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万見
- PDB-5h34: Crystal structure of the C-terminal domain of methionyl-tRNA synt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h34
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain of methionyl-tRNA synthetase (MetRS-C) in Nanoarchaeum equitans
要素Methionine-tRNA ligase
キーワードLIGASE / tRNA / methionyl-tRNA synthetase / Nanoarchaeum equitans
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / tRNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methionine-tRNA ligase, type 1 / Methionyl-tRNA synthetase, Zn-domain / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding ...Methionine-tRNA ligase, type 1 / Methionyl-tRNA synthetase, Zn-domain / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Nucleic acid-binding proteins / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Methionine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Nanoarchaeum equitans (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.748 Å
データ登録者Suzuki, H. / Kaneko, A. / Yamamoto, T. / Nambo, M. / Umehara, T. / Yoshida, H. / Park, S.Y. / Tamura, K.
引用ジャーナル: J. Mol. Evol. / 年: 2017
タイトル: Binding Properties of Split tRNA to the C-terminal Domain of Methionyl-tRNA Synthetase of Nanoarchaeum equitans.
著者: Suzuki, H. / Kaneko, A. / Yamamoto, T. / Nambo, M. / Hirasawa, I. / Umehara, T. / Yoshida, H. / Park, S.Y. / Tamura, K.
履歴
登録2016年10月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine-tRNA ligase
B: Methionine-tRNA ligase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1412
ポリマ－30,1412
非ポリマー00
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area11170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.638, 58.824, 59.487
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Methionine-tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / MetRS


分子量: 15070.533 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 663-776 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nanoarchaeum equitans (古細菌) / 株: Kin4-M / 遺伝子: metG, NEQ457 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q74MZ1, methionine-tRNA ligase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 30%(w/v) PEG 4000, 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium acetate trihydrate (pH 4.6)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月17日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.748→41.827 Å / Num. obs: 18875 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.363 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 91.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PHENIX1.10.1_2155精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.748→41.827 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.53
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2368 938 5.01 %
Rwork0.1827 --
obs0.1852 18705 98.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.748→41.827 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1751 0 0 158 1909
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071773
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8862379
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4911107
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059273
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005299
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7485-1.84070.27321450.20232393X-RAY DIFFRACTION96
1.8407-1.9560.27621470.1942504X-RAY DIFFRACTION100
1.956-2.1070.24481130.18382535X-RAY DIFFRACTION100
2.107-2.3190.22251420.18552546X-RAY DIFFRACTION100
2.319-2.65450.24031320.19762549X-RAY DIFFRACTION100
2.6545-3.34420.24331440.18662542X-RAY DIFFRACTION99
3.3442-41.83920.21881150.16952698X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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