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- PDB-5h3b: Crystal Structure of SeMet-BioG from Haemophilus influenzae at 1.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h3b
タイトルCrystal Structure of SeMet-BioG from Haemophilus influenzae at 1.49 Angstroms resolution
要素Uncharacterized protein HI_1552
キーワードHYDROLASE / alpha/beta-hydrolase fold / pimeloyl-ACP methyl esterase / biotin biosynthesis
機能・相同性Pimeloyl-ACP methyl esterase BioG / Pimeloyl-ACP methyl esterase BioG / ISOPROPYL ALCOHOL / Uncharacterized protein HI_1552
機能・相同性情報
生物種Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.492 Å
データ登録者Shi, J. / Guo, Z.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: An Atypical alpha / beta-Hydrolase Fold Revealed in the Crystal Structure of Pimeloyl-Acyl Carrier Protein Methyl Esterase BioG from Haemophilus influenzae
著者: Shi, J. / Cao, X. / Chen, Y. / Cronan, J.E. / Guo, Z.
履歴
登録2016年10月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月1日Group: Database references
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein HI_1552
B: Uncharacterized protein HI_1552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0394
ポリマ－52,8872
非ポリマー1522
水8,467470
1
A: Uncharacterized protein HI_1552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5963
ポリマ－26,4431
非ポリマー1522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area9420 Å2
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein HI_1552


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4431
ポリマ－26,4431
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.154, 69.471, 72.034
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.150, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein HI_1552


分子量: 26443.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)
株: KW20 / 遺伝子: HI_1552 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P44251, carboxylesterase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.73 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 10%(v/v) iso-propanol, 0.1M citric acid/sodium citrate pH 5.6, 22% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→32.45 Å / Num. obs: 70407 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/av σ(I): 19.51 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.49-1.546.50.690.87196.38
1.54-1.617.30.570.931100
1.61-1.687.40.4280.9561100
1.68-1.777.40.3040.9771100
1.77-1.887.50.2130.9871100
1.88-2.027.50.1370.9941100
2.02-2.237.50.0980.9961100
2.23-2.557.50.0850.9961100
2.55-3.217.50.0840.9951100
3.21-32.457.40.0480.998199.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX1.8.4_1496位相決定
HKLデータ削減
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.492→32.45 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1816 1954 2.84 %
Rwork0.1469 --
obs0.1479 68819 97.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 65.8 Å2 / Biso mean: 25.32 Å2 / Biso min: 8.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.492→32.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3474 0 10 470 3954
Biso mean--18.81 35.51 -
残基数----428
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073636
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1264954
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044523
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005630
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4271277
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.492-1.52930.31631220.22974245436787
1.5293-1.57070.25941290.20544607473694
1.5707-1.61690.2691340.17784665479996
1.6169-1.66910.22921510.16714675482696
1.6691-1.72880.19551240.15694767489197
1.7288-1.7980.20581510.14554795494698
1.798-1.87980.19741380.13944782492098
1.8798-1.97890.17131460.12564807495399
1.9789-2.10280.17631450.1284909505499
2.1028-2.26520.15691410.127748615002100
2.2652-2.4930.19271330.136649295062100
2.493-2.85360.15881520.154448925044100
2.8536-3.59450.17941440.148549365080100
3.5945-32.45770.16061440.143949955139100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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