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- PDB-5h35: Crystal structures of the TRIC trimeric intracellular cation chan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h35
タイトルCrystal structures of the TRIC trimeric intracellular cation channel orthologue from Sulfolobus solfataricus
要素
  • Fab Heavy Chain
  • Fab Light Chain
  • Membrane protein TRIC
キーワードIMMUNE SYSTEM/MEMBRANE PROTEIN / ion channels / IMMUNE SYSTEM-MEMBRANE PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Glycine transporter / Glycine transporter / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Membrane protein / Glycine transporter domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.642 Å
データ登録者Kasuya, G. / Hiraizumi, M. / Hattori, M. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of the TRIC trimeric intracellular cation channel orthologues
著者: Kasuya, G. / Hiraizumi, M. / Maturana, A.D. / Kumazaki, K. / Fujiwara, Y. / Liu, K. / Nakada-Nakura, Y. / Iwata, S. / Tsukada, K. / Komori, T. / Uemura, S. / Goto, Y. / Nakane, T. / Takemoto, ...著者: Kasuya, G. / Hiraizumi, M. / Maturana, A.D. / Kumazaki, K. / Fujiwara, Y. / Liu, K. / Nakada-Nakura, Y. / Iwata, S. / Tsukada, K. / Komori, T. / Uemura, S. / Goto, Y. / Nakane, T. / Takemoto, M. / Kato, H.E. / Yamashita, K. / Wada, M. / Ito, K. / Ishitani, R. / Hattori, M. / Nureki, O.
履歴
登録2016年10月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab Heavy Chain
B: Fab Light Chain
C: Membrane protein TRIC
D: Membrane protein TRIC
E: Membrane protein TRIC
F: Fab Heavy Chain
G: Fab Light Chain
H: Fab Heavy Chain
I: Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,32515
ポリマ－218,0819
非ポリマー2,2446
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23710 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area75440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.734, 171.391, 103.265
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 CDE

#3: タンパク質 Membrane protein TRIC / Uncharacterized protein


分子量: 23070.096 Da / 分子数: 3 / Fragment: UNP residues 1-198 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E3MGX1, UniProt: Q981D4*PLUS

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抗体 , 2種, 6分子 AFHBGI

#1: 抗体 Fab Heavy Chain


分子量: 25357.771 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Fab Light Chain


分子量: 24265.936 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 4種, 149分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-PX4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / ジミリストイルホスファチジルコリン


分子量: 678.940 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H73NO8P / コメント: DMPC, リン脂質*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG4000, MgCl2, NaCl, Tris-HCl pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→50 Å / Num. obs: 90876 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 7.02 % / Net I/σ(I): 14.59

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.642→49.404 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 4570 5.03 %
Rwork0.2106 --
obs0.2127 90856 98.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.642→49.404 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14438 0 55 143 14636
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01114853
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3520192
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4755202
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0592326
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072506
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6419-2.67190.35851490.34252688X-RAY DIFFRACTION93
2.6719-2.70340.38561510.32292906X-RAY DIFFRACTION99
2.7034-2.73630.35541520.3042857X-RAY DIFFRACTION99
2.7363-2.7710.35731420.29822890X-RAY DIFFRACTION99
2.771-2.80740.32461650.28232883X-RAY DIFFRACTION99
2.8074-2.84590.32771370.28822866X-RAY DIFFRACTION98
2.8459-2.88650.3591670.28562762X-RAY DIFFRACTION96
2.8865-2.92960.33541230.27582931X-RAY DIFFRACTION99
2.9296-2.97540.33361660.26442856X-RAY DIFFRACTION99
2.9754-3.02420.34781540.27422906X-RAY DIFFRACTION99
3.0242-3.07630.2921700.26972869X-RAY DIFFRACTION99
3.0763-3.13220.34441300.26092928X-RAY DIFFRACTION99
3.1322-3.19250.35711560.25812855X-RAY DIFFRACTION99
3.1925-3.25760.25431470.23832908X-RAY DIFFRACTION99
3.2576-3.32840.271520.23112912X-RAY DIFFRACTION99
3.3284-3.40580.28711540.21712828X-RAY DIFFRACTION99
3.4058-3.4910.27041450.21832853X-RAY DIFFRACTION98
3.491-3.58530.27521520.21282812X-RAY DIFFRACTION96
3.5853-3.69080.22141520.20442939X-RAY DIFFRACTION100
3.6908-3.80990.22421600.1932901X-RAY DIFFRACTION99
3.8099-3.9460.24561520.19982896X-RAY DIFFRACTION99
3.946-4.10390.23831560.1842902X-RAY DIFFRACTION99
4.1039-4.29060.21091640.17632859X-RAY DIFFRACTION99
4.2906-4.51670.21831570.17712863X-RAY DIFFRACTION99
4.5167-4.79940.23651610.18122843X-RAY DIFFRACTION97
4.7994-5.16960.22681430.17992944X-RAY DIFFRACTION100
5.1696-5.68920.2661550.18852933X-RAY DIFFRACTION100
5.6892-6.51090.2191630.18782866X-RAY DIFFRACTION99
6.5109-8.19690.22631450.18862892X-RAY DIFFRACTION98
8.1969-49.4130.19391500.20942938X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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