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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5h4u | ||||||
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タイトル | Crystal structure of cellulase from Antarctic springtail, Cryptopygus antarcticus | ||||||
要素 | Endo-beta-1,4-glucanase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / cold-active / Cellulase / Antarctic springtail / Cryptopygus antarcticus | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Cryptopygus antarcticus (節足動物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | An, Y.J. / Hong, S.K. / Cha, S.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Agric. Food Chem. / 年: 2017 タイトル: Genetic and Structural Characterization of a Thermo-Tolerant, Cold-Active, and Acidic Endo-beta-1,4-glucanase from Antarctic Springtail, Cryptopygus antarcticus. 著者: Song, J.M. / Hong, S.K. / An, Y.J. / Kang, M.H. / Hong, K.H. / Lee, Y.H. / Cha, S.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5h4u.cif.gz | 126.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5h4u.ent.gz | 97.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5h4u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/5h4u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/5h4u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1oa9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24640.541 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cryptopygus antarcticus (節足動物) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D3GDK4 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.21 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.2 詳細: 20% PEG 8K, 0.1M phosphate-citrate pH 4.2, 0.2M sodium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 21047 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 13.31 Å2 / Net I/σ(I): 16.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1OA9 解像度: 2.6→40.857 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.19 / 位相誤差: 28.35
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→40.857 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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