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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5h4v | ||||||
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タイトル | Structure of glutamyl-tRNA synthetase (Xoo1504) from Xanthomonas oryzae pv. oryzae | ||||||
![]() | Glutamate--tRNA ligase | ||||||
![]() | LIGASE / Glutamyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / Nucleotide binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() glutamate-tRNA ligase / glutamate-tRNA ligase activity / glutamyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Doan, T.-N.-T. / Ho, T.-H. / Kang, L.-W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Transcriptional expression of aminoacyl tRNA synthetase genes of Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) on rice-leaf extract treatment and crystal structure of Xoo glutamyl-tRNA synthetase 著者: Ho, T.-H. / Hong, M.-K. / Kim, S. / Kim, J.-G. / Lee, J. / Jung, K. / Lee, I. / Choi, M. / Park, H. / Lee, S. / Ahn, Y.-J. / Kang, L.-W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 526.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 435.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 503.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 588.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 98.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 132.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2cfoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54181.434 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: KACC10331 / KXO85 / 遺伝子: gltX, XOO1504 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: Q5H2R3, glutamate-tRNA ligase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.66 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 55%(v/v) Tacsimate, 0.1M bistris propane pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月4日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. obs: 59553 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 65.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2CFO 解像度: 3→29.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 27.205 / SU ML: 0.478 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.569 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70.66 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→29.44 Å
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拘束条件 |
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