cell Biol. / 年: 2018
タイトル: Structure-function insights into direct lipid transfer between membranes by Mmm1-Mdm12 of ERMES
著者: Kawano, S. / Tamura, Y. / Kojima, R. / Bala, S. / Asai, E. / Michel, A.H. / Kornmann, B. / Riezman, I. / Riezman, H. / Sakae, Y. / Okamoto, Y. / Endo, T.
履歴
登録2016年11月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial distribution and morphology protein 12
B: Mitochondrial distribution and morphology protein 12
C: Mitochondrial distribution and morphology protein 12
D: Mitochondrial distribution and morphology protein 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,92712
ポリマ－111,8994
非ポリマー3,0288
水36020
1
A: Mitochondrial distribution and morphology protein 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2243
ポリマ－27,4661
非ポリマー7572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area50 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11410 Å2
手法PISA
2
B: Mitochondrial distribution and morphology protein 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2573
ポリマ－29,5001
非ポリマー7572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area11600 Å2
手法PISA
3
C: Mitochondrial distribution and morphology protein 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2243
ポリマ－27,4661
非ポリマー7572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area50 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area11490 Å2
手法PISA
4
D: Mitochondrial distribution and morphology protein 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2243
ポリマ－27,4661
非ポリマー7572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area70 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area11410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.868, 48.524, 130.126
Angle α, β, γ (deg.)90.01, 91.50, 90.01
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 0 - 234

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
11AA1 - 235
21BB20 - 254
12AA1 - 235
22CC1 - 235
13AA1 - 235
23DD1 - 235
14BB20 - 254
24CC1 - 235
15BB20 - 254
25DD1 - 235
16CC1 - 235
26DD1 - 235

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質 Mitochondrial distribution and morphology protein 12 / Mitochondrial inheritance component MDM12


分子量: 27466.426 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 1-239 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: phosphatidylethanolamine
由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37
遺伝子: MDM12, KLLA0C06028g / プラスミド: pET-16b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6CUC3
#2: タンパク質 Mitochondrial distribution and morphology protein 12 / Mitochondrial inheritance component MDM12


分子量: 29499.641 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-239 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
株: ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37
遺伝子: MDM12, KLLA0C06028g / プラスミド: pET-16b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6CUC3
#3: 化合物
ChemComp-6OU / [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate / POPE


分子量: 717.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.26M NaH2PO4, 0.14M K2HPO4 pH 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 527803 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 11.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.26→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 11.647 / SU ML: 0.264 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.36 / ESU R Free: 0.258 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28615 2438 5.1 %RANDOM
Rwork0.2507 ---
obs0.25248 45717 97.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.304 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4 Å2-0.41 Å2-0.53 Å2
2---1.42 Å2-0.51 Å2
3----0.95 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.26→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6714 0 200 20 6934
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.027026
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.010.026920
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0032.0049471
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.0733.01515958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9855832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.96325.333315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.146151219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.511534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.21086
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217629
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021469
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1144.0833370
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1094.0823369
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.86.1024188
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.8016.1034189
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6784.5923656
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6784.5933657
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.7146.7155284
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.04432.7197439
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.04432.7247440
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A119570.13
12B119570.13
21A114250.15
22C114250.15
31A113430.15
32D113430.15
41B113380.16
42C113380.16
51B113880.15
52D113880.15
61C110810.16
62D110810.16
LS精密化 シェル解像度: 2.252→2.31 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.428 167 -
Rwork0.373 3035 -
obs--87.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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