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万見
- PDB-5h3u: Sm RNA bound to GEMIN5-WD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h3u
タイトルSm RNA bound to GEMIN5-WD
要素
  • Gem-associated protein 5
  • RNA (5'-R(*AP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*GP*AP*C)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / GEMIN5 SMN complex Sm Site WD-40 domain / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


SMN-Gemin2 complex / Gemini of Cajal bodies / SMN complex / U4atac snRNA binding / snRNA binding / RNA 7-methylguanosine cap binding / U4 snRNA binding / SMN-Sm protein complex / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding ...SMN-Gemin2 complex / Gemini of Cajal bodies / SMN complex / U4atac snRNA binding / snRNA binding / RNA 7-methylguanosine cap binding / U4 snRNA binding / SMN-Sm protein complex / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding / mRNA 3'-UTR binding / mRNA splicing, via spliceosome / regulation of translation / ribosome binding / snRNP Assembly / protein-containing complex assembly / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / nuclear body / translation / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / : / RIG first beta-propeller / GEMI5 TPR domain / RIG second beta-propeller / GEMI5 RBS C-terminal domain / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily ...: / : / : / : / : / RIG first beta-propeller / GEMI5 TPR domain / RIG second beta-propeller / GEMI5 RBS C-terminal domain / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Gem-associated protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.499 Å
データ登録者Bharath, S.R. / Tang, X. / Song, H.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2016
タイトル: Structural basis for specific recognition of pre-snRNA by Gemin5
著者: Tang, X. / Bharath, S.R. / Piao, S. / Tan, V.Q. / Bowler, M.W. / Song, H.
履歴
登録2016年10月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gem-associated protein 5
B: Gem-associated protein 5
C: RNA (5'-R(*AP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*GP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,8064
ポリマ－167,7143
非ポリマー921
水2,036113
1
A: Gem-associated protein 5
C: RNA (5'-R(*AP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*GP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5113
ポリマ－85,4192
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area25890 Å2
手法PISA
2
B: Gem-associated protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,2951
ポリマ－82,2951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area25880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.836, 92.083, 110.801
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Gem-associated protein 5 / Gemin5


分子量: 82295.203 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-740 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GEMIN5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8TEQ6
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*GP*AP*C)-3')


分子量: 3123.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.57 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris propane, 0.2 M Na/K phosphate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→48.88 Å / Num. obs: 51715 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 40.6 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.49→2.57 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / CC1/2: 0.605 / % possible all: 78.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2386: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YMU

2ymu


解像度: 2.499→48.877 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2561 2585 5.01 %
Rwork0.2016 --
obs0.2042 51648 97.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.499→48.877 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10288 141 6 113 10548
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00910905
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01314945
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5886305
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591676
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071852
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4993-2.54740.3121060.28512351X-RAY DIFFRACTION84
2.5474-2.59940.31941590.29122679X-RAY DIFFRACTION99
2.5994-2.65590.33511360.26922808X-RAY DIFFRACTION99
2.6559-2.71770.37511550.26872739X-RAY DIFFRACTION99
2.7177-2.78560.32941570.26212733X-RAY DIFFRACTION99
2.7856-2.86090.31341610.25262743X-RAY DIFFRACTION99
2.8609-2.94510.32741610.24742723X-RAY DIFFRACTION99
2.9451-3.04010.28691430.23782746X-RAY DIFFRACTION99
3.0401-3.14880.25381500.22012756X-RAY DIFFRACTION99
3.1488-3.27480.28011450.21462757X-RAY DIFFRACTION99
3.2748-3.42380.2721400.19722757X-RAY DIFFRACTION99
3.4238-3.60430.27941510.2062682X-RAY DIFFRACTION97
3.6043-3.830.25181190.1912706X-RAY DIFFRACTION95
3.83-4.12560.23751430.17522762X-RAY DIFFRACTION99
4.1256-4.54050.2041440.15692776X-RAY DIFFRACTION99
4.5405-5.19690.16671260.14932783X-RAY DIFFRACTION99
5.1969-6.54510.24571310.19432799X-RAY DIFFRACTION98
6.5451-48.88640.24261580.20262763X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.301-0.84560.4222.8009-0.35222.91030.10230.2011-0.0641-0.2669-0.1545-0.22230.1040.21080.02120.22340.00940.02630.26650.01250.2684-43.5256-17.238337.1771
23.3545-0.2654-0.19231.3204-0.02380.6788-0.0681-0.34350.21430.07180.07920.3523-0.065-0.1796-0.01430.31190.0221-0.0570.3487-0.04510.3862-78.71842.109249.4661
32.95871.68881.10842.73311.07172.4855-0.0783-0.09-0.2142-0.18730.1014-0.2249-0.17480.1112-0.00170.50260.0615-0.06410.3422-0.03150.4247-40.530229.736614.8581
42.6325-0.40161.21471.45490.03822.133-0.08670.1823-0.0936-0.17730.2235-0.05950.1249-0.1048-0.1520.6876-0.0816-0.1380.41540.03520.3539-74.24814.0939-4.6057
54.5526-5.3793-1.53597.5218-0.30935.0496-0.69620.6428-0.4820.88640.81890.8586-0.5237-0.14490.13280.89340.061-0.13960.8386-0.00510.8067-62.3311-19.82649.4263
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 356 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 357 through 722 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 3 through 399 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 400 through 722 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 1 through 7 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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